含牙囊腫應注意與下列疾病進行鑒別：
1.頜骨成釉細胞瘤
成釉細胞瘤多向唇頰側(cè)膨隆，表現(xiàn)為多房性，受累牙齒的牙根呈截斷性吸收。
2.骨纖維異常增殖癥
多見于上頜骨，呈進行性腫大，X線表現(xiàn)為多形型，囊性骨纖維異常增殖癥低密度影像比頜骨囊腫稍高。
1.頜骨成釉細胞瘤
成釉細胞瘤多向唇頰側(cè)膨隆，表現(xiàn)為多房性，受累牙齒的牙根呈截斷性吸收。
2.骨纖維異常增殖癥
多見于上頜骨，呈進行性腫大，X線表現(xiàn)為多形型，囊性骨纖維異常增殖癥低密度影像比頜骨囊腫稍高。