根據(jù)《國務院關于印發(fā)〈全面推進依法行政實施綱要〉的通知》（國發(fā)[2004]10號）的要求，國家稅務總局對1993年底以來以國家稅務總局名義發(fā)布的有關增值稅政策及征收管理的規(guī)范性文件進行了全面清理（國稅發(fā)[2009]7號），具體清單如下：
一、全文廢止或失效的稅收規(guī)范性文件50件
1.《國家稅務總局關于各種性質(zhì)的價外收入都應當征收增值稅的批復》（國稅函發(fā)[1994]87號）
2.《國家稅務總局關于印發(fā)〈增值稅小規(guī)模納稅人征收管理辦法〉的通知》（國稅發(fā)[1994]116號）
3.《國家稅務總局關于印發(fā)修改后的〈增值稅納稅報表〉表樣的通知》（國稅發(fā)[1994]272號）
4.《國家稅務總局關于加強增值稅征收管理工作的通知》（國稅發(fā)[1995]15號）
5.《國家稅務總局關于下發(fā)〈增值稅專用發(fā)票及其他計稅、扣稅憑證稽核檢查辦法（試行）〉的通知》（國稅發(fā)[1995]30號）
6.《國家稅務總局關于生產(chǎn)銷售并連續(xù)安裝鋁合金門窗等業(yè)務收入征收增值稅問題的批復》（國稅函[1996]447號）
7.《國家稅務總局關于印發(fā)〈增值稅日常統(tǒng)計報表和調(diào)查工作評比計分辦法〉的通知》（國稅函[1996]448號）
8.《國家稅務總局關于檢查清理增值稅一般納稅人的通知》（國稅發(fā)[1997]38號）
9.《國家稅務總局關于進行增值稅納稅人情況調(diào)查的通知》（國稅函[1997]156號）
10.《國家稅務總局關于農(nóng)電管理站收取的電工經(jīng)費征收增值稅問題的批復》（國稅函[1997]241號）
11.《國家稅務總局關于開展商業(yè)企業(yè)增值稅專項檢查的通知》（國稅函[1997]401號）
12.《國家稅務總局關于做好商業(yè)個體經(jīng)營者增值稅征收率調(diào)整工作的通知》（國稅發(fā)[1998]104號）
13.《國家稅務總局關于貫徹國務院有關完善小規(guī)模商業(yè)企業(yè)增值稅政策的決定的補充通知》（國稅發(fā)[1998]124號）
14.《國家稅務總局關于1999年增值稅一般納稅人年審工作幾個具體問題的通知》（國稅流函[1998]043號）
15.《國家稅務總局關于北京市自來水公司征收增值稅問題的批復》（國稅函[1998]28號）
16.《國家稅務總局關于工業(yè)企業(yè)制售安裝鐵塔征稅問題的批復》（國稅函[1999]505號）
17.《國家稅務總局關于濟南市自來水公司有關增值稅問題的批復》（國稅函[2000]612號）
18.《國家稅務總局關于金稅工程運行有關問題的通知》（國稅發(fā)明電[2000]50號）
19.《國家稅務總局關于防偽稅控認證不符和密文有誤增值稅專用發(fā)票查處工作的通知》（國稅發(fā)明電[2000]51號）
20.《國家稅務總局關于加強商貿(mào)企業(yè)增值稅納稅評估工作的通知》（國稅發(fā)[2001]140號）
21.《國家稅務總局關于天津市自來水公司征收增值稅問題的批復》（國稅函[2001]981號）
22.《國家稅務總局關于青島市自來水集團有限公司有關增值稅問題的批復》（國稅函[2001]982號）
23.《國家稅務總局關于武漢市自來水公司征收增值稅問題的批復》（國稅函[2001]983號）
24.《國家稅務總局關于農(nóng)村電力體制改革中農(nóng)村電網(wǎng)維護費征免增值稅問題的批復》（國稅函[2002]421號）
25.《國家稅務總局關于推行增值稅一般納稅人納稅申報“一窗式”管理模式的通知》（國稅發(fā)明電[2003]26號）
26.《國家稅務總局關于推行增值稅一般納稅人納稅申報“一窗式”管理模式有關問題的通知》（國稅發(fā)明電[2003]28號）
27.《國家稅務總局關于確保增值稅納稅申報“一窗式”管理模式推行到位的通知》（國稅發(fā)明電[2003]30號）
