一般來說，博士階段的獎(jiǎng)學(xué)金機(jī)會(huì)比較多。如果是比較好的國立大學(xué)，博士階段基本上都有獎(jiǎng)學(xué)金。另外，留學(xué)生能夠申請學(xué)費(fèi)減免，越好的大學(xué)，留學(xué)生越少的大學(xué)，學(xué)費(fèi)減免的機(jī)會(huì)越多。
關(guān)于公費(fèi)，有一種日本政府發(fā)給的政府獎(jiǎng)學(xué)金，稱為國費(fèi)，是最高待遇的獎(jiǎng)學(xué)金。國費(fèi)留學(xué)生(對應(yīng)的是私費(fèi)留學(xué)生)的待遇是，免學(xué)費(fèi)，每月18萬日元的生活補(bǔ)貼，每年提供回國往返機(jī)票兩張。
國費(fèi)的申請方法有兩種，一種是通過你聯(lián)系的日本教授申請。一種是通過中國留學(xué)基金委申請。后一種方式要求學(xué)歷碩士，請經(jīng)常關(guān)注基金委網(wǎng)站。另外也有其他各種種類的獎(jiǎng)學(xué)金，如日本政府文部科學(xué)省博士生獎(jiǎng)學(xué)金項(xiàng)目。