用痰，淋巴結(jié)，骨髓，肝組織活檢，血，尿或口腔潰瘍分泌物培養(yǎng)出組織胞漿菌可以確診。溶解離心或血沉棕黃層培養(yǎng)能提高血標(biāo)本的陽(yáng)性檢出率。顯微組織病理學(xué)檢查結(jié)果也可有力地提示診斷。經(jīng)特殊染色的組織標(biāo)本（Gomori烏落托品銀染色，PAS或Gridley銀染色）可見(jiàn)巨噬細(xì)胞，血單核細(xì)胞或中性細(xì)胞內(nèi)具有特征性成簇的，小而卵圓形的酵母菌。伴有艾滋病的廣泛感染患者，外周血或血沉棕黃層經(jīng)賴(lài)特或吉姆薩染色可見(jiàn)細(xì)胞內(nèi)的酵母菌。用酶測(cè)定或放射性免疫測(cè)定，可從血清，尿，腦脊液或支氣管肺泡洗出液標(biāo)本中檢出組織胞漿菌抗原。盡管有報(bào)道檢測(cè)組織胞漿菌抗原是敏感和特異的，但已發(fā)現(xiàn)與其他真菌（如粗球孢子菌，皮炎芽生菌，巴西副球孢子菌，馬內(nèi)菲青霉菌）存在罕有的交叉反應(yīng)。然而，該項(xiàng)檢測(cè)目前只在印第安納波利斯的組織胞漿菌病參照實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行，其結(jié)果尚未被其他實(shí)驗(yàn)室重復(fù)。組織病理學(xué)和免疫血清學(xué)診斷最終應(yīng)以培養(yǎng)陽(yáng)性來(lái)確證。