正確審定進項稅額，嚴格按照稅法規(guī)定計算可抵扣的進項稅額，是保證增值稅貫徹實施和國家財政收入的重要環(huán)節(jié)。在確定增值稅進項稅額抵扣時，必須按增值稅規(guī)定依法計算應抵扣稅額。為此，《增值稅暫行條例》及其實施細則對進項稅額的抵扣范圍、條件、數(shù)額及方法作了專門規(guī)定。
1.準予從銷項稅額中抵扣的進項稅額
(1)從銷售方取得的增值稅專用發(fā)票上注明的增值稅額。
(2)從海關取得的完稅憑證上注明的增值稅額。
上述兩款規(guī)定是指增值稅一般納稅人在購進或進口貨物及勞務時取得對方的增值稅專用發(fā)票或海關完稅憑證上已注明規(guī)定稅率或征收率計算的增值稅稅額，不需要納稅人計算，但要注意其增值稅專用發(fā)票及海關完稅憑證的合法性，對不符合規(guī)定的扣稅憑證一律不準抵扣。
增值稅一般納稅人取得所有需抵扣增值稅進項稅額的海關完稅憑證，應根據(jù)相關海關完稅憑證逐票填寫《海關完稅憑證抵扣清單》，在進行增值稅納稅申報時隨同納稅申報表一并報送。如果納稅人未按照規(guī)定要求填寫《海關完稅憑證抵扣清單》或者填寫內容不全，該張憑證不得抵扣進項稅額。
增值稅一般納稅人當期未取得海關完稅憑證可不向主管稅務機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》。
(3)購進免稅農產品進項稅額的確定與抵扣。
自2002年1月1日起，增值稅一般納稅人購進農業(yè)生產者銷售的免稅農產品，或者從小規(guī)模納稅人處購進的農產品，按買價和13%的扣除率計算抵扣進項稅額。在掌握該項政策時，應注意以下幾個問題:
①免稅"農產品"是指直接從事植物的種植、收割和動物的飼養(yǎng)、捕撈的單位和個人銷售的享受免稅的自產農產品;農產品所包括的具體品目按《農產品征稅范圍注釋》來確定。
②"買價"是指經(jīng)主管稅務機關批準使用的收購憑證上注明的價款;對煙葉稅納稅人按規(guī)定繳納的煙葉稅，準予并入煙葉產品的買價計算增值稅的進項稅額，并在計算繳納增值稅時予以抵扣。
③"扣除率"為13%0根據(jù)財稅[2002J12號文件的規(guī)定，從2002年1月1日起，增值稅一般納稅人購進農業(yè)生產者銷售的免稅農業(yè)產品的進項稅額扣除率由10%提高到13%。根據(jù)財稅[2002]105號文件的規(guī)定，增值稅一般納稅人向小規(guī)模納稅人購買農產品，可按照財稅[2002]12號文件的規(guī)定依13%的扣除率抵扣進項稅額。
④根據(jù)財稅[2006J64號和140號文件的規(guī)定，收購煙葉準予抵扣的進項稅額=(收購金額+煙葉稅)×13%，其中，收購金額=收購價款×(I+10%)。
(4)購進廢舊物資進項稅額的確定與抵扣。
生產企業(yè)增值稅一般納稅人購入廢舊物資回收經(jīng)營單位銷售的廢舊物資，可按照廢舊物資回收經(jīng)營單位開具的由稅務機關監(jiān)制的普通發(fā)票上注明的金額，按10%計算抵扣進項稅額。
凡年銷售額超過180萬元的廢舊物資回收經(jīng)營企業(yè)必須認定為增值稅一般納稅人。從事廢舊物資回收經(jīng)營的增值稅一般納稅人(以下簡稱回收企業(yè))符合免征增值稅條件的，其銷售廢舊物資必須使用防偽稅控一機多票系統(tǒng)開具增值稅專用發(fā)票(以下簡稱廢舊物資專用發(fā)票)，并在增值稅專用發(fā)票左上角打印"廢舊物資"字樣納入防偽稅控一機多票系統(tǒng)管理的回收企業(yè)不得開具廢舊物資普通發(fā)票。
