自西漢末今古文經(jīng)學(xué)發(fā)生斗爭(zhēng)，至東漢末，鄭玄混合今古文陶俑西晉時(shí)期，今文失去統(tǒng)治地位而告一結(jié)束。魏晉時(shí)期，王肅(純古文)鄭玄兩學(xué)派發(fā)
生斗爭(zhēng)，以新注行世(王弼注《周易》、何晏注《論語(yǔ)》、杜預(yù)注《左傳》)，王肅學(xué)派失敗而告一結(jié)束。西漢以來(lái)博士所傳今文章句之學(xué)，和漢儒賈(逵)馬(融)等人的古文經(jīng)學(xué)，都在晉懷帝永嘉之亂中歸于消滅。以前的兩次結(jié)束正為全部消滅作了必要的準(zhǔn)備。原始儒學(xué)(秦以前)變?yōu)閮蓾h經(jīng)學(xué)(今文古文兩派)，兩漢經(jīng)學(xué)變?yōu)槲簳x經(jīng)學(xué)，至此，經(jīng)學(xué)本身也就無(wú)可再變，只等唐人替它作《正義》，保存漢魏各學(xué)派的一些殘余。
老子《道德經(jīng)》本來(lái)也屬于唯物論方面，魏晉士人把它解釋為唯心論，結(jié)合莊子的詭辯論，創(chuàng)立玄學(xué)。玄學(xué)盛行，經(jīng)學(xué)衰退到次等位置上去了。不過(guò)，玄學(xué)也不是宗教，而統(tǒng)治階級(jí)迫切需要的卻是宗教，玄學(xué)必然要繼經(jīng)學(xué)而衰退。在經(jīng)學(xué)玄學(xué)相繼衰退中，佛教逐步興盛起來(lái)，自魏晉起至隋唐止，經(jīng)學(xué)在思想領(lǐng)域的統(tǒng)治地位，逐漸被佛教奪去，玄學(xué)和道教也奪得一部分，經(jīng)學(xué)僅能保持傳統(tǒng)的崇高名義。
古文經(jīng)學(xué)只講訓(xùn)詁名物，并無(wú)思想性，但唯物論傾向一般是存在著的。曹操禁內(nèi)學(xué)(讖緯)，晉武帝禁星氣讖緯之學(xué)。這種禁令多少受古文經(jīng)學(xué)的影響，當(dāng)然，主要的還是政治上原因。
兩漢今文經(jīng)師，一般是抱殘守缺，穿鑿附會(huì)的陋儒。古文經(jīng)師比今文經(jīng)師學(xué)問(wèn)廣博得多，但仍不能解脫傳統(tǒng)的束縛。顯著的是《易》學(xué)，古文經(jīng)師拘泥于象數(shù)卜筮，支離瑣碎，可厭之處不比今文《易》學(xué)少些。王弼開(kāi)始以玄理說(shuō)《易》，*兩漢今古文《易》學(xué)，標(biāo)志著經(jīng)學(xué)從兩漢家法師法的束縛下解脫出來(lái)，思想活動(dòng)比較自由一些了。魏晉經(jīng)學(xué)以博采眾說(shuō)，不守一家之法一師之說(shuō)為特征，就是思想比較自由一些的表現(xiàn)。