目前，我國有事業(yè)單位111萬個，涉及教科文衛(wèi)、農(nóng)林水、廣播電視、新聞出版等多個領(lǐng)域，事業(yè)編制3153萬人。1989年財政部頒布的《關(guān)于事業(yè)單位預(yù)算管理的若干規(guī)定》明確事業(yè)單位實行全額撥款、差額撥款、自收自支“三種預(yù)算管理方式”，其比例大致保持在60%、20%、20%。
2011年，中共中央、國務(wù)院制定《關(guān)于分類推進事業(yè)單位改革的指導(dǎo)意見》，該意見于2012年4月公開發(fā)布，明確要求事業(yè)單位改革“以科學(xué)分類為基礎(chǔ)”，按照社會功能將現(xiàn)有事業(yè)單位劃分為承擔(dān)行政職能、從事生產(chǎn)經(jīng)營活動和從事公益服務(wù)三個類別，再根據(jù)職責(zé)任務(wù)、服務(wù)對象和資源配置方式等情況，將從事公益服務(wù)的事業(yè)單位細分為兩類（公益一類、公益二類）。
改革開放至今，我國事業(yè)單位改革經(jīng)歷了如下四個階段：
第一階段（1978~2001）：1978年《人民日報》等報刊提出事業(yè)單位進行“事業(yè)體制，企業(yè)化管理”，這拉開了我國事業(yè)單位改革的序幕。上世紀80年代中期改革開始系統(tǒng)展開。1985年國家連續(xù)出臺了事業(yè)體制改革相關(guān)政策：3月出臺《關(guān)于科學(xué)技術(shù)體制改革的決定》，4月出臺《關(guān)于衛(wèi)生工作改革若干政策問題的報告》，5月出臺《關(guān)于教育體制改革的決定》《關(guān)于藝術(shù)表演團體改革的意見》。1996年出臺了《中央機構(gòu)編制委員會關(guān)于事業(yè)單位機構(gòu)改革若干問題的意見》。其中，科學(xué)技術(shù)領(lǐng)域改革在這一階段處于改革前列。1992年，原國家科委等部委印發(fā)《關(guān)于分流人才、調(diào)整結(jié)構(gòu)、進一步深化科技體制改革的若干意見》，穩(wěn)定支持基礎(chǔ)性研究和基礎(chǔ)性技術(shù)工作；放開放活技術(shù)開發(fā)機構(gòu)、社會公益機構(gòu)、科技服務(wù)機構(gòu)；基本完成科技系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)調(diào)整。同時，要求尊重知識，尊重人才，充分調(diào)動和發(fā)揮廣大科技人員的主動性、積極性和創(chuàng)造性。1999年，中共中央國務(wù)院作出《關(guān)于加強技術(shù)創(chuàng)新，發(fā)展高科技，實現(xiàn)產(chǎn)業(yè)化的決定》，對科研院所改革進行更全面系統(tǒng)的部署，明確各類科研機構(gòu)改革與發(fā)展方向。
這一階段事業(yè)單位改革的特點主要表現(xiàn)在：第一，逐步確立以政事分開為主線，以社會化為方向，以分類改革為推進戰(zhàn)略。第二，機制僵化、效率低下問題得到一定程度改善。第三，事業(yè)單位快速膨脹問題逐步解決（改革開放以來我國事業(yè)單位從1978年的1100多萬人，到1990年的2157萬人，再到新千年初的3000萬人，幾乎每隔十年人員膨脹1000萬左右）。
然而，事業(yè)單位改革與政府改革、國有企業(yè)改革相比明顯滯后，改革過程中出現(xiàn)了一些突出問題：政事不分、企事不分、管辦不分、資源配置效率低、服務(wù)公平性下降特別是“過度市場化”等。
第二階段（2002~2006）：中共十六大提出按照政事分開原則，改革事業(yè)單位管理體制。緊接著十六屆三中全會提出繼續(xù)推進事業(yè)單位改革，十六屆五中全會通過的《中共中央關(guān)于制定國民經(jīng)濟和社會發(fā)展第十一個五年規(guī)劃的建議》。2006年，中央機構(gòu)編制委員會辦公室經(jīng)國務(wù)院批準，制定了《關(guān)于事業(yè)單位分類及相關(guān)改革的試點方案》，提出事業(yè)單位分類框架及分類改革意見并擬選擇部分地區(qū)開展改革試點。在此基礎(chǔ)上，部分省市擬定了分類改革方案，進行了摸底調(diào)查、清理整頓、模擬分類與改革試點工作。比如深圳市，2006年的事業(yè)單位改革將原有機構(gòu)按照經(jīng)營服務(wù)類、監(jiān)督管理類和公益類“一分為三”，分別實行轉(zhuǎn)成企業(yè)、納入行政序列、保留或撤銷等不同方式進行分類改革；518家市屬事業(yè)單位被分類歸位：28家納入行政管理類，124家轉(zhuǎn)為企業(yè)，27家撤銷，339家予以保留。
