保稅區(qū)內的企業(yè)辦理報檢手續(xù)前，應辦理備案或注冊登記手續(xù)。
如果從事加工、儲存出境食品的企業(yè)還應辦理出境食品生產企業(yè)衛(wèi)生注冊登記手續(xù)。
1、輸入保稅區(qū)的法定檢驗檢疫對象的檢驗檢疫
（1）從境外進入保稅區(qū)的法定檢驗檢疫對象，屬于衛(wèi)生和動植物檢疫范圍的，事實衛(wèi)生和動植物檢疫。應當實施衛(wèi)生和動植物檢疫除害處理的，由檢驗檢疫機構進行衛(wèi)生除害處理。
（2）對從境外進入保稅區(qū)可以用作原材料的固體廢物、舊機電產品、成套設備實施檢驗和監(jiān)管；對外商投資財產按照有關規(guī)定進行價值鑒定，對未辦理手續(xù)的貨物不實施檢驗。
（3）保稅區(qū)內企業(yè)從境外進入保稅區(qū)的倉儲物流貨物以及自用的辦公用品，出口加工所需原材料、零部件，免予實施強制性產品認證。
（4）從我國非保稅區(qū)進入保稅區(qū)時，不需要辦理手續(xù)，檢驗檢疫機構不實施檢驗檢疫。
2、輸出保稅區(qū)的法定檢驗檢疫對象的檢驗檢疫
（1）從保稅區(qū)輸往境外的法定檢驗檢疫對象，檢驗檢疫機構依法實施檢驗檢疫
入境時已經實施檢驗的保稅區(qū)內的貨物輸往非保稅區(qū)的，以及從非保稅區(qū)進入保稅區(qū)的貨物又輸往非保稅區(qū)的，不實施檢驗。
（2）從保稅區(qū)輸往非保稅區(qū)的法定檢驗檢疫對象，除法律法規(guī)另有規(guī)定的，不實施檢疫。屬于實施食品衛(wèi)生監(jiān)督檢驗范圍的，檢驗檢疫機構實施檢驗；
對集中入境分批出區(qū)的貨物，可以分批報檢、分批檢驗；符合條件的，可以于入境時集中報檢，集中檢驗，經檢驗合格的出區(qū)時分批核銷。
（3）從保稅區(qū)輸往非保稅區(qū)的法定檢驗檢疫對象，列入強制性產品認證目錄的，應當提供相應的認證證書，其產品上應當加帖強制性產品認證標志；預包裝食品和化妝品，應當向檢驗檢疫機構申請辦理標簽審核手續(xù)。
（4）從非保稅區(qū)進入保稅區(qū)后不經加工直接出境的，保稅區(qū)檢驗檢疫機構憑產地檢驗檢疫簽發(fā)的《出境貨物換證憑單》或“換證憑條”換證放行，不再實施檢驗檢疫。如需要重新報檢的，應按規(guī)定重新報檢。
（5）保稅區(qū)內企業(yè)加工出境產品，符合有關規(guī)定的，可以向檢驗檢疫機構申請簽發(fā)原產地證書。
如果從事加工、儲存出境食品的企業(yè)還應辦理出境食品生產企業(yè)衛(wèi)生注冊登記手續(xù)。
1、輸入保稅區(qū)的法定檢驗檢疫對象的檢驗檢疫
（1）從境外進入保稅區(qū)的法定檢驗檢疫對象，屬于衛(wèi)生和動植物檢疫范圍的，事實衛(wèi)生和動植物檢疫。應當實施衛(wèi)生和動植物檢疫除害處理的，由檢驗檢疫機構進行衛(wèi)生除害處理。
（2）對從境外進入保稅區(qū)可以用作原材料的固體廢物、舊機電產品、成套設備實施檢驗和監(jiān)管；對外商投資財產按照有關規(guī)定進行價值鑒定，對未辦理手續(xù)的貨物不實施檢驗。
（3）保稅區(qū)內企業(yè)從境外進入保稅區(qū)的倉儲物流貨物以及自用的辦公用品，出口加工所需原材料、零部件，免予實施強制性產品認證。
（4）從我國非保稅區(qū)進入保稅區(qū)時，不需要辦理手續(xù)，檢驗檢疫機構不實施檢驗檢疫。
2、輸出保稅區(qū)的法定檢驗檢疫對象的檢驗檢疫
（1）從保稅區(qū)輸往境外的法定檢驗檢疫對象，檢驗檢疫機構依法實施檢驗檢疫
入境時已經實施檢驗的保稅區(qū)內的貨物輸往非保稅區(qū)的，以及從非保稅區(qū)進入保稅區(qū)的貨物又輸往非保稅區(qū)的，不實施檢驗。
（2）從保稅區(qū)輸往非保稅區(qū)的法定檢驗檢疫對象，除法律法規(guī)另有規(guī)定的，不實施檢疫。屬于實施食品衛(wèi)生監(jiān)督檢驗范圍的，檢驗檢疫機構實施檢驗；
對集中入境分批出區(qū)的貨物，可以分批報檢、分批檢驗；符合條件的，可以于入境時集中報檢，集中檢驗，經檢驗合格的出區(qū)時分批核銷。
（3）從保稅區(qū)輸往非保稅區(qū)的法定檢驗檢疫對象，列入強制性產品認證目錄的，應當提供相應的認證證書，其產品上應當加帖強制性產品認證標志；預包裝食品和化妝品，應當向檢驗檢疫機構申請辦理標簽審核手續(xù)。
（4）從非保稅區(qū)進入保稅區(qū)后不經加工直接出境的，保稅區(qū)檢驗檢疫機構憑產地檢驗檢疫簽發(fā)的《出境貨物換證憑單》或“換證憑條”換證放行，不再實施檢驗檢疫。如需要重新報檢的，應按規(guī)定重新報檢。
（5）保稅區(qū)內企業(yè)加工出境產品，符合有關規(guī)定的，可以向檢驗檢疫機構申請簽發(fā)原產地證書。