現(xiàn)行檢驗檢疫機構執(zhí)行的收費依據(jù)是國家發(fā)改委和財政部于2003年12月31日下發(fā)，并于2004年4月1日正式實施的《出入境檢驗檢疫收費辦法》（發(fā)改價格［2003］2357號）。
主要收費規(guī)定
1、檢驗檢疫機構對出入境貨物的計費以“一批”為一個計算單位?！耙慌笔侵竿黄访谕粫r間，以同一個運輸工具，來自或運往同一地點，同一收貨、發(fā)貨人的貨物。列車多車廂運輸，滿足以上條件的，按一批計；單一集裝箱多種品名貨物拼裝，滿足以上條件的，按一批計。
2、同批貨物涉及多項檢驗檢疫業(yè)務的，應根據(jù)檢驗檢疫業(yè)務工作實際情況，以檢驗檢疫為一項，數(shù)量、重量為一項，包裝鑒定為一項，實驗室檢驗為一項，財產(chǎn)鑒定為一項，安全監(jiān)測為一項，檢疫處理為一項，分別計算，累計收費。
其中貨物檢驗檢疫費按品質(zhì)檢驗、動植物臨床檢疫、植物現(xiàn)場檢疫、動植物產(chǎn)品檢疫、食品及食品加工設備衛(wèi)生檢驗、衛(wèi)生檢疫分別計算，累計收費。
3、進料加工的出境貨物品質(zhì)檢驗費按收費標準的70%計收。
來料加工的入境貨物不做品質(zhì)檢驗的，不收品質(zhì)檢驗費；來料加工的出境貨物品質(zhì)檢驗費，按收費標準的70%計收。
4、檢驗檢疫機構依據(jù)有關規(guī)定對出口貨物做型式試驗的，按本辦法及其收費標準收取型式試驗費。完成型式試驗的出口貨物品質(zhì)檢驗費，按收費標準的70%計收。
5、對危險品、有毒有害貨物的品質(zhì)檢驗、重量鑒定、包裝使用鑒定以及裝載上述貨物的運輸工具裝運條件的鑒定按本辦法及其收費標準加一倍收費。
6、同批貨物檢驗檢疫費超過5000元的，超過部分按80%計收。
7、出入境貨物每批總值不足2000元的，免收品質(zhì)檢驗費，只收證書（單）工本費；涉及其他檢驗檢疫業(yè)務的，按規(guī)定收取相應費用。
出入境檢驗檢疫收費辦法
第一條 為加強出入境檢驗檢疫收費管理，保障出入境檢驗檢疫機構（以下簡稱檢驗檢疫機構）和繳費者的合法權益，根據(jù)《中華人民共和國進出口商品檢驗法》及其實施條例、《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》及其實施條例、《中華人民共和國國境衛(wèi)生檢疫法》及其實施細則、《中華人民共和國食品衛(wèi)生法》等有關法律法規(guī)的規(guī)定，制定本辦法。
第二條 本辦法適用于各級檢驗檢疫機構及其所屬事業(yè)單位，以及與出入境相關的貨主及其代理人和其他相關單位、個人（以下簡稱出入境關系人）。
第三條 檢驗檢疫機構依法對出入境人員、貨物、運輸工具、集裝箱及其它法定檢驗檢疫物（以下統(tǒng)稱法定檢驗檢疫對象）實施檢驗、檢疫、鑒定等檢驗檢疫業(yè)務，按本辦法及本辦法規(guī)定的出入境檢驗檢疫收費標準（以下簡稱本辦法及其收費標準）收費。
第四條 出入境檢驗檢疫費以人民幣計算到元，元以下四舍五入。
按本辦法及其收費標準計算不足最低額時，按最低額收取。
第五條 收費標準中以貨值為基礎計費的，以出入境貨物的貿(mào)易信用證、發(fā)票、合同所列貨物總值或海關估價為基礎計收。
第六條 檢驗檢疫機構對出入境貨物的計費以“一批”為一個計算單位?！耙慌笔侵竿黄访谕粫r間，以同一個運輸工具，來自或運往同一地點，同一收貨、發(fā)貨人的貨物。列車多車廂運輸，滿足以上條件的，按一批計；單一集裝箱多種品名貨物拼裝，滿足以上條件的，按一批計。
第七條 同批貨物涉及多項檢驗檢疫業(yè)務的，應根據(jù)檢驗檢疫業(yè)務工作實際情況，以檢驗檢疫為一項，數(shù)量、重量為一項，包裝鑒定為一項，實驗室檢驗為一項，財產(chǎn)鑒定為一項，安全監(jiān)測為一項，檢疫處理為一項，分別計算，累計收費。
