（一）單位會(huì)計(jì)電算化管理制度不完善
會(huì)計(jì)電算化工作的開展必須有與之相配套的包括人員管理、使用操作管理、維護(hù)管理、檔案管理等各種管理及控制制度。目前有些單位卻因會(huì)計(jì)電算化管理制度不完善而存在著這樣那樣的問題：在人員管理方面存在崗位職責(zé)不明確，或沿用原來(lái)手工會(huì)計(jì)信息系統(tǒng)的崗位，或崗位設(shè)置不完善，系統(tǒng)管理員、系統(tǒng)維護(hù)員為同一人；在操作管理方面沒有嚴(yán)格的操作規(guī)程，或未經(jīng)培訓(xùn)合格者便上機(jī)操作；在維護(hù)管理方面沒有系統(tǒng)維護(hù)制度，維護(hù)人員可以隨意變動(dòng)系統(tǒng)參數(shù)如系統(tǒng)運(yùn)行環(huán)境原統(tǒng)賬的套數(shù)等；在檔案管理方面存在數(shù)據(jù)收集不及時(shí)，沒有嚴(yán)格的檔案調(diào)用規(guī)定甚至出現(xiàn)擅自復(fù)制文檔現(xiàn)象等等。另外，單位制定的會(huì)計(jì)電算化管理制度也存在某些同電算化規(guī)范相抵觸的地方，如科目體系的設(shè)置不符合會(huì)計(jì)制度要求等，這些大多是從計(jì)算機(jī)技術(shù)的角度考慮得多，從會(huì)計(jì)制度的要求考慮得過少。
（二）會(huì)計(jì)原始憑證仍是紙張數(shù)據(jù)
目前，大多數(shù)單位會(huì)計(jì)電算化工作中所采集的原始憑證都是紙張數(shù)據(jù)，而這些原始憑證在手工輸入過程中有可能出現(xiàn)差錯(cuò)又未能審核出來(lái)，再者紙張憑證本身的真實(shí)性及信息的完整性也要打個(gè)問號(hào)。這些問題都是因原始憑證未能電子化而產(chǎn)生的。
（三）缺乏復(fù)合型人才采
既懂會(huì)計(jì)學(xué)又懂電子計(jì)算機(jī)技術(shù)的復(fù)合型會(huì)計(jì)人才是實(shí)現(xiàn)會(huì)計(jì)電算化的關(guān)鍵。目前會(huì)計(jì)部門運(yùn)用電子計(jì)算機(jī)的熱情和期望都很高，但普遍存在人員素質(zhì)偏低的問題：會(huì)計(jì)人員不會(huì)操作計(jì)算機(jī)，計(jì)算機(jī)專業(yè)人員的會(huì)計(jì)知識(shí)又較為貧乏，運(yùn)行會(huì)計(jì)軟件過程中出現(xiàn)的問題不能及時(shí)解決和處理，兩方面的矛盾制約著電算化的發(fā)展與推進(jìn)。所以加快復(fù)合人才的培養(yǎng)工作已是迫在眉睫。
（四）商品化軟件與單位會(huì)計(jì)電算化存在著經(jīng)濟(jì)沖突
一般單位在開始會(huì)計(jì)電算化工作時(shí)都是購(gòu)買通用財(cái)務(wù)軟件，但是隨著經(jīng)濟(jì)的發(fā)展，企業(yè)的業(yè)務(wù)不斷增多，原本購(gòu)買的財(cái)務(wù)軟件已不再滿足企業(yè)現(xiàn)行財(cái)務(wù)管理的需要，這種情況下或是升級(jí)已使用軟件的版本，或是將本單位的發(fā)展需求向原軟件公司提出，希望其能給予針對(duì)性的解決，但當(dāng)初購(gòu)買軟件時(shí)對(duì)其售后服務(wù)欠考慮，另外由于市場(chǎng)的作用，軟件商的目光總會(huì)盯著有著豐厚利潤(rùn)的新用戶，因此企業(yè)很難與軟件商達(dá)成共識(shí)。
（五）會(huì)計(jì)電算化信息資源不能共享