28.《國家稅務總局關于開展增值稅一般納稅人納稅申報電子信息采集系統(tǒng)和增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)信息企業(yè)采集方式軟件測評工作的通知》（國稅函[2003]29號）
29.《國家稅務總局關于推行增值稅一般納稅人納稅申報電子信息采集系統(tǒng)的通知》（國稅函[2003]328號）
30.《國家稅務總局關于一般納稅人銷售自來水增值稅進項稅額抵扣問題的批復》（國稅函[2003]432號）
31.《國家稅務總局關于進一步加強增值稅征收管理問題的通知》（國稅函[2003]439號）
32.《國家稅務總局關于增值稅電子申報軟件推行有關問題的通知》（國稅函[2003]943號）
33.《國家稅務總局關于水煤漿產(chǎn)品適用增值稅稅率的批復》（國稅函[2003]1144號）
34.《國家稅務總局關于首都機場集團公司轉供自來水業(yè)務征收增值稅問題的批復》（國稅函[2003]1289號）
35.《國家稅務總局關于開展增值稅專項納稅評估工作的通知》（國稅發(fā)明電[2004]7號）
36.《國家稅務總局關于印發(fā)〈中國石油化工股份有限公司南方勘探開發(fā)分公司原油天然氣增值稅征收管理辦法〉的通知》（國稅函[2004]678號）
37.《國家稅務總局關于加強東北地區(qū)擴大增值稅抵扣范圍增值稅管理有關問題的通知》（國稅函[2004]1111號）
38.《國家稅務總局關于開展成品油零售單位增值稅納稅評估工作的通知》（國稅發(fā)[2005]76號）
39.《國家稅務總局關于加強增值稅申報異常企業(yè)納稅評估工作的通知》（國稅發(fā)明電[2005]21號）
40.《國家稅務總局關于鐵路運費進項稅額抵扣問題的補充通知》（國稅函[2005]332號）
41.《國家稅務總局關于將西林鋼鐵集團有限公司納入東北地區(qū)擴大增值稅抵扣試點企業(yè)范圍的批復》（國稅函[2005]592號）
42.《國家稅務總局關于將吉林炭素集團有限責任公司納入東北地區(qū)擴大增值稅抵扣試點企業(yè)范圍的批復》（國稅函[2005]692號）
43.《國家稅務總局關于部分資源綜合利用產(chǎn)品增值稅政策有關問題的批復》（國稅函[2005]1028號）
44.《國家稅務總局關于納稅人銷售自產(chǎn)建筑防水材料并同時提供建筑業(yè)勞務征收流轉稅問題的通知》（國稅發(fā)[2006]80號）
45.《國家稅務總局關于開展農(nóng)業(yè)產(chǎn)品進項稅額抵扣異常等核查工作的通知》（國稅函[2006]710號）
46.《國家稅務總局關于開展增值稅專用發(fā)票存根聯(lián)滯留專項核查工作的通知》（國稅函[2006]1277號）
47.《國家稅務總局關于天津市自來水供水企業(yè)進項稅額抵扣問題的批復》（國稅函[2007]24號）
48.《國家稅務總局關于明確硫磺適用稅率的通知》（國稅函[2007]624號）
49.《國家稅務總局關于礦采選過程中的低品位礦石是否屬于廢舊物資的批復》（國稅函[2007]1027號）
50.《國家稅務總局關于開展水泥生產(chǎn)企業(yè)增值稅專項納稅評估工作的通知》（國稅函[2008]407號）
二、部分條款失效或廢止的稅收規(guī)范性文件14件
1.《國家稅務總局關于印發(fā)〈增值稅若干具體問題的規(guī)定〉的通知》（國稅發(fā)[1993]154號）第三條、第四條。
2.《國家稅務總局關于增值稅若干征收問題的通知》（國稅發(fā)[1994]122號）第二條、第五條。
3.《國家稅務總局關于增值稅幾個業(yè)務問題的通知》（國稅發(fā)[1994]186號）第二條。
4.《國家稅務總局關于加強增值稅征收管理若干問題的通知》（國稅發(fā)[1995]192號）第一條第（一）款第1項“（固定資產(chǎn)除外）”。
5.《國家稅務總局關于印發(fā)〈增值稅問題解答（之一）〉的通知》（國稅函發(fā)[1995]288號）附件《增值稅問題解答（之一）》第一條、第三條（鐵路單位稅收政策解答）、第八條、第十一條、第十三條、第十四條、第十五條、第十六條。
