企業(yè)對按財務(wù)會計制度和《稅法》分別計算的應(yīng)納稅額之間的差異，在納稅時必須按《稅法》的規(guī)定進行納稅調(diào)整，注冊會計師審計時，必須對企業(yè)的納稅事項進行審計，以確定應(yīng)納稅額的正確性。然而一些注冊會計師往往側(cè)重于對財務(wù)會計的審計，不重視對納稅問題的審計，使對企業(yè)納稅方面的審計成為薄弱環(huán)節(jié)。形成薄弱環(huán)節(jié)的原因有：
注冊會計師的誤區(qū)
相當(dāng)一部分注冊會計師對納稅審計有3個誤區(qū)：一是直接引用稅務(wù)代理機構(gòu)或稅務(wù)機關(guān)對企業(yè)納稅的審查意見作為對應(yīng)納稅額的審定意見；二是將企業(yè)的應(yīng)交稅金以稅務(wù)機關(guān)或稅務(wù)代理機構(gòu)的審查為準(zhǔn)作為保留意見；三是將企業(yè)應(yīng)納稅額計算中存在問題的責(zé)任歸咎于稅務(wù)代理機構(gòu)或者是稅務(wù)機關(guān)的審查。這3種誤區(qū)既容易導(dǎo)致注冊會計師對納稅審計的重視程度不夠，對納稅審計的業(yè)務(wù)荒疏；又容易造成注冊會計師對企業(yè)納稅審計的放松甚至放棄。
企業(yè)和稅務(wù)部門對審計的認識有偏差
偏差有兩種情形：
（1）部分企業(yè)和稅務(wù)機關(guān)的人認為，注冊會計師應(yīng)該以審計企業(yè)的會計報表為主，可以不審計企業(yè)的納稅問題，就是審計了，也不足為據(jù)，對納稅額的認定應(yīng)以稅務(wù)機關(guān)或其認可的稅務(wù)代理機構(gòu)的審定為準(zhǔn)。這種觀念似是而非，客觀上造成了對注冊會計師審定納稅額的不以為然。
（2）相當(dāng)部分企業(yè)對涉及稅收的檢查總是不能正確認識和積極對待，對注冊會計師的審計更是如此，使注冊會計師對納稅方面的審計往往受到比其他方面檢查更大的羈絆。
會計制度和審計準(zhǔn)則的缺陷
缺陷表現(xiàn)在4個方面：
（1）《企業(yè)會計制度》雖在第一百零七條對所得稅以及在"應(yīng)交稅金"科目的使用說明中，對增值稅和消費稅涉及的納稅問題作了規(guī)定，但沒有對其他稅種納稅的情形作出會計處理規(guī)定，且所得稅方面僅對時間性差異下的納稅影響會計法作了較詳細的說明，可見《企業(yè)會計制度》對納稅方面的會計處理未能作出全面規(guī)定。
（2）審計準(zhǔn)則規(guī)定，注冊會計師對會計報表審計是對會計報表是否符合《企業(yè)會計準(zhǔn)則》及相關(guān)會計制度發(fā)表審計意見，標(biāo)準(zhǔn)審計報告意見段的表述充分證明了這一點，因此審計的依據(jù)和判斷標(biāo)準(zhǔn)自然就是《企業(yè)會計準(zhǔn)則》及相關(guān)會計制度，注冊會計師不考慮稅法的規(guī)定也就不難理解。
（3）審計準(zhǔn)則僅在《執(zhí)業(yè)規(guī)范指南第1號---年度會計報表審計》（1996年1月頒布）規(guī)定的具體審計程序中對如何審計增值稅和所得稅會計作了簡單的規(guī)定，沒有對其他稅種的審計作出規(guī)定，也未對如何審計納稅調(diào)整作出規(guī)定。其有4點不足：
一是由于對增值稅和所得稅審計程序的設(shè)計依據(jù)的是1996年前的稅法和財務(wù)會計制度，經(jīng)過多年的演變，早已時過境遷，該指南在審計增值稅和所得稅會計方面已失去了應(yīng)有的針對性、實用性和指導(dǎo)性；
二是由于規(guī)定過于簡單，造成包括對增值稅和所得稅在內(nèi)的所有稅種的審計程序均不規(guī)范明確；
三是使注冊會計師對企業(yè)納稅問題的審計無規(guī)可依；
四是在執(zhí)業(yè)規(guī)范指南中作出的規(guī)定屬于建議性或指導(dǎo)性的要求，其層次不高、約束力不強，不足以引起注冊會計師的重視。
（4）由于大多數(shù)企業(yè)在納稅調(diào)整的處理基本上無賬可尋，有的甚至沒有調(diào)整的明細記錄，使企業(yè)提供完整會計資料和記錄的審計前提受到嚴重影響，如果注冊會計師接受委托，又不對這方面的影響發(fā)表意見，不僅可以理解為注冊會計師對企業(yè)不履行會計責(zé)任的認可，而且可以理解為會計資料不完整不影響注冊會計師的審計，對這兩個誤解審計準(zhǔn)則目前還無法圓滿解釋。
稅法規(guī)定和執(zhí)行上的弊端
我國稅法的剛性不足，常有一些需要解釋和補充的方面，人們在具體執(zhí)行中對一些問題的認識也是見仁見智，這取決于執(zhí)行人的業(yè)務(wù)水平高低、對問題的理解和寬嚴程度，這些情況往往造成對一些具體問題的執(zhí)行結(jié)果因人而異，正如稅務(wù)部門中流傳的"10個人查所得稅可能是10種結(jié)果"一說。由此可見，注冊會計師對納稅調(diào)整的審計不能被稅務(wù)機關(guān)認可，以及注冊會計師有時在審計納稅問題上的無所適從也就不足為奇了
