用痰，淋巴結，骨髓，肝組織活檢，血，尿或口腔潰瘍分泌物培養(yǎng)出組織胞漿菌可以確診。溶解離心或血沉棕黃層培養(yǎng)能提高血標本的陽性檢出率。顯微組織病理學檢查結果也可有力地提示診斷。經特殊染色的組織標本（Gomori烏落托品銀染色，PAS或Gridley銀染色）可見巨噬細胞，血單核細胞或中性細胞內具有特征性成簇的，小而卵圓形的酵母菌。伴有艾滋病的廣泛感染患者，外周血或血沉棕黃層經賴特或吉姆薩染色可見細胞內的酵母菌。用酶測定或放射性免疫測定，可從血清，尿，腦脊液或支氣管肺泡洗出液標本中檢出組織胞漿菌抗原。盡管有報道檢測組織胞漿菌抗原是敏感和特異的，但已發(fā)現(xiàn)與其他真菌（如粗球孢子菌，皮炎芽生菌，巴西副球孢子菌，馬內菲青霉菌）存在罕有的交叉反應。然而，該項檢測目前只在印第安納波利斯的組織胞漿菌病參照實驗室進行，其結果尚未被其他實驗室重復。組織病理學和免疫血清學診斷最終應以培養(yǎng)陽性來確證。