具有一般納稅人資格的生產企業(yè)購進廢舊物資，取得廢舊物資專用發(fā)票，須按照增值稅專用發(fā)票的有關規(guī)定認證抵扣，非廢舊物資專用發(fā)票一律不得作為進項稅額抵扣憑證。準予抵扣的進項稅額按廢舊物資專用發(fā)票注明的金額和規(guī)定的扣除率計算。從事廢舊物資回收經(jīng)營的小規(guī)模納稅人仍可開具廢舊物資普通發(fā)票，但不再作為增值稅扣稅憑證;如購買方需要抵扣進項稅額的，可按照規(guī)定申請代開增值稅專用發(fā)票，
(5)運輸費用進項稅額的確定與抵扣。
增值稅一般納稅人外購或銷售貨物(固定資產除外)所支付的運輸費用(代墊運費除外)，根據(jù)運費結算單據(jù)(普通發(fā)票)所列運費金額，依10%的扣除率計算進項稅額準予扣除。從1998年7月1日起按運費金額的7%扣除率計算進項稅額抵扣。這里所稱的準予抵扣的貨物運費金額是指在運輸單位開具的貨票上注明的運費、建設基金，但不包括隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費;準予抵扣的運費結算單據(jù)(普通發(fā)票)，是指國營鐵路、民用航空、公路和水上運輸單位開具的貨票，以及從事貨物運輸?shù)姆菄羞\輸單位開具的套印全國統(tǒng)一發(fā)票監(jiān)制章的貨票。其發(fā)貨人、收貨人、起運地、到達地、運輸方式、貨物名稱、貨物數(shù)量、運輸單價、運費金額等項目的填寫必須齊全，與購貨發(fā)票上所列的有關項目必須相符，否則不予抵扣。這里還要說明一點，準予計算進項稅額扣除的貨運發(fā)票種類，不包括增值稅一般納稅人取得的貨運定額發(fā)票。從2003年1月1日起，公路、內河貨物運輸業(yè)(以下簡稱貨物運輸業(yè))發(fā)票的印制、領購、開具、取得、保管、繳銷均由地方稅務局管理和監(jiān)督。凡已委托給其他部門管理的，必須依法收回。
從2003年1月1日起，提供貨物運輸勞務的納稅人必須經(jīng)主管地方稅務局認定方可開具貨物運輸業(yè)發(fā)票。凡未經(jīng)地方稅務局認定的納稅人開具的貨物運輸業(yè)發(fā)票不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。
從2003年12月1日起，國家稅務局對增值稅一般納稅人申請抵扣的所有運輸發(fā)票與營業(yè)稅納稅人開具的貨物運輸業(yè)發(fā)票進行比對。對比對異常情況進行核查，并對違反有關法律法規(guī)開具或取得貨物運輸業(yè)發(fā)票的單位進行處罰。
增值稅一般納稅人在申報抵扣2003年1月1日起取得的運輸發(fā)票增值稅進項稅額時，應向主管國家稅務局填報《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》紙質文件及電子信息，未報送的，其進項稅額不得抵扣。
