經過李陵事件，司馬遷因為觸犯了皇上，下了監(jiān)獄，交給朝廷審問。 審問下來，把司馬遷定了罪，應該受腐刑，司馬遷拿不出錢贖罪，只好受了刑罰，關在監(jiān)獄里。
司馬遷認為受腐刑是一件很丟臉的事，他幾乎想自殺。但他想到自己有一件極重要的工作沒有完成，不應該死。因為當時他正在用全部精力寫一部書，這就是我國古代最偉大的歷史著作——《史記》。原來，司馬遷的祖上好幾輩都擔任史官，父親司馬談也是漢朝的太史令。司馬遷十歲的時候，就跟隨父親到了長安，從小就讀了不少書籍。
為了搜集史料，開闊眼界，司馬遷從二十歲開始，就游歷祖國各地。他到過浙江會稽，看了傳說中大禹召集部落首領開會的地方;到過曲阜，考察孔子講學的遺址;他到過漢高祖的故鄉(xiāng)，聽取沛縣父老講述劉邦起兵的情況……這種游覽和考察，使司馬遷獲得了大量的知識，又從民間語言中汲取了豐富的養(yǎng)料，給司馬遷的寫作打下了重要的基礎。
以后，司馬遷當了漢武帝的侍從官，又跟隨皇帝巡行各地，還奉命到巴、蜀、昆明一帶視察。司馬談死后，司馬遷繼承父親的職務，做了太史令，他閱讀和搜集的史料就更多了。在他正準備著手寫作的時候，就為了替李陵辯護得罪武帝，下了監(jiān)獄，受了刑。他痛苦地想：這是我自己的過錯呀?，F(xiàn)在受了刑，身子毀了，沒有用了。
但是他又想：從前孔子周游列國的路上被困在陳蔡，后來編了一部《春秋》;屈原遭到放逐，寫了《離騷》;左丘明眼睛瞎了，寫了《國語》。還有《詩經》三百篇，大都是古人在心情憂憤的情況下寫的。這些的著作，都是作者心里有郁悶，或者理想行不通的時候，才寫出來的。我為什么不利用這個時候把這部史書寫好呢?于是，他把從傳說中的黃帝時代開始，一直到漢武帝太始二年為止的這段時期的歷史，編寫成一百三十篇、五十二萬字的巨大著作《史記》。司馬遷在他的《史記》中，對古代一些人物的事跡都作了詳細的敘述。他對于農民起義的領袖陳勝、吳廣，給予高度的評價;對被壓迫的下層人物往往表示同情的態(tài)度。他還把古代文獻中過于艱深的文字改寫成當時比較淺近的文字。人物描寫和情節(jié)描述，形象鮮明，語言生動活潑。因此，《史記》是一部偉大的歷史著作。
司馬遷出了監(jiān)獄以后，擔任中書令。后來，郁郁不樂地死去。但他和他的著作《史記》在我國的史學史、文學都享有很高的地位。