很多單位會(huì)計(jì)電算化系統(tǒng)只滿足財(cái)務(wù)部門會(huì)計(jì)核算業(yè)務(wù)的需要，沒有考慮相關(guān)部門如人事、倉(cāng)庫(kù)、生產(chǎn)等部門之間的資源共享，從而難以為企業(yè)決策提供更科學(xué)的動(dòng)態(tài)信息；不能充分利用網(wǎng)絡(luò)，有關(guān)的原始資料還沒有實(shí)現(xiàn)通過互聯(lián)網(wǎng)來(lái)傳遞、存儲(chǔ)、網(wǎng)上開票等；又忽視了網(wǎng)絡(luò)信息傳遞方便、快捷的功能，沒有利用互聯(lián)網(wǎng)來(lái)披露財(cái)務(wù)及相關(guān)信息。另外，不同商品軟件發(fā)展的孤立性，也決定了各軟件之間很難對(duì)同一數(shù)據(jù)進(jìn)行解讀、轉(zhuǎn)移。
（六）會(huì)計(jì)電算化涉及范圍的局限性目前，我國(guó)會(huì)計(jì)電算化僅僅實(shí)現(xiàn)了財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)的電算化，還沒有實(shí)現(xiàn)管理會(huì)計(jì)電算化，還不是完整意義的會(huì)計(jì)電算化。完整意義的會(huì)計(jì)電算化應(yīng)該是財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)電算化和管理會(huì)計(jì)電算化的有機(jī)結(jié)合。財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)與管理會(huì)計(jì)數(shù)據(jù)同源，管理會(huì)計(jì)電算化就可以采用財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)電算化提供的數(shù)據(jù)如原始憑證、記賬憑證、賬簿，再結(jié)合其他數(shù)據(jù)形成管理數(shù)據(jù)庫(kù)，經(jīng)過分析和計(jì)算后形成對(duì)企業(yè)經(jīng)營(yíng)管理有用的預(yù)測(cè)、決策依據(jù)。然而，由于管理會(huì)計(jì)的規(guī)范性和可操作性都不及財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)，因此，其在企業(yè)推廣較難，這就使管理會(huì)計(jì)軟件開發(fā)步履蹣跚。
（七）電算化審計(jì)工作需要進(jìn)一步加強(qiáng)
各類審計(jì)組織在審計(jì)過程中極少實(shí)施計(jì)算機(jī)輔助技術(shù)，大多采用手工方式操作。首先是審計(jì)人員尚未掌握計(jì)算機(jī)審計(jì)技術(shù)；其次是審計(jì)軟件開發(fā)速度慢；三是相關(guān)審計(jì)淮則的制定以及計(jì)算機(jī)審計(jì)實(shí)務(wù)工作滯后于經(jīng)濟(jì)形勢(shì)。后，由于電算化會(huì)計(jì)系統(tǒng)本身的脆弱性，如不可預(yù)計(jì)的環(huán)境災(zāi)害、計(jì)算機(jī)硬件或軟件的失靈、人為無(wú)意的差錯(cuò)和有意的舞弊等，都可能給系統(tǒng)造成無(wú)法估計(jì)的危害，也無(wú)疑給審計(jì)工作帶來(lái)困難，加大了審計(jì)風(fēng)險(xiǎn)。
（八）會(huì)計(jì)軟件智能化問題
企業(yè)的決策者們已不滿足于財(cái)務(wù)軟件提供的現(xiàn)有信息，企業(yè)的經(jīng)營(yíng)活動(dòng)是一個(gè)動(dòng)態(tài)的系統(tǒng)，其運(yùn)行結(jié)果與系統(tǒng)內(nèi)外的數(shù)不清的因素有關(guān)，特別是國(guó)家的經(jīng)濟(jì)政策、市場(chǎng)的即時(shí)變化，人們的消費(fèi)心理對(duì)企業(yè)的決策有著很大的影響，但它們又是不可預(yù)測(cè)的，面對(duì)這樣的情形，目前的電算化會(huì)計(jì)信息系統(tǒng)還無(wú)能為力。如何將這些因素對(duì)系統(tǒng)的影響降到低，是提高決策支持系統(tǒng)智能的關(guān)鍵。隨著管理會(huì)計(jì)電算化的發(fā)展，財(cái)務(wù)軟件智能化必將提到議事日程上來(lái)。