增值稅一般納稅人外購貨物(固定資產除外)和銷售應稅貨物所取得的由自開票納稅人或代開票單位為代開票納稅人開具的貨物運輸業(yè)發(fā)票準予抵扣進項稅額。增值稅一般納稅人取得稅務機關認定為自開票納稅人的聯(lián)運單位和物流單位開具的貨物運輸業(yè)發(fā)票準予計算抵扣進項稅額。準予抵扣的貨物運費金額是指自開票納稅人和代開票單位為代開票納稅人開具的貨運發(fā)票上注明的運費、建設基金和現(xiàn)行規(guī)定允許抵扣的其他貨物運費·裝卸費、保險費和其他雜費不予抵扣。貨運發(fā)票應分別注明運費和雜費，對未分別注明，而合并注明為運雜費的不予抵扣。
一般納稅人購進或銷售貨物(東北以外地區(qū)固定資產除外)通過鐵路運輸，并取得鐵路部門開具的運輸發(fā)票，如果鐵路部門開具的鐵路運輸發(fā)票托運人或收貨人名稱與其不一致，但鐵路運輸發(fā)票托運人欄或備注欄注有該納稅人名稱的(手寫無效)，該運輸發(fā)票可以作為進項稅額抵扣憑證，允許計算抵扣進項稅額。
一般納稅人取得的國際貨物運輸代理業(yè)發(fā)票和國際貨物運輸發(fā)票，不得計算抵扣進項稅額。國際貨物運輸代理業(yè)務是國際貨運代理企業(yè)作為委托方和承運單位的中介人，受托辦理國際貨物運輸和相關事宜并收取中介報酬的業(yè)務。因此，增值稅一般納稅人支付的國際貨物運輸代理費用，不得作為運輸費用抵扣進項稅額。
一般納稅人取得的匯總開具的運輸發(fā)票，凡附有運輸企業(yè)開具并加蓋財務專用章或發(fā)票專用章的運輸清單，允許計算抵扣進項稅額。
一般納稅人取得的項目填寫不齊全的運輸發(fā)票(附有運輸清單的匯總開具的運輸發(fā)票除外)不得計算抵扣進項稅額。
擴大增值稅抵扣范圍企業(yè)購進或銷售固定資產支付的運輸費用準予抵扣。
(6)企業(yè)購置增值稅防偽稅控系統(tǒng)專用設備和通用設備，可憑購貨所取得的專用發(fā)票所注明的稅額從增值稅銷項稅額中抵扣。其中，專用設備包括稅控金稅卡、稅控ic卡和讀卡器;通用設備包括用于防偽稅控系統(tǒng)開具專用發(fā)票的計算機和打印機。增值稅一般納稅人用于采集增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)信息的掃描器具和計算機，屬于防偽稅控通用設備。對納稅人購置上述設備取得的增值稅專用發(fā)票所注明的增值稅稅額，計人當期增值稅進項稅額(國稅函[2006]1248號)。
(7)自2004年12月1日起，增值稅一般納稅人購進稅控收款機所支付的增值稅額(以購進稅控收款機取得的增值稅專用發(fā)票上注明的增值稅額為準)，準予在企業(yè)當期銷項稅額中抵扣。需要強調的是，納稅人購進的稅控收款機不論是否達到固定資產標準，其取得的增值稅專用發(fā)票上注明的增值稅額均可以從當期銷項稅額中抵扣;但如果購進稅控收款機時未取得增值稅專用發(fā)票，則不得抵扣進項稅額。
(8)外貿企業(yè)出口視同內銷貨物征稅時的進項稅額抵扣問題。外貿企業(yè)購進貨物后，無論內銷還是出口，須將所取得的增值稅專用發(fā)票在規(guī)定的認證期限內到稅務機關辦理認證手續(xù)。凡未在規(guī)定的認證期限內辦理認證手續(xù)的增值稅專用發(fā)票，不予抵扣或退稅。
外貿企業(yè)出口貨物，凡未在規(guī)定期限內申報退(免)稅或雖已申報退(免)稅但未在規(guī)定期限內向稅務機關補齊有關憑證，以及未在規(guī)定期限內申報開具《代理出口貨物證明》的，自規(guī)定期限截止之日的次日起30天內，由外貿企業(yè)根據(jù)應征稅貨物相應的未辦理過退稅或抵扣的進項增值稅專用發(fā)票情況，填具進項發(fā)票明細表(包括進項增值稅專用發(fā)票代碼、號碼、開具日期、金額、稅額等)，向主管退稅的稅務機關申請開具《外貿企業(yè)出口視同內銷征稅貨物進項稅額抵扣證明》(以下簡稱《證明》)。