其中貨物檢驗檢疫費按品質(zhì)檢驗、動物臨床檢疫、植物現(xiàn)場檢疫、動植物產(chǎn)品檢疫、食品及食品加工設備衛(wèi)生檢驗、衛(wèi)生檢疫分別計算，累計收費。
第八條 檢驗檢疫機構對法定檢驗檢疫的出入境貨物按照有關檢驗檢疫操作規(guī)程或檢驗檢疫條款規(guī)定抽樣檢驗代表全批的，均按全批收費。
第九條 貨物品質(zhì)檢驗費按不同品質(zhì)檢驗方式計算。由檢驗檢疫機構進行檢驗的，收取全額品質(zhì)檢驗費；由檢驗檢疫機構會同有關單位共同進行檢驗的（包括組織檢驗），按收費額的50%收取品質(zhì)檢驗費。
貨物重量鑒定費按不同鑒定方式計算。由檢驗檢疫機構鑒重的，按全額計收；由檢驗檢疫機構監(jiān)督鑒重的（包括檢驗檢疫機構不具備鑒重設備的重量鑒定業(yè)務），按收費額的50%計收。
第十條 進料加工的出境貨物品質(zhì)檢驗費按收費標準的70%計收。
來料加工的入境貨物不做品質(zhì)檢驗的，不收品質(zhì)檢驗費；來料加工的出境貨物品質(zhì)檢驗費，按收費標準的70%計收。
第十一條 檢驗檢疫機構依據(jù)有關規(guī)定對出口貨物做型式試驗的，按本辦法及其收費標準收取型式試驗費；完成型式試驗的出口貨物品質(zhì)檢驗費，按收費標準的70%計收。
第十二條 對危險品、有毒有害貨物的品質(zhì)檢驗、重量鑒定、包裝使用鑒定以及裝載上述貨物的運輸工具裝運條件的鑒定按本辦法及其收費標準加一倍收費。
第十三條 出入境貴稀金屬，單價每公斤超過20000元的，超過部分免收品質(zhì)檢驗費。
第十四條 同批貨物檢驗檢疫費超過5000元的，超過部分按80%計收。
第十五條 出入境貨物每批總值不足2000元的，免收品質(zhì)檢驗費，只收證書（單）工本費；涉及其他檢驗檢疫業(yè)務的，按規(guī)定收取相應費用。
主要收費規(guī)定
1、檢驗檢疫機構對出入境貨物的計費以“一批”為一個計算單位?！耙慌笔侵竿黄访谕粫r間，以同一個運輸工具，來自或運往同一地點，同一收貨、發(fā)貨人的貨物。列車多車廂運輸，滿足以上條件的，按一批計；單一集裝箱多種品名貨物拼裝，滿足以上條件的，按一批計。
2、同批貨物涉及多項檢驗檢疫業(yè)務的，應根據(jù)檢驗檢疫業(yè)務工作實際情況，以檢驗檢疫為一項，數(shù)量、重量為一項，包裝鑒定為一項，實驗室檢驗為一項，財產(chǎn)鑒定為一項，安全監(jiān)測為一項，檢疫處理為一項，分別計算，累計收費。
其中貨物檢驗檢疫費按品質(zhì)檢驗、動植物臨床檢疫、植物現(xiàn)場檢疫、動植物產(chǎn)品檢疫、食品及食品加工設備衛(wèi)生檢驗、衛(wèi)生檢疫分別計算，累計收費。
3、進料加工的出境貨物品質(zhì)檢驗費按收費標準的70%計收。
來料加工的入境貨物不做品質(zhì)檢驗的，不收品質(zhì)檢驗費；來料加工的出境貨物品質(zhì)檢驗費，按收費標準的70%計收。
4、檢驗檢疫機構依據(jù)有關規(guī)定對出口貨物做型式試驗的，按本辦法及其收費標準收取型式試驗費。完成型式試驗的出口貨物品質(zhì)檢驗費，按收費標準的70%計收。
5、對危險品、有毒有害貨物的品質(zhì)檢驗、重量鑒定、包裝使用鑒定以及裝載上述貨物的運輸工具裝運條件的鑒定按本辦法及其收費標準加一倍收費。
6、同批貨物檢驗檢疫費超過5000元的，超過部分按80%計收。
7、出入境貨物每批總值不足2000元的，免收品質(zhì)檢驗費，只收證書（單）工本費；涉及其他檢驗檢疫業(yè)務的，按規(guī)定收取相應費用。
出入境檢驗檢疫收費辦法