6.《國家稅務總局關于增值稅若干征管問題的通知》（國稅發(fā)[1996]155號）第三條。
7.《國家稅務總局關于中關村科技園區(qū)軟件開發(fā)生產(chǎn)企業(yè)有關稅收政策的通知》（國稅發(fā)[1999]156號）第二條、第三條、第四條。
8.《國家稅務總局關于納稅人銷售自產(chǎn)貨物提供增值稅勞務并同時提供建筑業(yè)勞務征收流轉稅問題的通知》（國稅發(fā)[2002]117號)第三條。
9.《國家稅務總局關于加強貨物運輸業(yè)稅收征收管理的通知》（國稅發(fā)[2003]121號）附件二《運輸發(fā)票增值稅抵扣管理試行辦法》第二條第二款第（一）項“（固定資產(chǎn)除外）”
10.《國家稅務總局關于加強海關進口增值稅專用繳款書和廢舊物資發(fā)票管理有關問題的通知》（國稅函[2004]128號）第二條。
11.《國家稅務總局關于加強增值稅專用發(fā)票管理有關問題的通知》（國稅發(fā)[2005]150號）第一條、第二條、第五條。
12.《國家稅務總局關于加強農(nóng)產(chǎn)品增值稅抵扣管理有關問題的通知》（國稅函[2005]545號）第二條。
13.《國家稅務總局關于出境口岸國際隔離區(qū)免稅店銷售進口免稅品和國產(chǎn)品有關增值稅問題的批復》（國稅函[2006]313號）第一條“《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第七條規(guī)定‘所銷售的貨物的起運地或所在地在境內(nèi)’系指在中華人民共和國關境以內(nèi)。因此，在中華人民共和國關境以外發(fā)生的銷售行為不屬于《中華人民共和國增值稅暫行條例》第一條規(guī)定‘在中華人民共和國境內(nèi)銷售貨物’行為，不征收增值稅”。
14.《國家稅務總局關于出境口岸免稅店有關增值稅政策問題的通知》（國稅函[2008]81號）第一條“《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第七條規(guī)定‘所銷售的貨物的起運地或所在地在境內(nèi)’，‘境內(nèi)’是指在中華人民共和國關境以內(nèi)”。
一、全文廢止或失效的稅收規(guī)范性文件50件
1.《國家稅務總局關于各種性質(zhì)的價外收入都應當征收增值稅的批復》（國稅函發(fā)[1994]87號）
2.《國家稅務總局關于印發(fā)〈增值稅小規(guī)模納稅人征收管理辦法〉的通知》（國稅發(fā)[1994]116號）
3.《國家稅務總局關于印發(fā)修改后的〈增值稅納稅報表〉表樣的通知》（國稅發(fā)[1994]272號）
4.《國家稅務總局關于加強增值稅征收管理工作的通知》（國稅發(fā)[1995]15號）
5.《國家稅務總局關于下發(fā)〈增值稅專用發(fā)票及其他計稅、扣稅憑證稽核檢查辦法（試行）〉的通知》（國稅發(fā)[1995]30號）
6.《國家稅務總局關于生產(chǎn)銷售并連續(xù)安裝鋁合金門窗等業(yè)務收入征收增值稅問題的批復》（國稅函[1996]447號）
7.《國家稅務總局關于印發(fā)〈增值稅日常統(tǒng)計報表和調(diào)查工作評比計分辦法〉的通知》（國稅函[1996]448號）
8.《國家稅務總局關于檢查清理增值稅一般納稅人的通知》（國稅發(fā)[1997]38號）
9.《國家稅務總局關于進行增值稅納稅人情況調(diào)查的通知》（國稅函[1997]156號）
10.《國家稅務總局關于農(nóng)電管理站收取的電工經(jīng)費征收增值稅問題的批復》（國稅函[1997]241號）
11.《國家稅務總局關于開展商業(yè)企業(yè)增值稅專項檢查的通知》（國稅函[1997]401號）
12.《國家稅務總局關于做好商業(yè)個體經(jīng)營者增值稅征收率調(diào)整工作的通知》（國稅發(fā)[1998]104號）
13.《國家稅務總局關于貫徹國務院有關完善小規(guī)模商業(yè)企業(yè)增值稅政策的決定的補充通知》（國稅發(fā)[1998]124號）
