國務(wù)院發(fā)布決定是國務(wù)院根據(jù)憲法第八十九條所享有的一項權(quán)力。一般是針對某個方面的具體事項作出的、與行政法規(guī)不同的一種規(guī)范性文件，其制定程序也不同于行政法規(guī)，不屬于我國法律體系的組成部分。因此，在制定行政許可法的過程中，對于國務(wù)院的決定是否可以設(shè)定行政許可，有不同意見。一種意見認(rèn)為，設(shè)定行政許可是一種立法行為，憲法和立法法對立法的形式作了明確規(guī)定，國務(wù)院的決定不屬于法的淵源，由它來設(shè)定行政許可與行政許可法定的原則不符，也與現(xiàn)有的立法體制不協(xié)調(diào)；現(xiàn)在對國務(wù)院發(fā)布的文件中什么是行政法規(guī)，什么不是行政法規(guī)已經(jīng)分清楚了，國務(wù)院如果需要設(shè)定行政許可，可以用制定行政法規(guī)的方式，沒有必要再用決定的方式設(shè)定行政許可。因此，不贊成國務(wù)院決定可以設(shè)定行政許可。一種意見贊成賦予國務(wù)院決定行政許可設(shè)定權(quán)，理由是：（1）行政許可法取消了國務(wù)院部門規(guī)章的行政許可設(shè)定權(quán)，而現(xiàn)在部門規(guī)章設(shè)定的行政許可量比較大，經(jīng)過清理，有一些還需要保留，但又不可能馬上都上升為行政法規(guī)，可以通過國務(wù)院發(fā)布決定的方式，對需要保留的部門規(guī)章設(shè)定的行政許可作一攬子規(guī)定；（2）加入世貿(mào)組織以后，出現(xiàn)一些緊急情況，需要我國有相應(yīng)的應(yīng)急措施。如當(dāng)某個國家在貿(mào)易方面對我國出口的產(chǎn)品采取禁止、限制或其他歧視性措施時，我們有權(quán)按照對等原則采取相應(yīng)措施，實施進(jìn)出口許可和配額管理等臨時性行政許可，由于以后國務(wù)院部門規(guī)章不能設(shè)定行政許可，就需要國務(wù)院作出決定。但這些限制措施一般是屬于臨時性的，也不可能制定行政法規(guī)；（3）目前，我國還有一些管理領(lǐng)域，法制不太健全，沒有法律，行政法規(guī)也很少，實踐中主要靠“紅頭文件”在管，在今后一段時間內(nèi)，制定法律的時機還不成熟，由國務(wù)院決定設(shè)定行政許可來管，是一個現(xiàn)實可行的選擇；（4）在改革開放的過程中，在國有企業(yè)改革、促進(jìn)就業(yè)與再就業(yè)、社會保障等方面有一些試點、試驗的事項，先是用政策作指導(dǎo)，在局部地區(qū)、特定領(lǐng)域?qū)嵤?，積累經(jīng)驗，在制定法律、行政法規(guī)前，也需要采取行政許可的方式實施管理，防止出現(xiàn)混亂。還有一種意見認(rèn)為，國務(wù)院的決定在制定程序和法律效力與行政法規(guī)不同，如果要賦予其行政許可設(shè)定權(quán)，也要與行政法規(guī)有所區(qū)別，必須限定條件。