相應(yīng)的，人事制度、收入分配制度、養(yǎng)老保險制度和財政政策等方面改革不同程度推進。2006年2月9日，原人事部發(fā)布實施《事業(yè)單位公開招聘人員暫行規(guī)定》，首次對事業(yè)單位人員招聘進行專門規(guī)定。在2002年啟動并不斷推進聘用制的同時，2006年11月啟動崗位設(shè)置管理制度實施工作，聘用制度、崗位管理兩大基本人事制度開始形成，為由固定用人向合同用人轉(zhuǎn)變、由身份管理向崗位管理轉(zhuǎn)變，實現(xiàn)職務(wù)能上能下、人員能進能出、待遇能高能低奠定基礎(chǔ)。2006年7月起改革事業(yè)單位工作人員收入分配制度，建立崗位績效工資制度。養(yǎng)老保險制度和財政政策改革也進行了探索與局部試點。
第三階段（2007~2011）：中共十七大提出加快行政管理體制改革，建設(shè)服務(wù)型政府，并提出加快推進事業(yè)單位分類改革。十七屆二中全會《關(guān)于深化行政管理體制改革的意見》指出，要按照政事分開、事企分開和管辦分離的原則，推進事業(yè)單位分類改革。2008年11月中央編辦印發(fā)《關(guān)于事業(yè)單位分類試點的意見》。同年，山西、上海、浙江、廣東、重慶進行事業(yè)單位分類改革試點。
人事制度方面配套改革繼續(xù)推進，一是聘用制度推行面不斷擴大，截至2011年全國簽訂聘用合同的事業(yè)單位工作人員達90%；二是崗位設(shè)置管理制度實施工作全面推開，全國31個省區(qū)市都已經(jīng)開始實施；三是公開招聘制度穩(wěn)步實施，全國參加事業(yè)單位公開招聘的有1850多萬人次，實際聘用184萬人。
收入制度方面，2009年事業(yè)單位實施績效工資，分三步展開：從2009年1月1日起在義務(wù)教育學(xué)校實施；配合醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革，從2009年10月1日起在公共衛(wèi)生與基層醫(yī)療衛(wèi)生事業(yè)單位實施；從2010年1月1日起，在其他事業(yè)單位實施。
第四階段（2012年至今）：2012年4月16日公開發(fā)布《中共中央、國務(wù)院關(guān)于分類推進事業(yè)單位改革的指導(dǎo)意見》，對改革的重要意義、指導(dǎo)思想、基本原則、總體目標(biāo)與主要內(nèi)容等進行整體部署，強調(diào)以科學(xué)分類作為改革基礎(chǔ)，按照社會功能將現(xiàn)有事業(yè)單位劃分為承擔(dān)行政職能、從事生產(chǎn)經(jīng)營活動和從事公益服務(wù)三個類別（以下簡稱行政類、經(jīng)營類、公益類），其中，公益類事業(yè)單位根據(jù)職責(zé)任務(wù)、服務(wù)對象和資源配置方式等情況細分為公益一類、公益二類。
改革的階段性目標(biāo)是到2015年在清理規(guī)范基礎(chǔ)上完成事業(yè)單位分類。總體目標(biāo)是到2020年，建立起功能明確、運行高效、治理完善、監(jiān)管有力的事業(yè)單位管理體制和運行機制，構(gòu)建政府主導(dǎo)、社會力量廣泛參與的公益服務(wù)新格局，形成基本服務(wù)優(yōu)先、供給水平適度、布局結(jié)構(gòu)合理、服務(wù)公平公正的中國特色公益服務(wù)體系。
中國共產(chǎn)黨第十八次代表大會進一步提出分類推進事業(yè)單位改革的要求。十八屆三中全會通過的《中共中央關(guān)于全面深化改革若干重大問題的決定》，提出加快事業(yè)單位分類改革，理順事業(yè)單位與主管部門關(guān)系、建立事業(yè)單位法人治理結(jié)構(gòu)、加大政府購買公共服務(wù)力度、建立各類事業(yè)單位統(tǒng)一登記管理制度；同時，在教育、衛(wèi)生、文化、社會保障改革與人才隊伍建設(shè)等方面提出事業(yè)單位改革的具體要求。事業(yè)單位改革將在全面深化改革背景下縱深推進。