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國務(wù)院行政機構(gòu)，根據(jù)職能分為國務(wù)院辦公廳、國務(wù)院組成部門、國務(wù)院直屬機構(gòu)、國務(wù)院辦事機構(gòu)、國務(wù)院組成部門管理的國家行政機構(gòu)和國務(wù)院議事協(xié)調(diào)機構(gòu)。憲法、國務(wù)院組織法和1997年國務(wù)院發(fā)布的《國務(wù)院行政機構(gòu)設(shè)置和編制管理條例》，是目前關(guān)于國務(wù)院行政機構(gòu)設(shè)置和編制管理的主要依據(jù)。除了行政機構(gòu)外，國務(wù)院還設(shè)有事業(yè)單位和特設(shè)機構(gòu)。
(一)國務(wù)院辦公廳
國務(wù)院辦公廳，是協(xié)助國務(wù)院領(lǐng)導(dǎo)處理國務(wù)院日常工作的機構(gòu)。依據(jù)國務(wù)院組織法的規(guī)定，國務(wù)院設(shè)立辦公廳，由國務(wù)院秘書長領(lǐng)導(dǎo)。
(二)國務(wù)院組成部門
國務(wù)院組成部門，是國務(wù)院領(lǐng)導(dǎo)下主管特定國家行政事務(wù)的行政機構(gòu)，依法分別履行國務(wù)院的基本行政管理職能。它包括各部、各委員會、中國人民銀行和國家審計署。國務(wù)院組成部門的設(shè)立、撤銷或者合并，由國務(wù)院機構(gòu)編制管理機關(guān)提出方案，經(jīng)國務(wù)院常務(wù)會議討論通過后，由國務(wù)院總理提請全國人民代表大會決定。在全國人民代表大會閉會期間，提請全國人民代表大會常務(wù)委員會決定。.
國務(wù)院組成部門實行部長、主任和審計長、行長負(fù)責(zé)制。國務(wù)院組成部門工作中的方針、政策、計劃和重大行政措施，應(yīng)向國務(wù)院請示報告，由國務(wù)院決定。根據(jù)法律和國務(wù)院的決定，國務(wù)院組成部門可以在本部門的權(quán)限內(nèi)發(fā)布命令、指示和規(guī)章。
(三)國務(wù)院直屬機構(gòu)和國務(wù)院辦事機構(gòu)
國務(wù)院直屬機構(gòu)，是國務(wù)院主管某項專門業(yè)務(wù)的行政機構(gòu)，具有獨立的行政管理職能。該類機構(gòu)的設(shè)立、撤銷和合并，根據(jù)工作需要和精簡的原則，由國務(wù)院決定。
國務(wù)院辦事機構(gòu)，是協(xié)助國務(wù)院總理辦理專門事項的行政機構(gòu)，不具有獨立的行政管理職能。它的設(shè)立、撤銷和合并由國務(wù)院機構(gòu)編制管理部門提出方案，報國務(wù)院決定。
(四)國務(wù)院組成部門管理的國家行政機構(gòu)
國務(wù)院組成部門管理的國家行政機構(gòu)，是由國務(wù)院組成部門管理，主管特定業(yè)務(wù)，行使行政管理職能的行政機構(gòu)。它的設(shè)立、撤銷和合并，由國務(wù)院機構(gòu)編制管理部門提出方案，報國務(wù)院決定。
國務(wù)院組成部門管理的國家行政機構(gòu)不是該主管部門的內(nèi)設(shè)機構(gòu)。國務(wù)院組成部門主要通過對它所管理的國家行政機構(gòu)工作中的重大方針政策、工作部署等事項實施管理，并對國務(wù)院負(fù)責(zé)。
(五)國務(wù)院議事協(xié)調(diào)機構(gòu)
