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1.中央司法機(jī)關(guān)
明清時(shí)期，中央司法機(jī)構(gòu)為刑部、大理寺、都察院，一改隋唐以來的大理寺、刑部、御史臺(tái)體系。
(1)明代刑部增設(shè)十三清吏司，分掌各省刑民案件，加強(qiáng)對(duì)地方司法控制;
(2)明代大理寺掌復(fù)核駁正，發(fā)現(xiàn)有“情詞不明或失出入者”，駁回刑部改判，并再行復(fù)核。如此三改不當(dāng)者，奏諸皇帝裁 決。
(3)明代都察院掌糾察。主要是糾察百司，司法活動(dòng)僅限于會(huì)審及審理官吏犯罪案件，并無監(jiān)督法律執(zhí)行的原則。設(shè)有十三道監(jiān)察御史。
2.地方司法機(jī)關(guān)
明朝地方司法機(jī)關(guān)分為省、府(直隸州)縣三級(jí)。沿宋制，省設(shè)提刑按察司，“掌一省刑名按劾之事”。有權(quán)判處徒刑及以下案件，徒刑以上案件須報(bào)送中央刑部批準(zhǔn)執(zhí)行。府、縣兩級(jí)仍是知府、知州、知縣實(shí)行行政司法合一體制，掌管獄訟事務(wù)。明代越訴受重懲。明朝還在各州縣及鄉(xiāng)設(shè)立“申明亭”，張貼榜文，申明教化，由民間德高望重的耆老受理當(dāng)?shù)孛耖g糾紛，加以調(diào)處解決，有力地維護(hù)了社會(huì)秩序。
3.明朝的司法管轄制度
(1)明朝在交叉案件的管轄上，繼承了唐律“以輕就重，以少就多，以后就先”的原則，同時(shí)又規(guī)定：“若詞訟原告、被論在兩處州縣者，聽原告就被論官司告理歸結(jié)”，反映出明朝實(shí)行被告原則，減少推諉的立法意圖。
(2)明朝實(shí)行軍民分訴分轄制，凡軍官、軍人有犯，“與民不相干者”，一律“從本管軍職衙門自行追問”?！霸谕廛娒裨~訟”有涉“叛逆機(jī)密重事”者，可允許“鎮(zhèn)守總兵參將守備等官受理。”若軍案與民相干者，由管軍衙門與當(dāng)?shù)毓俑?，“一體約問”。從中反映出明代軍事審判程序的健全與管轄制度的完善。
4.廷杖與廠衛(wèi)
5.明代的會(huì)審制度
(1)九卿會(huì)審(明代又稱“圓審”)是由六部尚書及通政使司的通政使，都察院左都御使，大理寺卿九人會(huì)審皇帝交付的案件或已判決但囚犯仍翻供不服之案。
(2)朝審。始于天順三年(公元1459年)，英宗命每年霜降之后，三法司會(huì)同公侯、伯爵，在吏部尚書(或戶部尚書)主持下會(huì)審重案囚犯，從此形成制度。清代秋審，朝審皆淵源于此。
(3)大審。始于成化十七年(公元1481年)憲宗命司禮監(jiān)(宦官二十四衙之首)一員在堂居中而坐，尚書各官列居左右，從此“九卿抑于內(nèi)官之下”。會(huì)同三法司在大理寺共審囚徒，《明史·刑法志》載：“自此定例，每五年輒大審。”