由于龍頭石水電站先于大崗山水電站建成發(fā)電，因此大崗山水電站壩下即為龍頭石庫區(qū)，由于大崗山水庫為日調(diào)節(jié)運(yùn)行，不會(huì)改變龍頭石水庫入庫徑流的年際、年內(nèi)和月內(nèi)水量分配，大崗山電站與龍頭石水電站聯(lián)合運(yùn)行對(duì)系統(tǒng)進(jìn)行日調(diào)節(jié)，龍頭石水庫及壩下河段水文情勢(shì)受龍頭石水電站日調(diào)節(jié)運(yùn)行控制。
根據(jù)《四川省大渡河龍頭石水電站環(huán)境影響報(bào)告書》，“龍頭石水電站在非汛期日調(diào)節(jié)期間采取單臺(tái)機(jī)組帶基荷運(yùn)行的方式下泄生態(tài)流量。在此期間，單臺(tái)機(jī)組基荷(保證率為45%)為78 MW，發(fā)電引用流量(即下泄流量)為165.4 m3/s.可完全保證下游生態(tài)用水要求。”