1.準予從銷項稅額中抵扣的進項稅額
(1)從銷售方取得的增值稅專用發(fā)票上注明的增值稅額。
(2)從海關取得的完稅憑證上注明的增值稅額。
上述兩款規(guī)定是指增值稅一般納稅人在購進或進口貨物及勞務時取得對方的增值稅專用發(fā)票或海關完稅憑證上已注明規(guī)定稅率或征收率計算的增值稅稅額，不需要納稅人計算，但要注意其增值稅專用發(fā)票及海關完稅憑證的合法性，對不符合規(guī)定的扣稅憑證一律不準抵扣。
增值稅一般納稅人取得所有需抵扣增值稅進項稅額的海關完稅憑證，應根據(jù)相關海關完稅憑證逐票填寫《海關完稅憑證抵扣清單》，在進行增值稅納稅申報時隨同納稅申報表一并報送。如果納稅人未按照規(guī)定要求填寫《海關完稅憑證抵扣清單》或者填寫內容不全，該張憑證不得抵扣進項稅額。
增值稅一般納稅人當期未取得海關完稅憑證可不向主管稅務機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》。
(3)購進免稅農產品進項稅額的確定與抵扣。
自2002年1月1日起，增值稅一般納稅人購進農業(yè)生產者銷售的免稅農產品，或者從小規(guī)模納稅人處購進的農產品，按買價和13%的扣除率計算抵扣進項稅額。在掌握該項政策時，應注意以下幾個問題:
①免稅"農產品"是指直接從事植物的種植、收割和動物的飼養(yǎng)、捕撈的單位和個人銷售的享受免稅的自產農產品;農產品所包括的具體品目按《農產品征稅范圍注釋》來確定。
②"買價"是指經(jīng)主管稅務機關批準使用的收購憑證上注明的價款;對煙葉稅納稅人按規(guī)定繳納的煙葉稅，準予并入煙葉產品的買價計算增值稅的進項稅額，并在計算繳納增值稅時予以抵扣。
③"扣除率"為13%0根據(jù)財稅[2002J12號文件的規(guī)定，從2002年1月1日起，增值稅一般納稅人購進農業(yè)生產者銷售的免稅農業(yè)產品的進項稅額扣除率由10%提高到13%。根據(jù)財稅[2002]105號文件的規(guī)定，增值稅一般納稅人向小規(guī)模納稅人購買農產品，可按照財稅[2002]12號文件的規(guī)定依13%的扣除率抵扣進項稅額。
④根據(jù)財稅[2006J64號和140號文件的規(guī)定，收購煙葉準予抵扣的進項稅額=(收購金額+煙葉稅)×13%，其中，收購金額=收購價款×(I+10%)。
(4)購進廢舊物資進項稅額的確定與抵扣。
生產企業(yè)增值稅一般納稅人購入廢舊物資回收經(jīng)營單位銷售的廢舊物資，可按照廢舊物資回收經(jīng)營單位開具的由稅務機關監(jiān)制的普通發(fā)票上注明的金額，按10%計算抵扣進項稅額。
凡年銷售額超過180萬元的廢舊物資回收經(jīng)營企業(yè)必須認定為增值稅一般納稅人。從事廢舊物資回收經(jīng)營的增值稅一般納稅人(以下簡稱回收企業(yè))符合免征增值稅條件的，其銷售廢舊物資必須使用防偽稅控一機多票系統(tǒng)開具增值稅專用發(fā)票(以下簡稱廢舊物資專用發(fā)票)，并在增值稅專用發(fā)票左上角打印"廢舊物資"字樣納入防偽稅控一機多票系統(tǒng)管理的回收企業(yè)不得開具廢舊物資普通發(fā)票。
