最早古希臘城邦出現(xiàn)了一種名為“Double Flute”的樂器，它由兩根不同音調(diào)的管子組成，后來這件樂器迅速被排簫所取代。但排簫難以手持，因此公元前250年古希臘工程師亞力山德里亞的克特西維奧斯制造的水壓式管風(fēng)琴，這是音樂第一架管風(fēng)琴，到公元3世紀(jì)時民間仍使用，它以阿基米德原理，將水汽通入多跟音管內(nèi)，從而可以使鍵盤放平，發(fā)出優(yōu)美的樂音，因?yàn)轶w積極?。ㄒ还芤灰簦粲?yàn)橐粋€半八度），所以便于攜帶。4世紀(jì)出現(xiàn)了桌子型的伴唱琴，以風(fēng)箱式裝置替代水壓式，增強(qiáng)了音量。5世紀(jì)末，管風(fēng)琴擴(kuò)充為房間的體積，并引入教堂。
中世紀(jì)的歐洲（特別是意大利），幾乎每個小鎮(zhèn)的教堂中都擁有或大或小的管風(fēng)琴，每到宗教節(jié)日，都能聽到悠揚(yáng)的樂曲飄散在整個小鎮(zhèn)。能夠在的大教堂中擔(dān)任管風(fēng)琴師，也是音樂家們引以為豪的榮譽(yù)。但當(dāng)時教堂較小，管風(fēng)琴僅擁有幾百根音管，并只有一層鍵盤。直到12世紀(jì)，法國才出現(xiàn)兩層鍵盤的管風(fēng)琴。
一個中型教堂內(nèi)安裝的管風(fēng)琴大約有1200根音管、16枚音栓(不同音調(diào))、兩套鍵盤和1層腳踏板，而當(dāng)時制造它則需要兩年時間。后在裝配時，還要根據(jù)演奏地點(diǎn)的室內(nèi)聲學(xué)特性來調(diào)節(jié)音響效果。13～14世紀(jì)時，流行建造大型管風(fēng)琴，其音域擴(kuò)大到有完整半音的3組，結(jié)構(gòu)逐漸復(fù)雜，規(guī)模龐大，最有名的是德國哈爾伯施塔特1361年制造的管風(fēng)琴，有三層手鍵盤和一個腳踏板，20個風(fēng)箱，由10人操作。同時，音色獨(dú)特的小型管風(fēng)琴也相應(yīng)發(fā)展，更靈活和敏感的鍵盤替代了笨拙的軌桿。
管風(fēng)琴在歐洲樂器中占有統(tǒng)治地位，被稱為樂器，在音樂藝術(shù)發(fā)展占有重要地位。16世紀(jì)初，各國出現(xiàn)不同流派的制作家，推動了管風(fēng)琴制造的發(fā)展，鍵盤相應(yīng)改變，除了笛管音栓外，還使用了能發(fā)顫音的簧音栓和共振器。為了產(chǎn)生音色對比，一些音栓還被設(shè)計(jì)成可模仿其他樂器。19世紀(jì)之前，管風(fēng)琴都是為每一個教堂單獨(dú)設(shè)計(jì)，并在現(xiàn)場制造組裝。
到了19世紀(jì)，法國工程師卡伐葉（Aristide Cavaillé-Coll, 1811-1899）開始試驗(yàn)工廠化生產(chǎn)管風(fēng)琴。他大幅提升了管風(fēng)琴的制作工藝，其生產(chǎn)的管風(fēng)琴質(zhì)量很好，演奏強(qiáng)音的時候音量巨大，能夠制造出以前地管風(fēng)琴所無法企及的雷霆般音響，同時它也能夠奏出低聲細(xì)語般的音色。他在腳踏板的深處增加了音量踏板、表情踏板（類似于電吉他上的兩個旋鈕），可以細(xì)膩地表現(xiàn)微妙的情感?，F(xiàn)在的巴黎圣丹尼斯教堂、斯特拉斯堡大教堂、巴黎圣母院等20余座教堂的管風(fēng)琴都出自卡伐葉的工廠。在此期間，法國鋼琴制造家S·埃拉爾也對管風(fēng)琴進(jìn)行了一些改造，它擴(kuò)展了鍵盤和踏板的音域（音由C擴(kuò)展至F），并將聯(lián)動設(shè)備處理得像鋼琴那樣光滑，使演奏家可以盡情展現(xiàn)他們的技巧。1867年在巴黎首先使用電氣式裝置帶動琴鍵工作。此后，各種改進(jìn)都用來加強(qiáng)管風(fēng)琴在音色變化幅度和精巧性方面的能力。
明末清初，管風(fēng)琴隨著東西方文化交流的展開逐漸進(jìn)入中國，并在北京、上海，等地安裝使用。但經(jīng)歷了無數(shù)風(fēng)霜雪雨，這些管風(fēng)琴消失得無影無蹤。北京音樂廳于1990年安裝了一架管風(fēng)琴。近年來，在我國的一些重要文化場所，如國家大劇院和中央人民廣播電臺、北京音樂廳、中山音樂堂、中央音樂學(xué)院附中音樂廳以及上海、廣州、深圳和杭州等地的音樂廳又陸續(xù)安裝了管風(fēng)琴，使得我們可以身臨其境地感受管風(fēng)琴輝煌無比的音響效果。
自20世紀(jì)起，管風(fēng)琴中逐漸采用電動鼓風(fēng)機(jī)送風(fēng)，運(yùn)用空氣動力學(xué)原理優(yōu)化設(shè)計(jì)，克服送風(fēng)管內(nèi)產(chǎn)生的渦流干擾，使電動送風(fēng)的管風(fēng)琴也能像手工送風(fēng)的琴一樣具有典雅的音色。20世紀(jì)后半期管風(fēng)琴進(jìn)入了電子時代，出現(xiàn)了電子輔助的機(jī)械式管風(fēng)琴和電子合成器式管風(fēng)琴，由廉價電控設(shè)備取代傳統(tǒng)機(jī)械設(shè)備?，F(xiàn)在音樂廳里大部分使用這種經(jīng)過改良的機(jī)械式管風(fēng)琴。電控管風(fēng)琴使用電子信號代替?zhèn)鹘y(tǒng)的機(jī)械傳動原理，使演奏人員在觸鍵感覺上發(fā)生很大的變化，而且傳統(tǒng)的音栓體積減小，可以輕而易舉的安放在琴的兩側(cè)，甚至鍵盤和踏板的旁邊還配有可編程的音色存儲電鈕，這樣演奏家不必在現(xiàn)場演奏時更換音栓。由于鍵盤不再需要機(jī)械連桿直接連接，演奏臺也就不用局限在一個固定位置，而可以任意移動。但從演奏角度來講，音色和音響上還是傳統(tǒng)機(jī)械式更能詮釋巴洛克經(jīng)典作品的真諦。