行政許可法對(duì)行政機(jī)關(guān)實(shí)施行政許可的原則和制度作出了一系列規(guī)定，如實(shí)施行政許可，應(yīng)當(dāng)遵循公開(kāi)、公平、公正的原則、便民的原則和信賴保護(hù)的原則；公民、法人和其他組織對(duì)行政機(jī)關(guān)實(shí)施行政許可，享有陳述權(quán)、申辯權(quán)；以及實(shí)施行政許可程序的說(shuō)明理由制度和聽(tīng)證制度等等，都適用于國(guó)務(wù)院實(shí)施行政許可的程序。因此，行政許可法的原則和精神適用于國(guó)務(wù)院實(shí)施行政許可的程序。
但由于國(guó)務(wù)院實(shí)施行政許可的一些事項(xiàng)有其特殊性，如涉及國(guó)家安全、社會(huì)公共利益或者對(duì)外經(jīng)濟(jì)貿(mào)易政策等，國(guó)務(wù)院實(shí)施行政許可的程序，在有關(guān)公開(kāi)原則和時(shí)效制度等方面也需要作一些特殊規(guī)定。例如，核出口管制條例規(guī)定，對(duì)核出口申請(qǐng)進(jìn)行初審和復(fù)審分別規(guī)定了15天的期限，同時(shí)規(guī)定對(duì)國(guó)家安全、社會(huì)公共利益或者外交政策有重要影響的核出口，必要時(shí)，應(yīng)當(dāng)報(bào)國(guó)務(wù)院審批。報(bào)國(guó)務(wù)院審批的，不受本條例規(guī)定的上述期限的限制。又如，招標(biāo)投標(biāo)法第四十條規(guī)定：“國(guó)務(wù)院對(duì)特定招標(biāo)項(xiàng)目的評(píng)標(biāo)有特別規(guī)定的，從其規(guī)定?！币虼?，本法規(guī)定，國(guó)務(wù)院實(shí)施行政許可的程序，適用有關(guān)法律、行政法規(guī)的規(guī)定。
但由于國(guó)務(wù)院實(shí)施行政許可的一些事項(xiàng)有其特殊性，如涉及國(guó)家安全、社會(huì)公共利益或者對(duì)外經(jīng)濟(jì)貿(mào)易政策等，國(guó)務(wù)院實(shí)施行政許可的程序，在有關(guān)公開(kāi)原則和時(shí)效制度等方面也需要作一些特殊規(guī)定。例如，核出口管制條例規(guī)定，對(duì)核出口申請(qǐng)進(jìn)行初審和復(fù)審分別規(guī)定了15天的期限，同時(shí)規(guī)定對(duì)國(guó)家安全、社會(huì)公共利益或者外交政策有重要影響的核出口，必要時(shí)，應(yīng)當(dāng)報(bào)國(guó)務(wù)院審批。報(bào)國(guó)務(wù)院審批的，不受本條例規(guī)定的上述期限的限制。又如，招標(biāo)投標(biāo)法第四十條規(guī)定：“國(guó)務(wù)院對(duì)特定招標(biāo)項(xiàng)目的評(píng)標(biāo)有特別規(guī)定的，從其規(guī)定?！币虼?，本法規(guī)定，國(guó)務(wù)院實(shí)施行政許可的程序，適用有關(guān)法律、行政法規(guī)的規(guī)定。