（九）網(wǎng)絡(luò)環(huán)境下電算化系統(tǒng)的內(nèi)部控制出現(xiàn)新問題
1.難以避免非法侵?jǐn)_：網(wǎng)絡(luò)是一個(gè)開放的環(huán)境，在這個(gè)環(huán)境中一切信息在理論上都是可以被訪問到的，因此網(wǎng)絡(luò)下的會(huì)計(jì)信息系統(tǒng)很有可能遭受非法訪問甚至黑客或病毒的侵?jǐn)_，一旦發(fā)生將造成巨大的損失；
2.電子商務(wù)給內(nèi)部控制出難題：隨著電子商務(wù)的迅猛發(fā)展，網(wǎng)上交易愈加普遍，但直到目前相應(yīng)的技術(shù)和法規(guī)尚不完善，給系統(tǒng)的內(nèi)部控制帶來(lái)困難；
3.內(nèi)部稽核難度加大：企業(yè)可能會(huì)擔(dān)心相關(guān)內(nèi)部資料暴露于外，影響其竟?fàn)幠芰?，稽核技術(shù)復(fù)雜，會(huì)計(jì)師必須具備復(fù)雜電腦資料處理能力以勝任此項(xiàng)工作；稽核將大幅增加查核所需的時(shí)間與成本；
4.網(wǎng)絡(luò)環(huán)境下無(wú)形資產(chǎn)轉(zhuǎn)移難以控制：實(shí)務(wù)經(jīng)濟(jì)形態(tài)中的各種有形資產(chǎn)是一種靜態(tài)資產(chǎn)，只有借助外界的力量才能轉(zhuǎn)移。但無(wú)形資產(chǎn)是一種動(dòng)態(tài)資產(chǎn)，如人力資產(chǎn)的轉(zhuǎn)移無(wú)須借助外界的力量，只在利益的驅(qū)使下便可發(fā)生。
會(huì)計(jì)電算化工作的開展必須有與之相配套的包括人員管理、使用操作管理、維護(hù)管理、檔案管理等各種管理及控制制度。目前有些單位卻因會(huì)計(jì)電算化管理制度不完善而存在著這樣那樣的問題：在人員管理方面存在崗位職責(zé)不明確，或沿用原來(lái)手工會(huì)計(jì)信息系統(tǒng)的崗位，或崗位設(shè)置不完善，系統(tǒng)管理員、系統(tǒng)維護(hù)員為同一人；在操作管理方面沒有嚴(yán)格的操作規(guī)程，或未經(jīng)培訓(xùn)合格者便上機(jī)操作；在維護(hù)管理方面沒有系統(tǒng)維護(hù)制度，維護(hù)人員可以隨意變動(dòng)系統(tǒng)參數(shù)如系統(tǒng)運(yùn)行環(huán)境原統(tǒng)賬的套數(shù)等；在檔案管理方面存在數(shù)據(jù)收集不及時(shí)，沒有嚴(yán)格的檔案調(diào)用規(guī)定甚至出現(xiàn)擅自復(fù)制文檔現(xiàn)象等等。另外，單位制定的會(huì)計(jì)電算化管理制度也存在某些同電算化規(guī)范相抵觸的地方，如科目體系的設(shè)置不符合會(huì)計(jì)制度要求等，這些大多是從計(jì)算機(jī)技術(shù)的角度考慮得多，從會(huì)計(jì)制度的要求考慮得過少。
（二）會(huì)計(jì)原始憑證仍是紙張數(shù)據(jù)
目前，大多數(shù)單位會(huì)計(jì)電算化工作中所采集的原始憑證都是紙張數(shù)據(jù)，而這些原始憑證在手工輸入過程中有可能出現(xiàn)差錯(cuò)又未能審核出來(lái)，再者紙張憑證本身的真實(shí)性及信息的完整性也要打個(gè)問號(hào)。這些問題都是因原始憑證未能電子化而產(chǎn)生的。
（三）缺乏復(fù)合型人才采