注冊會計師的誤區(qū)
相當(dāng)一部分注冊會計師對納稅審計有3個誤區(qū)：一是直接引用稅務(wù)代理機構(gòu)或稅務(wù)機關(guān)對企業(yè)納稅的審查意見作為對應(yīng)納稅額的審定意見；二是將企業(yè)的應(yīng)交稅金以稅務(wù)機關(guān)或稅務(wù)代理機構(gòu)的審查為準(zhǔn)作為保留意見；三是將企業(yè)應(yīng)納稅額計算中存在問題的責(zé)任歸咎于稅務(wù)代理機構(gòu)或者是稅務(wù)機關(guān)的審查。這3種誤區(qū)既容易導(dǎo)致注冊會計師對納稅審計的重視程度不夠，對納稅審計的業(yè)務(wù)荒疏；又容易造成注冊會計師對企業(yè)納稅審計的放松甚至放棄。
企業(yè)和稅務(wù)部門對審計的認識有偏差
偏差有兩種情形：
（1）部分企業(yè)和稅務(wù)機關(guān)的人認為，注冊會計師應(yīng)該以審計企業(yè)的會計報表為主，可以不審計企業(yè)的納稅問題，就是審計了，也不足為據(jù)，對納稅額的認定應(yīng)以稅務(wù)機關(guān)或其認可的稅務(wù)代理機構(gòu)的審定為準(zhǔn)。這種觀念似是而非，客觀上造成了對注冊會計師審定納稅額的不以為然。
（2）相當(dāng)部分企業(yè)對涉及稅收的檢查總是不能正確認識和積極對待，對注冊會計師的審計更是如此，使注冊會計師對納稅方面的審計往往受到比其他方面檢查更大的羈絆。
會計制度和審計準(zhǔn)則的缺陷
缺陷表現(xiàn)在4個方面：
（1）《企業(yè)會計制度》雖在第一百零七條對所得稅以及在"應(yīng)交稅金"科目的使用說明中，對增值稅和消費稅涉及的納稅問題作了規(guī)定，但沒有對其他稅種納稅的情形作出會計處理規(guī)定，且所得稅方面僅對時間性差異下的納稅影響會計法作了較詳細的說明，可見《企業(yè)會計制度》對納稅方面的會計處理未能作出全面規(guī)定。
（2）審計準(zhǔn)則規(guī)定，注冊會計師對會計報表審計是對會計報表是否符合《企業(yè)會計準(zhǔn)則》及相關(guān)會計制度發(fā)表審計意見，標(biāo)準(zhǔn)審計報告意見段的表述充分證明了這一點，因此審計的依據(jù)和判斷標(biāo)準(zhǔn)自然就是《企業(yè)會計準(zhǔn)則》及相關(guān)會計制度，注冊會計師不考慮稅法的規(guī)定也就不難理解。
（3）審計準(zhǔn)則僅在《執(zhí)業(yè)規(guī)范指南第1號---年度會計報表審計》（1996年1月頒布）規(guī)定的具體審計程序中對如何審計增值稅和所得稅會計作了簡單的規(guī)定，沒有對其他稅種的審計作出規(guī)定，也未對如何審計納稅調(diào)整作出規(guī)定。其有4點不足：
一是由于對增值稅和所得稅審計程序的設(shè)計依據(jù)的是1996年前的稅法和財務(wù)會計制度，經(jīng)過多年的演變，早已時過境遷，該指南在審計增值稅和所得稅會計方面已失去了應(yīng)有的針對性、實用性和指導(dǎo)性；
二是由于規(guī)定過于簡單，造成包括對增值稅和所得稅在內(nèi)的所有稅種的審計程序均不規(guī)范明確；
三是使注冊會計師對企業(yè)納稅問題的審計無規(guī)可依；
四是在執(zhí)業(yè)規(guī)范指南中作出的規(guī)定屬于建議性或指導(dǎo)性的要求，其層次不高、約束力不強，不足以引起注冊會計師的重視。
（4）由于大多數(shù)企業(yè)在納稅調(diào)整的處理基本上無賬可尋，有的甚至沒有調(diào)整的明細記錄，使企業(yè)提供完整會計資料和記錄的審計前提受到嚴重影響，如果注冊會計師接受委托，又不對這方面的影響發(fā)表意見，不僅可以理解為注冊會計師對企業(yè)不履行會計責(zé)任的認可，而且可以理解為會計資料不完整不影響注冊會計師的審計，對這兩個誤解審計準(zhǔn)則目前還無法圓滿解釋。
稅法規(guī)定和執(zhí)行上的弊端
我國稅法的剛性不足，常有一些需要解釋和補充的方面，人們在具體執(zhí)行中對一些問題的認識也是見仁見智，這取決于執(zhí)行人的業(yè)務(wù)水平高低、對問題的理解和寬嚴程度，這些情況往往造成對一些具體問題的執(zhí)行結(jié)果因人而異，正如稅務(wù)部門中流傳的"10個人查所得稅可能是10種結(jié)果"一說。由此可見，注冊會計師對納稅調(diào)整的審計不能被稅務(wù)機關(guān)認可，以及注冊會計師有時在審計納稅問題上的無所適從也就不足為奇了