第一條 為加強出入境檢驗檢疫收費管理，保障出入境檢驗檢疫機構（以下簡稱檢驗檢疫機構）和繳費者的合法權益，根據(jù)《中華人民共和國進出口商品檢驗法》及其實施條例、《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》及其實施條例、《中華人民共和國國境衛(wèi)生檢疫法》及其實施細則、《中華人民共和國食品衛(wèi)生法》等有關法律法規(guī)的規(guī)定，制定本辦法。
第二條 本辦法適用于各級檢驗檢疫機構及其所屬事業(yè)單位，以及與出入境相關的貨主及其代理人和其他相關單位、個人（以下簡稱出入境關系人）。
第三條 檢驗檢疫機構依法對出入境人員、貨物、運輸工具、集裝箱及其它法定檢驗檢疫物（以下統(tǒng)稱法定檢驗檢疫對象）實施檢驗、檢疫、鑒定等檢驗檢疫業(yè)務，按本辦法及本辦法規(guī)定的出入境檢驗檢疫收費標準（以下簡稱本辦法及其收費標準）收費。
第四條 出入境檢驗檢疫費以人民幣計算到元，元以下四舍五入。
按本辦法及其收費標準計算不足最低額時，按最低額收取。
第五條 收費標準中以貨值為基礎計費的，以出入境貨物的貿(mào)易信用證、發(fā)票、合同所列貨物總值或海關估價為基礎計收。
第六條 檢驗檢疫機構對出入境貨物的計費以“一批”為一個計算單位?！耙慌笔侵竿黄访谕粫r間，以同一個運輸工具，來自或運往同一地點，同一收貨、發(fā)貨人的貨物。列車多車廂運輸，滿足以上條件的，按一批計；單一集裝箱多種品名貨物拼裝，滿足以上條件的，按一批計。
第七條 同批貨物涉及多項檢驗檢疫業(yè)務的，應根據(jù)檢驗檢疫業(yè)務工作實際情況，以檢驗檢疫為一項，數(shù)量、重量為一項，包裝鑒定為一項，實驗室檢驗為一項，財產(chǎn)鑒定為一項，安全監(jiān)測為一項，檢疫處理為一項，分別計算，累計收費。
其中貨物檢驗檢疫費按品質(zhì)檢驗、動物臨床檢疫、植物現(xiàn)場檢疫、動植物產(chǎn)品檢疫、食品及食品加工設備衛(wèi)生檢驗、衛(wèi)生檢疫分別計算，累計收費。
第八條 檢驗檢疫機構對法定檢驗檢疫的出入境貨物按照有關檢驗檢疫操作規(guī)程或檢驗檢疫條款規(guī)定抽樣檢驗代表全批的，均按全批收費。
第九條 貨物品質(zhì)檢驗費按不同品質(zhì)檢驗方式計算。由檢驗檢疫機構進行檢驗的，收取全額品質(zhì)檢驗費；由檢驗檢疫機構會同有關單位共同進行檢驗的（包括組織檢驗），按收費額的50%收取品質(zhì)檢驗費。
貨物重量鑒定費按不同鑒定方式計算。由檢驗檢疫機構鑒重的，按全額計收；由檢驗檢疫機構監(jiān)督鑒重的（包括檢驗檢疫機構不具備鑒重設備的重量鑒定業(yè)務），按收費額的50%計收。
第十條 進料加工的出境貨物品質(zhì)檢驗費按收費標準的70%計收。
來料加工的入境貨物不做品質(zhì)檢驗的，不收品質(zhì)檢驗費；來料加工的出境貨物品質(zhì)檢驗費，按收費標準的70%計收。
第十一條 檢驗檢疫機構依據(jù)有關規(guī)定對出口貨物做型式試驗的，按本辦法及其收費標準收取型式試驗費；完成型式試驗的出口貨物品質(zhì)檢驗費，按收費標準的70%計收。
第十二條 對危險品、有毒有害貨物的品質(zhì)檢驗、重量鑒定、包裝使用鑒定以及裝載上述貨物的運輸工具裝運條件的鑒定按本辦法及其收費標準加一倍收費。
第十三條 出入境貴稀金屬，單價每公斤超過20000元的，超過部分免收品質(zhì)檢驗費。
第十四條 同批貨物檢驗檢疫費超過5000元的，超過部分按80%計收。
第十五條 出入境貨物每批總值不足2000元的，免收品質(zhì)檢驗費，只收證書（單）工本費；涉及其他檢驗檢疫業(yè)務的，按規(guī)定收取相應費用。