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中央司法機(jī)構(gòu)為刑部、大理寺、都察院。一改隋唐以降的大理寺、刑部、御史臺(tái)體系。
（1）明代刑部增設(shè)十三清吏司，分掌各省刑民案件，加強(qiáng)對(duì)地方司法控制；清代刑部是清朝中央的主審機(jī)關(guān)，為六部之一，執(zhí)掌全國(guó)“法律刑名”事務(wù)，下設(shè)十七清吏司分掌京師和各省審判事務(wù)，還設(shè)有追捕逃人的督捕司、辦理秋審的秋審處、專掌律例修訂的修訂法律館。刑部是清朝重要的司法機(jī)構(gòu)，在處理全國(guó)法律事務(wù)方面一直起主導(dǎo)作用，主要負(fù)責(zé)：一是審理中央百官犯罪；二是審核地方上報(bào)的重案（死刑應(yīng)交大理寺復(fù)核）；三是審理發(fā)生在京師的笞杖刑以上案件；四是處理地方上訴案及秋審事宜；五是主持司法行政與律例修訂事宜。
（2）明代大理寺掌復(fù)核駁正，大理寺發(fā)現(xiàn)有“情詞不明或失出入者”，駁回刑部改判，并再行復(fù)核。如此三改不當(dāng)者，奏請(qǐng)皇帝裁決。依清律規(guī)定，大理寺的主要職責(zé)是復(fù)核死刑案件，平反冤獄，同時(shí)參與秋審、熱審等會(huì)審，如發(fā)現(xiàn)刑部定罪量刑有誤，可提出封駁。
（3）明代都察院掌糾察。主要是糾察百司，會(huì)審及審理官吏犯罪案件。設(shè)有十三道監(jiān)察御史。都察院司法執(zhí)掌主要有以下幾方面：一是復(fù)核或?qū)徖碇彪`、各省及京師職官犯罪案件；二是復(fù)核或?qū)徖碇彪`、各省及京師斬絞監(jiān)候案件；三是奉旨監(jiān)察御史巡按直隸、各省地方，對(duì)職官犯罪奏聞皇帝裁決，民人案件或親審或交兩司審理，“大事奏裁，小事立斷”。清承明制，都察院是全國(guó)高監(jiān)察機(jī)關(guān)，負(fù)責(zé)督察百官風(fēng)紀(jì)、糾彈不法，同時(shí)負(fù)有監(jiān)督刑部、大理寺之責(zé)。如刑部、大理寺發(fā)生嚴(yán)重錯(cuò)誤，可提出糾彈，亦可參與重大案件的會(huì)審。
中央上述三大司法機(jī)關(guān)統(tǒng)稱“三法司”。對(duì)重大疑難案件三法司共同會(huì)審，稱“三司會(huì)審”。
（4）地方司法機(jī)關(guān)。明朝地方司法機(jī)關(guān)分為省、府（直隸州）縣三級(jí)。沿宋制，省設(shè)提刑按察使司，“掌一省刑名按劾之事”，有權(quán)判處徒刑及以下案件，徒刑以上案件須報(bào)送中央刑部批準(zhǔn)執(zhí)行。府、縣兩級(jí)仍是知府、知州、知縣實(shí)行行政司法合一體制，掌管獄訟事務(wù)。明代越訴受重懲。明朝還在各州縣及鄉(xiāng)設(shè)立“申明亭”，張貼榜文，申明教化，由民間德高望重的耆老受理當(dāng)?shù)孛耖g糾紛，加以調(diào)處解決，有力地維護(hù)了社會(huì)秩序。
在清代，地方司法分州縣、府、省按察司、總督（及巡撫）四級(jí)。其中州或縣為第一審級(jí)，有權(quán)決定笞杖刑，徒以上案件上報(bào)。一般而言，有關(guān)田土、戶婚、斗毆諸般“細(xì)故”，均由州縣自理，但命盜重案，州縣初審后，應(yīng)將人犯并案卷一并解赴上級(jí)機(jī)關(guān)審理。府為第二審級(jí)，負(fù)責(zé)復(fù)審州縣上報(bào)的刑事案件，提出擬罪意見，上報(bào)省按察司。省按察司為第三審級(jí)，負(fù)責(zé)復(fù)審各地方上報(bào)之徒刑以上案件，并審理軍流、死刑案的人犯，對(duì)于“審供無異”者，上報(bào)督撫，如發(fā)現(xiàn)有疑漏，則可駁回重審，或改發(fā)本省其他州縣、府更審。總督（或巡撫）為第四審級(jí)，有權(quán)批復(fù)徒刑案件，復(fù)核軍流案件，如無異議，定案并諮報(bào)刑部。對(duì)死刑案則須復(fù)審，并上報(bào)中央。