14.《國家稅務總局關于1999年增值稅一般納稅人年審工作幾個具體問題的通知》（國稅流函[1998]043號）
15.《國家稅務總局關于北京市自來水公司征收增值稅問題的批復》（國稅函[1998]28號）
16.《國家稅務總局關于工業(yè)企業(yè)制售安裝鐵塔征稅問題的批復》（國稅函[1999]505號）
17.《國家稅務總局關于濟南市自來水公司有關增值稅問題的批復》（國稅函[2000]612號）
18.《國家稅務總局關于金稅工程運行有關問題的通知》（國稅發(fā)明電[2000]50號）
19.《國家稅務總局關于防偽稅控認證不符和密文有誤增值稅專用發(fā)票查處工作的通知》（國稅發(fā)明電[2000]51號）
20.《國家稅務總局關于加強商貿(mào)企業(yè)增值稅納稅評估工作的通知》（國稅發(fā)[2001]140號）
21.《國家稅務總局關于天津市自來水公司征收增值稅問題的批復》（國稅函[2001]981號）
22.《國家稅務總局關于青島市自來水集團有限公司有關增值稅問題的批復》（國稅函[2001]982號）
23.《國家稅務總局關于武漢市自來水公司征收增值稅問題的批復》（國稅函[2001]983號）
24.《國家稅務總局關于農(nóng)村電力體制改革中農(nóng)村電網(wǎng)維護費征免增值稅問題的批復》（國稅函[2002]421號）
25.《國家稅務總局關于推行增值稅一般納稅人納稅申報“一窗式”管理模式的通知》（國稅發(fā)明電[2003]26號）
26.《國家稅務總局關于推行增值稅一般納稅人納稅申報“一窗式”管理模式有關問題的通知》（國稅發(fā)明電[2003]28號）
27.《國家稅務總局關于確保增值稅納稅申報“一窗式”管理模式推行到位的通知》（國稅發(fā)明電[2003]30號）
28.《國家稅務總局關于開展增值稅一般納稅人納稅申報電子信息采集系統(tǒng)和增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)信息企業(yè)采集方式軟件測評工作的通知》（國稅函[2003]29號）
29.《國家稅務總局關于推行增值稅一般納稅人納稅申報電子信息采集系統(tǒng)的通知》（國稅函[2003]328號）
30.《國家稅務總局關于一般納稅人銷售自來水增值稅進項稅額抵扣問題的批復》（國稅函[2003]432號）
31.《國家稅務總局關于進一步加強增值稅征收管理問題的通知》（國稅函[2003]439號）
32.《國家稅務總局關于增值稅電子申報軟件推行有關問題的通知》（國稅函[2003]943號）
33.《國家稅務總局關于水煤漿產(chǎn)品適用增值稅稅率的批復》（國稅函[2003]1144號）
34.《國家稅務總局關于首都機場集團公司轉供自來水業(yè)務征收增值稅問題的批復》（國稅函[2003]1289號）
35.《國家稅務總局關于開展增值稅專項納稅評估工作的通知》（國稅發(fā)明電[2004]7號）
36.《國家稅務總局關于印發(fā)〈中國石油化工股份有限公司南方勘探開發(fā)分公司原油天然氣增值稅征收管理辦法〉的通知》（國稅函[2004]678號）
37.《國家稅務總局關于加強東北地區(qū)擴大增值稅抵扣范圍增值稅管理有關問題的通知》（國稅函[2004]1111號）
38.《國家稅務總局關于開展成品油零售單位增值稅納稅評估工作的通知》（國稅發(fā)[2005]76號）
39.《國家稅務總局關于加強增值稅申報異常企業(yè)納稅評估工作的通知》（國稅發(fā)明電[2005]21號）
40.《國家稅務總局關于鐵路運費進項稅額抵扣問題的補充通知》（國稅函[2005]332號）
41.《國家稅務總局關于將西林鋼鐵集團有限公司納入東北地區(qū)擴大增值稅抵扣試點企業(yè)范圍的批復》（國稅函[2005]592號）
42.《國家稅務總局關于將吉林炭素集團有限責任公司納入東北地區(qū)擴大增值稅抵扣試點企業(yè)范圍的批復》（國稅函[2005]692號）
43.《國家稅務總局關于部分資源綜合利用產(chǎn)品增值稅政策有關問題的批復》（國稅函[2005]1028號）