具有一般納稅人資格的生產企業(yè)購進廢舊物資，取得廢舊物資專用發(fā)票，須按照增值稅專用發(fā)票的有關規(guī)定認證抵扣，非廢舊物資專用發(fā)票一律不得作為進項稅額抵扣憑證。準予抵扣的進項稅額按廢舊物資專用發(fā)票注明的金額和規(guī)定的扣除率計算。從事廢舊物資回收經(jīng)營的小規(guī)模納稅人仍可開具廢舊物資普通發(fā)票，但不再作為增值稅扣稅憑證;如購買方需要抵扣進項稅額的，可按照規(guī)定申請代開增值稅專用發(fā)票，
(5)運輸費用進項稅額的確定與抵扣。
增值稅一般納稅人外購或銷售貨物(固定資產除外)所支付的運輸費用(代墊運費除外)，根據(jù)運費結算單據(jù)(普通發(fā)票)所列運費金額，依10%的扣除率計算進項稅額準予扣除。從1998年7月1日起按運費金額的7%扣除率計算進項稅額抵扣。這里所稱的準予抵扣的貨物運費金額是指在運輸單位開具的貨票上注明的運費、建設基金，但不包括隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費;準予抵扣的運費結算單據(jù)(普通發(fā)票)，是指國營鐵路、民用航空、公路和水上運輸單位開具的貨票，以及從事貨物運輸?shù)姆菄羞\輸單位開具的套印全國統(tǒng)一發(fā)票監(jiān)制章的貨票。其發(fā)貨人、收貨人、起運地、到達地、運輸方式、貨物名稱、貨物數(shù)量、運輸單價、運費金額等項目的填寫必須齊全，與購貨發(fā)票上所列的有關項目必須相符，否則不予抵扣。這里還要說明一點，準予計算進項稅額扣除的貨運發(fā)票種類，不包括增值稅一般納稅人取得的貨運定額發(fā)票。從2003年1月1日起，公路、內河貨物運輸業(yè)(以下簡稱貨物運輸業(yè))發(fā)票的印制、領購、開具、取得、保管、繳銷均由地方稅務局管理和監(jiān)督。凡已委托給其他部門管理的，必須依法收回。
從2003年1月1日起，提供貨物運輸勞務的納稅人必須經(jīng)主管地方稅務局認定方可開具貨物運輸業(yè)發(fā)票。凡未經(jīng)地方稅務局認定的納稅人開具的貨物運輸業(yè)發(fā)票不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。
從2003年12月1日起，國家稅務局對增值稅一般納稅人申請抵扣的所有運輸發(fā)票與營業(yè)稅納稅人開具的貨物運輸業(yè)發(fā)票進行比對。對比對異常情況進行核查，并對違反有關法律法規(guī)開具或取得貨物運輸業(yè)發(fā)票的單位進行處罰。
增值稅一般納稅人在申報抵扣2003年1月1日起取得的運輸發(fā)票增值稅進項稅額時，應向主管國家稅務局填報《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》紙質文件及電子信息，未報送的，其進項稅額不得抵扣。
增值稅一般納稅人外購貨物(固定資產除外)和銷售應稅貨物所取得的由自開票納稅人或代開票單位為代開票納稅人開具的貨物運輸業(yè)發(fā)票準予抵扣進項稅額。增值稅一般納稅人取得稅務機關認定為自開票納稅人的聯(lián)運單位和物流單位開具的貨物運輸業(yè)發(fā)票準予計算抵扣進項稅額。準予抵扣的貨物運費金額是指自開票納稅人和代開票單位為代開票納稅人開具的貨運發(fā)票上注明的運費、建設基金和現(xiàn)行規(guī)定允許抵扣的其他貨物運費·裝卸費、保險費和其他雜費不予抵扣。貨運發(fā)票應分別注明運費和雜費，對未分別注明，而合并注明為運雜費的不予抵扣。