國務(wù)院議事協(xié)調(diào)機構(gòu)，是承擔(dān)國務(wù)院行政機構(gòu)重要業(yè)務(wù)工作組織協(xié)調(diào)任務(wù)的行政機構(gòu)。它的設(shè)立、撤銷和合并由國務(wù)院機構(gòu)編制管理部門提出方案，報國務(wù)院決定。國務(wù)院議事協(xié)調(diào)機構(gòu)議定的事項，經(jīng)過國務(wù)院同意，由有關(guān)的行政機構(gòu)按照各自的職責(zé)負(fù)責(zé)辦理。在特殊或者緊急的情況下，經(jīng)過國務(wù)院同意，國務(wù)院議事協(xié)調(diào)機構(gòu)可以規(guī)定臨時性的行政管理措施。 (六)國務(wù)院行政機構(gòu)的職能調(diào)整和內(nèi)設(shè)機構(gòu) 上述國務(wù)院行政機構(gòu)設(shè)立后，需要對職能進(jìn)行調(diào)整的，由國務(wù)院機構(gòu)編制管理部門提出方案，報國務(wù)院決定。
國務(wù)院辦公廳、國務(wù)院組成部門、國務(wù)院直屬機構(gòu)、國務(wù)院辦事機構(gòu)在職能分解的基礎(chǔ)上設(shè)立司、處兩級內(nèi)設(shè)機構(gòu);國務(wù)院組成部門管理的國家行政機構(gòu)根據(jù)工作需要可以設(shè)立司、處兩級內(nèi)設(shè)機構(gòu)，也可以只設(shè)立處級內(nèi)設(shè)機構(gòu)。 國務(wù)院行政機構(gòu)的司級內(nèi)設(shè)機構(gòu)的增設(shè)、撤銷或者合并，經(jīng)國務(wù)院機構(gòu)編制管理機關(guān)審核方案，報國務(wù)院批準(zhǔn)。增設(shè)國務(wù)院行政機構(gòu)的司級內(nèi)設(shè)機構(gòu)的方案，應(yīng)當(dāng)包括下列事項：(1)增設(shè)機構(gòu)的必要性;(2)增設(shè)機構(gòu)的名稱和職能;(3)與業(yè)務(wù)相近的司級內(nèi)設(shè)機構(gòu)職能的劃分。國務(wù)院行政管理機構(gòu)的處級內(nèi)設(shè)機構(gòu)的設(shè)立、撤銷或者合并，由國務(wù)院行政機構(gòu)根據(jù)國家有關(guān)規(guī)定決定，按年度報國務(wù)院機構(gòu)編制管理機關(guān)備案。
(七)國務(wù)院行政機構(gòu)的編制管理
國務(wù)院行政機構(gòu)的編制，是對國務(wù)院行政機構(gòu)人員的數(shù)量定額和領(lǐng)導(dǎo)職數(shù)的管理制度。國務(wù)院行政機構(gòu)的編制確定原則，實行依據(jù)職能配置和職位分類實行精簡的原則。
國務(wù)院行政機構(gòu)編制的確定，在國務(wù)院行政機構(gòu)設(shè)立時進(jìn)行。編制方案的內(nèi)容是：(1)機構(gòu)人員定額和人員結(jié)構(gòu)比例;(2)機構(gòu)領(lǐng)導(dǎo)職數(shù)和司級內(nèi)設(shè)機構(gòu)領(lǐng)導(dǎo)職數(shù)。
國務(wù)院行政機構(gòu)編制的增加和減少，由國務(wù)院機構(gòu)編制管理機關(guān)審核方案，報國務(wù)院批準(zhǔn)。
國務(wù)院行政機構(gòu)編制的監(jiān)督檢查，由國務(wù)院機構(gòu)編制管理機關(guān)，對國務(wù)院行政機構(gòu)的機構(gòu)設(shè)置和編制執(zhí)行情況行使監(jiān)督檢查權(quán)。國務(wù)院行政機構(gòu)有義務(wù)每年向國務(wù)院機構(gòu)編制管理機關(guān)提供其機構(gòu)設(shè)置和編制管理情況的報告。