44.《國家稅務總局關于納稅人銷售自產(chǎn)建筑防水材料并同時提供建筑業(yè)勞務征收流轉稅問題的通知》（國稅發(fā)[2006]80號）
45.《國家稅務總局關于開展農(nóng)業(yè)產(chǎn)品進項稅額抵扣異常等核查工作的通知》（國稅函[2006]710號）
46.《國家稅務總局關于開展增值稅專用發(fā)票存根聯(lián)滯留專項核查工作的通知》（國稅函[2006]1277號）
47.《國家稅務總局關于天津市自來水供水企業(yè)進項稅額抵扣問題的批復》（國稅函[2007]24號）
48.《國家稅務總局關于明確硫磺適用稅率的通知》（國稅函[2007]624號）
49.《國家稅務總局關于礦采選過程中的低品位礦石是否屬于廢舊物資的批復》（國稅函[2007]1027號）
50.《國家稅務總局關于開展水泥生產(chǎn)企業(yè)增值稅專項納稅評估工作的通知》（國稅函[2008]407號）
二、部分條款失效或廢止的稅收規(guī)范性文件14件
1.《國家稅務總局關于印發(fā)〈增值稅若干具體問題的規(guī)定〉的通知》（國稅發(fā)[1993]154號）第三條、第四條。
2.《國家稅務總局關于增值稅若干征收問題的通知》（國稅發(fā)[1994]122號）第二條、第五條。
3.《國家稅務總局關于增值稅幾個業(yè)務問題的通知》（國稅發(fā)[1994]186號）第二條。
4.《國家稅務總局關于加強增值稅征收管理若干問題的通知》（國稅發(fā)[1995]192號）第一條第（一）款第1項“（固定資產(chǎn)除外）”。
5.《國家稅務總局關于印發(fā)〈增值稅問題解答（之一）〉的通知》（國稅函發(fā)[1995]288號）附件《增值稅問題解答（之一）》第一條、第三條（鐵路單位稅收政策解答）、第八條、第十一條、第十三條、第十四條、第十五條、第十六條。
6.《國家稅務總局關于增值稅若干征管問題的通知》（國稅發(fā)[1996]155號）第三條。
7.《國家稅務總局關于中關村科技園區(qū)軟件開發(fā)生產(chǎn)企業(yè)有關稅收政策的通知》（國稅發(fā)[1999]156號）第二條、第三條、第四條。
8.《國家稅務總局關于納稅人銷售自產(chǎn)貨物提供增值稅勞務并同時提供建筑業(yè)勞務征收流轉稅問題的通知》（國稅發(fā)[2002]117號)第三條。
9.《國家稅務總局關于加強貨物運輸業(yè)稅收征收管理的通知》（國稅發(fā)[2003]121號）附件二《運輸發(fā)票增值稅抵扣管理試行辦法》第二條第二款第（一）項“（固定資產(chǎn)除外）”
10.《國家稅務總局關于加強海關進口增值稅專用繳款書和廢舊物資發(fā)票管理有關問題的通知》（國稅函[2004]128號）第二條。
11.《國家稅務總局關于加強增值稅專用發(fā)票管理有關問題的通知》（國稅發(fā)[2005]150號）第一條、第二條、第五條。
12.《國家稅務總局關于加強農(nóng)產(chǎn)品增值稅抵扣管理有關問題的通知》（國稅函[2005]545號）第二條。
13.《國家稅務總局關于出境口岸國際隔離區(qū)免稅店銷售進口免稅品和國產(chǎn)品有關增值稅問題的批復》（國稅函[2006]313號）第一條“《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第七條規(guī)定‘所銷售的貨物的起運地或所在地在境內(nèi)’系指在中華人民共和國關境以內(nèi)。因此，在中華人民共和國關境以外發(fā)生的銷售行為不屬于《中華人民共和國增值稅暫行條例》第一條規(guī)定‘在中華人民共和國境內(nèi)銷售貨物’行為，不征收增值稅”。
14.《國家稅務總局關于出境口岸免稅店有關增值稅政策問題的通知》（國稅函[2008]81號）第一條“《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第七條規(guī)定‘所銷售的貨物的起運地或所在地在境內(nèi)’，‘境內(nèi)’是指在中華人民共和國關境以內(nèi)”。