《中華人民共和國藥品管理法》第五條規(guī)定：“國務(wù)院藥品監(jiān)督管理部門主管全國藥品監(jiān)督管理工作。國務(wù)院有關(guān)部門在各自的職責范圍內(nèi)負責與藥品有關(guān)的監(jiān)督管理工作?！眹鴦?wù)院的有關(guān)部門主要包括衛(wèi)生行政部門、中醫(yī)藥管理部門、發(fā)展與改革宏觀調(diào)控部門、工商行政管理部門、勞動與社會保障部門、海關(guān)等，它們在國務(wù)院規(guī)定的職責范圍內(nèi)分別行使《中華人民共和國藥品管理法》規(guī)定的、與藥品有關(guān)事項的監(jiān)督管理工作。
1.衛(wèi)生行政部門
衛(wèi)生行政部門負責審批與吊銷醫(yī)療機構(gòu)執(zhí)業(yè)證書，負責醫(yī)療機構(gòu)麻醉藥品和精神藥品的管理，負責醫(yī)療機構(gòu)中與實施藥品不良反應(yīng)報告制度有關(guān)的管理工作。
2.中醫(yī)藥管理部門
中醫(yī)藥管理部門負責組織中藥及民族藥的發(fā)掘、整理、總結(jié)和提高，負責中藥和民族醫(yī)藥的技術(shù)標準的制定、修訂工作。
3.發(fā)展與改革宏觀調(diào)控部門
發(fā)展與改革宏觀調(diào)控部門負責藥品價格的監(jiān)督管理工作。依法醫(yī)學教育網(wǎng)|收集整理制定和調(diào)整藥品政府定價目錄，并對納入政府定價的藥品進行定價和調(diào)整；管理國家藥品儲備；負責宏觀醫(yī)藥經(jīng)濟管理。
4.勞動與社會保障部門
勞動和社會保障部門負責組織擬定基本醫(yī)療保險、生育醫(yī)療的藥品、診療和醫(yī)療服務(wù)設(shè)施的范圍及支付標準；組織擬定定點醫(yī)院、定點藥店的管理辦法及費用結(jié)算辦法。
5.工商行政管理部門
工商行政管理部門負責藥品生產(chǎn)、經(jīng)營企業(yè)的工商登記、注冊，以及監(jiān)督管理；藥品廣告監(jiān)管與處罰；藥品流通中各種不正當競爭、損害消費者利益以及藥品購銷中收受回扣的處罰。
6.海關(guān)
海關(guān)負責藥品進口口岸的設(shè)置；藥品進口與出口的監(jiān)管。
省、自治區(qū)、直轄市人民政府的有關(guān)部門也在各自的職責范圍內(nèi)負責與藥品有關(guān)事項的監(jiān)督
1.衛(wèi)生行政部門
衛(wèi)生行政部門負責審批與吊銷醫(yī)療機構(gòu)執(zhí)業(yè)證書，負責醫(yī)療機構(gòu)麻醉藥品和精神藥品的管理，負責醫(yī)療機構(gòu)中與實施藥品不良反應(yīng)報告制度有關(guān)的管理工作。
2.中醫(yī)藥管理部門
中醫(yī)藥管理部門負責組織中藥及民族藥的發(fā)掘、整理、總結(jié)和提高，負責中藥和民族醫(yī)藥的技術(shù)標準的制定、修訂工作。
3.發(fā)展與改革宏觀調(diào)控部門
發(fā)展與改革宏觀調(diào)控部門負責藥品價格的監(jiān)督管理工作。依法醫(yī)學教育網(wǎng)|收集整理制定和調(diào)整藥品政府定價目錄，并對納入政府定價的藥品進行定價和調(diào)整；管理國家藥品儲備；負責宏觀醫(yī)藥經(jīng)濟管理。
4.勞動與社會保障部門
勞動和社會保障部門負責組織擬定基本醫(yī)療保險、生育醫(yī)療的藥品、診療和醫(yī)療服務(wù)設(shè)施的范圍及支付標準；組織擬定定點醫(yī)院、定點藥店的管理辦法及費用結(jié)算辦法。
5.工商行政管理部門
工商行政管理部門負責藥品生產(chǎn)、經(jīng)營企業(yè)的工商登記、注冊，以及監(jiān)督管理；藥品廣告監(jiān)管與處罰；藥品流通中各種不正當競爭、損害消費者利益以及藥品購銷中收受回扣的處罰。
6.海關(guān)
海關(guān)負責藥品進口口岸的設(shè)置；藥品進口與出口的監(jiān)管。
省、自治區(qū)、直轄市人民政府的有關(guān)部門也在各自的職責范圍內(nèi)負責與藥品有關(guān)事項的監(jiān)督