我國對耕地實(shí)行特殊保護(hù)的具體措施包括：
（1）在體制上，國家成立了國土資源部，地方各級人民政府設(shè)立了土地行政主管部門，統(tǒng)一負(fù)責(zé)土地的管理和監(jiān)督工作，改變了原來上下級土地管理部門之間的業(yè)務(wù)指導(dǎo)關(guān)系，確定國土資源部對省級人民政府國土資源主管部門實(shí)行業(yè)務(wù)領(lǐng)導(dǎo)，省級人民政府國土資源主管部門主要領(lǐng)導(dǎo)干部的任免，需征得國土資源部的同意。同時(shí)為地方改革土地管理體制留下了法律空間。通過改革土地管理體制，為保證中央關(guān)于耕地保護(hù)的政策和措施的落實(shí)提供了組織保障。
（2）在機(jī)制上，通過明確土地利用總體規(guī)劃與城市總體規(guī)劃、村莊和集鎮(zhèn)規(guī)劃的關(guān)系，確立土地利用總體規(guī)劃的法律地位，對土地用途實(shí)行管制制度，尤其是對農(nóng)地轉(zhuǎn)用實(shí)行嚴(yán)格審批以及通過增加新增建設(shè)用地成本（如對占用耕地征收耕地占用稅、對新增建設(shè)用地征收土地有償使用費(fèi)等）和降低存量建設(shè)用地的使用成本等經(jīng)濟(jì)手段，建立占用耕地的調(diào)控機(jī)制。
（3）在法制上，明確規(guī)定了對違法占用土地和非法批地的行政處罰措施，同時(shí)在新修訂的《刑法》中規(guī)定：“違反土地管理法規(guī)，非法占用耕地改作他用，數(shù)量較大，造成耕地大量毀壞的，處五年以下有期徒刑或者拘役，并處或者單處罰金”，“國家機(jī)關(guān)工作人員徇私舞弊，違反土地管理法規(guī)，濫用職權(quán)，非法批準(zhǔn)征用、占用土地，或者非法低價(jià)出讓國有土地使用權(quán)，情節(jié)嚴(yán)重的，處三年以下有期徒刑或者拘役；致使國家或者集體利益遭受特別重大損失的，處三年以上七年以下有期徒刑”，把耕地納入了刑法的保護(hù)范圍。
（4）在管理上，國家依法建立了基本農(nóng)田保護(hù)區(qū)制度，要求各地要按照土地利用總體規(guī)劃劃定基本農(nóng)田保護(hù)區(qū)，各省、直轄市、自治區(qū)劃定的基本農(nóng)田要占本行政區(qū)域內(nèi)耕地的80％以上。國家實(shí)行占用耕地補(bǔ)償制度，禁止占用耕地建窯、建墳或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采礦、取土；禁止占用基本農(nóng)田發(fā)展林果業(yè)和挖塘養(yǎng)魚；禁止閑置、荒蕪耕地。
（1）在體制上，國家成立了國土資源部，地方各級人民政府設(shè)立了土地行政主管部門，統(tǒng)一負(fù)責(zé)土地的管理和監(jiān)督工作，改變了原來上下級土地管理部門之間的業(yè)務(wù)指導(dǎo)關(guān)系，確定國土資源部對省級人民政府國土資源主管部門實(shí)行業(yè)務(wù)領(lǐng)導(dǎo)，省級人民政府國土資源主管部門主要領(lǐng)導(dǎo)干部的任免，需征得國土資源部的同意。同時(shí)為地方改革土地管理體制留下了法律空間。通過改革土地管理體制，為保證中央關(guān)于耕地保護(hù)的政策和措施的落實(shí)提供了組織保障。
（2）在機(jī)制上，通過明確土地利用總體規(guī)劃與城市總體規(guī)劃、村莊和集鎮(zhèn)規(guī)劃的關(guān)系，確立土地利用總體規(guī)劃的法律地位，對土地用途實(shí)行管制制度，尤其是對農(nóng)地轉(zhuǎn)用實(shí)行嚴(yán)格審批以及通過增加新增建設(shè)用地成本（如對占用耕地征收耕地占用稅、對新增建設(shè)用地征收土地有償使用費(fèi)等）和降低存量建設(shè)用地的使用成本等經(jīng)濟(jì)手段，建立占用耕地的調(diào)控機(jī)制。
（3）在法制上，明確規(guī)定了對違法占用土地和非法批地的行政處罰措施，同時(shí)在新修訂的《刑法》中規(guī)定：“違反土地管理法規(guī)，非法占用耕地改作他用，數(shù)量較大，造成耕地大量毀壞的，處五年以下有期徒刑或者拘役，并處或者單處罰金”，“國家機(jī)關(guān)工作人員徇私舞弊，違反土地管理法規(guī)，濫用職權(quán)，非法批準(zhǔn)征用、占用土地，或者非法低價(jià)出讓國有土地使用權(quán)，情節(jié)嚴(yán)重的，處三年以下有期徒刑或者拘役；致使國家或者集體利益遭受特別重大損失的，處三年以上七年以下有期徒刑”，把耕地納入了刑法的保護(hù)范圍。
（4）在管理上，國家依法建立了基本農(nóng)田保護(hù)區(qū)制度，要求各地要按照土地利用總體規(guī)劃劃定基本農(nóng)田保護(hù)區(qū)，各省、直轄市、自治區(qū)劃定的基本農(nóng)田要占本行政區(qū)域內(nèi)耕地的80％以上。國家實(shí)行占用耕地補(bǔ)償制度，禁止占用耕地建窯、建墳或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采礦、取土；禁止占用基本農(nóng)田發(fā)展林果業(yè)和挖塘養(yǎng)魚；禁止閑置、荒蕪耕地。