第十六條 有以下情況之一的，檢驗檢疫機構(gòu)另收實驗室檢驗項目、鑒定項目費：
1、本辦法及其收費標準中規(guī)定另行收取實驗室檢驗項目、鑒定項目費的；
2、外國政府或雙（多）邊協(xié)議或出入境關(guān)系人要求增加檢驗檢疫操作規(guī)程以外的檢驗項目、鑒定項目的；
3、法律、法規(guī)或國家質(zhì)量監(jiān)督檢驗檢疫總局規(guī)章規(guī)定增加檢驗檢疫操作規(guī)程以外檢驗項目、鑒定項目，且明確要求另行收費的。
第十七條 已經(jīng)實施檢驗檢疫的出入境法定檢驗檢疫對象，有下列情況之一的，經(jīng)重新報檢并檢驗檢疫后，檢驗檢疫機構(gòu)應(yīng)按本辦法及其收費標準另行收取相關(guān)費用：
1、輸入或前往國家（地區(qū)）更改檢驗檢疫要求的；
2、貨物更換包裝或拼裝的；
3、超過檢驗檢疫有效期或證書（單）報運出口期限的；
4、在口岸查驗過程中，發(fā)現(xiàn)貨證不符、批次混亂，需重新整理的。
第十八條 對經(jīng)檢驗檢疫機構(gòu)檢驗檢疫不合格，并已簽發(fā)不合格通知單的出口貨物，按全額收取檢驗檢疫費。經(jīng)檢驗檢疫機構(gòu)同意，出入境關(guān)系人對不合格的貨物重新加工整理后，檢驗檢疫機構(gòu)再檢驗檢疫一次的減半收費。
第十九條 檢驗檢疫機構(gòu)委托經(jīng)質(zhì)檢總局資質(zhì)認可的檢驗機構(gòu)或其他檢測單位對法定檢驗檢疫對象實施檢驗的，檢驗費由檢驗檢疫機構(gòu)支付。檢驗檢疫機構(gòu)再按本辦法及其收費標準向出入境關(guān)系人收費。
第二十條 法律、行政法規(guī)規(guī)定出入境貨物由有關(guān)檢驗單位實施檢驗，檢驗檢疫機構(gòu)憑檢驗結(jié)果出證的，檢驗檢疫機構(gòu)只收取簽發(fā)證（單）工本費，不得收取檢驗費等其他任何費用。
第二十一條 口岸檢驗檢疫機構(gòu)憑產(chǎn)地檢驗檢疫機構(gòu)簽發(fā)的換證憑單查驗換證的，只收取簽發(fā)證（單）工本費，不得收取查驗費等其它任何費用。
第二十二條 過境植物、動植物產(chǎn)品，入境口岸檢驗檢疫機構(gòu)只檢疫運輸工具和包裝物，按規(guī)定收取運輸工具和包裝物檢驗檢疫費。根據(jù)有關(guān)法律、行政法規(guī)規(guī)定，需對植物、動植物產(chǎn)品抽樣檢疫的，按本辦法及其收費標準收費。
過境動物，根據(jù)實際檢驗檢疫要求，按照動物檢疫收費項目標準收取檢疫費。
第二十三條 檢驗檢疫機構(gòu)對進口食品，食品添加劑，食品容器，包裝材料，食品用工具、設(shè)備，用于食品和食品用工具設(shè)備的洗滌劑、消毒劑等（含來料加工、出口返銷、在免稅商店出售的上述貨物）實施衛(wèi)生監(jiān)督檢驗的，按本辦法及其收費標準收取食品及食品加工設(shè)備衛(wèi)生檢驗費用。
進口食品單一品種在100噸以下和非單一品種在500噸以下的，按小批量食品收費標準計收。
第二十四條 邊境口岸每批次價值在人民幣10萬元以下（含10萬元）的小額邊境貿(mào)易檢驗檢疫收費，按本辦法規(guī)定收費標準的70%計收；每批次價值在人民幣5萬元以下（含5萬元）的小額邊境貿(mào)易檢驗檢疫收費，按本辦法規(guī)定收費標準的50%計收。
第二十五條 出入境關(guān)系人因故撤銷檢驗檢疫時，檢驗檢疫機構(gòu)未實施檢驗檢疫的，不得收費；已實施檢驗檢疫的，按收費標準的100%計收。因檢驗檢疫機構(gòu)責任撤銷檢驗檢疫的，不得收費。
第二十六條 出入境關(guān)系人應(yīng)按照有關(guān)法律法規(guī)和本辦法及其收費標準，按時足額交納檢驗檢疫費用。自檢驗檢疫機構(gòu)開具收費通知單之日起20日內(nèi)，出入境關(guān)系人應(yīng)交清全部費用，逾期未交的，自第21日起，每日加收未交納部分5‰的滯納金。
第二十七條 檢驗檢疫機構(gòu)應(yīng)嚴格按照本辦法及其收費標準收費，按規(guī)定到指定的價格主管部門辦理收費許可證，出具財政部規(guī)定使用的票據(jù)。
第二十八條 各檢驗檢疫機構(gòu)應(yīng)公開收費項目和收費標準，接受價格、財政部門的檢查監(jiān)督，不得擅自增加或減少收費項目，不得擅自提高或降低收費標準，不得重復(fù)收費。
第二十九條 本辦法自2004年4月1日起執(zhí)行。過去有關(guān)出入境檢驗檢疫收費規(guī)定與本辦法不一致的，一律廢止。