一般納稅人購進或銷售貨物(東北以外地區(qū)固定資產除外)通過鐵路運輸，并取得鐵路部門開具的運輸發(fā)票，如果鐵路部門開具的鐵路運輸發(fā)票托運人或收貨人名稱與其不一致，但鐵路運輸發(fā)票托運人欄或備注欄注有該納稅人名稱的(手寫無效)，該運輸發(fā)票可以作為進項稅額抵扣憑證，允許計算抵扣進項稅額。
一般納稅人取得的國際貨物運輸代理業(yè)發(fā)票和國際貨物運輸發(fā)票，不得計算抵扣進項稅額。國際貨物運輸代理業(yè)務是國際貨運代理企業(yè)作為委托方和承運單位的中介人，受托辦理國際貨物運輸和相關事宜并收取中介報酬的業(yè)務。因此，增值稅一般納稅人支付的國際貨物運輸代理費用，不得作為運輸費用抵扣進項稅額。
一般納稅人取得的匯總開具的運輸發(fā)票，凡附有運輸企業(yè)開具并加蓋財務專用章或發(fā)票專用章的運輸清單，允許計算抵扣進項稅額。
一般納稅人取得的項目填寫不齊全的運輸發(fā)票(附有運輸清單的匯總開具的運輸發(fā)票除外)不得計算抵扣進項稅額。
擴大增值稅抵扣范圍企業(yè)購進或銷售固定資產支付的運輸費用準予抵扣。
(6)企業(yè)購置增值稅防偽稅控系統(tǒng)專用設備和通用設備，可憑購貨所取得的專用發(fā)票所注明的稅額從增值稅銷項稅額中抵扣。其中，專用設備包括稅控金稅卡、稅控ic卡和讀卡器;通用設備包括用于防偽稅控系統(tǒng)開具專用發(fā)票的計算機和打印機。增值稅一般納稅人用于采集增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)信息的掃描器具和計算機，屬于防偽稅控通用設備。對納稅人購置上述設備取得的增值稅專用發(fā)票所注明的增值稅稅額，計人當期增值稅進項稅額(國稅函[2006]1248號)。
(7)自2004年12月1日起，增值稅一般納稅人購進稅控收款機所支付的增值稅額(以購進稅控收款機取得的增值稅專用發(fā)票上注明的增值稅額為準)，準予在企業(yè)當期銷項稅額中抵扣。需要強調的是，納稅人購進的稅控收款機不論是否達到固定資產標準，其取得的增值稅專用發(fā)票上注明的增值稅額均可以從當期銷項稅額中抵扣;但如果購進稅控收款機時未取得增值稅專用發(fā)票，則不得抵扣進項稅額。
(8)外貿企業(yè)出口視同內銷貨物征稅時的進項稅額抵扣問題。外貿企業(yè)購進貨物后，無論內銷還是出口，須將所取得的增值稅專用發(fā)票在規(guī)定的認證期限內到稅務機關辦理認證手續(xù)。凡未在規(guī)定的認證期限內辦理認證手續(xù)的增值稅專用發(fā)票，不予抵扣或退稅。
外貿企業(yè)出口貨物，凡未在規(guī)定期限內申報退(免)稅或雖已申報退(免)稅但未在規(guī)定期限內向稅務機關補齊有關憑證，以及未在規(guī)定期限內申報開具《代理出口貨物證明》的，自規(guī)定期限截止之日的次日起30天內，由外貿企業(yè)根據(jù)應征稅貨物相應的未辦理過退稅或抵扣的進項增值稅專用發(fā)票情況，填具進項發(fā)票明細表(包括進項增值稅專用發(fā)票代碼、號碼、開具日期、金額、稅額等)，向主管退稅的稅務機關申請開具《外貿企業(yè)出口視同內銷征稅貨物進項稅額抵扣證明》(以下簡稱《證明》)。