淝水之戰(zhàn)前后東晉疆域變遷圖東晉政區(qū)襲承西晉，也是實(shí)行州、郡、縣三級制。但是其州郡越分越多，轄區(qū)縮小。西晉末年，大量流民南渡。東晉朝廷為了安撫僑民及僑姓世族，以原籍州郡縣名寄治別處，而無實(shí)地，此即僑州郡縣。等到安定后實(shí)施土斷，使其州郡領(lǐng)有實(shí)地，戶籍和賦役與一般州郡縣相同。
東晉政區(qū)隨其疆域的變化而有增減。由于外族入侵與晉軍北伐，北疆時(shí)常變動(dòng);四川先后出現(xiàn)成漢、譙蜀等國;東南疆域大致固定。晉元帝時(shí)期，石勒入侵，北疆只?；茨辖暌粠?。成漢占據(jù)四川，于347年被桓溫滅?；笢匕l(fā)動(dòng)三次北伐，一度收復(fù)山東及河南地區(qū)，后敗于前燕而止。前秦屢次入侵東晉領(lǐng)土，此時(shí)東晉僅剩揚(yáng)、荊、江、廣、交、豫、徐、兗、益、寧七州，及兗、青、冀、司、幽、并、益等僑州，共十五州。383年淝水之戰(zhàn)，前秦慘敗。隔年謝玄北伐，成功收復(fù)黃河、秦嶺以南地區(qū)。之后東晉內(nèi)亂，桓玄篡位，譙蜀獨(dú)立，疆域萎縮。劉裕崛起后攻滅譙蜀并發(fā)動(dòng)兩次北伐，收復(fù)四川、山東、河南及關(guān)中地區(qū)。然而劉裕因故返京，將領(lǐng)內(nèi)亂，夏人入侵，關(guān)中得而復(fù)失。此時(shí)東晉領(lǐng)有揚(yáng)、北徐、豫、江、北青、司、荊、北雍、東益、寧、交、廣、北并、北冀、梁、徐、北兗等十七州，及幽、冀、東秦、青、并、兗、秦、雍等僑州，共二十五州。