既懂會(huì)計(jì)學(xué)又懂電子計(jì)算機(jī)技術(shù)的復(fù)合型會(huì)計(jì)人才是實(shí)現(xiàn)會(huì)計(jì)電算化的關(guān)鍵。目前會(huì)計(jì)部門運(yùn)用電子計(jì)算機(jī)的熱情和期望都很高，但普遍存在人員素質(zhì)偏低的問題：會(huì)計(jì)人員不會(huì)操作計(jì)算機(jī)，計(jì)算機(jī)專業(yè)人員的會(huì)計(jì)知識(shí)又較為貧乏，運(yùn)行會(huì)計(jì)軟件過程中出現(xiàn)的問題不能及時(shí)解決和處理，兩方面的矛盾制約著電算化的發(fā)展與推進(jìn)。所以加快復(fù)合人才的培養(yǎng)工作已是迫在眉睫。
（四）商品化軟件與單位會(huì)計(jì)電算化存在著經(jīng)濟(jì)沖突
一般單位在開始會(huì)計(jì)電算化工作時(shí)都是購(gòu)買通用財(cái)務(wù)軟件，但是隨著經(jīng)濟(jì)的發(fā)展，企業(yè)的業(yè)務(wù)不斷增多，原本購(gòu)買的財(cái)務(wù)軟件已不再滿足企業(yè)現(xiàn)行財(cái)務(wù)管理的需要，這種情況下或是升級(jí)已使用軟件的版本，或是將本單位的發(fā)展需求向原軟件公司提出，希望其能給予針對(duì)性的解決，但當(dāng)初購(gòu)買軟件時(shí)對(duì)其售后服務(wù)欠考慮，另外由于市場(chǎng)的作用，軟件商的目光總會(huì)盯著有著豐厚利潤(rùn)的新用戶，因此企業(yè)很難與軟件商達(dá)成共識(shí)。
（五）會(huì)計(jì)電算化信息資源不能共享
很多單位會(huì)計(jì)電算化系統(tǒng)只滿足財(cái)務(wù)部門會(huì)計(jì)核算業(yè)務(wù)的需要，沒有考慮相關(guān)部門如人事、倉(cāng)庫(kù)、生產(chǎn)等部門之間的資源共享，從而難以為企業(yè)決策提供更科學(xué)的動(dòng)態(tài)信息；不能充分利用網(wǎng)絡(luò)，有關(guān)的原始資料還沒有實(shí)現(xiàn)通過互聯(lián)網(wǎng)來(lái)傳遞、存儲(chǔ)、網(wǎng)上開票等；又忽視了網(wǎng)絡(luò)信息傳遞方便、快捷的功能，沒有利用互聯(lián)網(wǎng)來(lái)披露財(cái)務(wù)及相關(guān)信息。另外，不同商品軟件發(fā)展的孤立性，也決定了各軟件之間很難對(duì)同一數(shù)據(jù)進(jìn)行解讀、轉(zhuǎn)移。
（六）會(huì)計(jì)電算化涉及范圍的局限性目前，我國(guó)會(huì)計(jì)電算化僅僅實(shí)現(xiàn)了財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)的電算化，還沒有實(shí)現(xiàn)管理會(huì)計(jì)電算化，還不是完整意義的會(huì)計(jì)電算化。完整意義的會(huì)計(jì)電算化應(yīng)該是財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)電算化和管理會(huì)計(jì)電算化的有機(jī)結(jié)合。財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)與管理會(huì)計(jì)數(shù)據(jù)同源，管理會(huì)計(jì)電算化就可以采用財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)電算化提供的數(shù)據(jù)如原始憑證、記賬憑證、賬簿，再結(jié)合其他數(shù)據(jù)形成管理數(shù)據(jù)庫(kù)，經(jīng)過分析和計(jì)算后形成對(duì)企業(yè)經(jīng)營(yíng)管理有用的預(yù)測(cè)、決策依據(jù)。然而，由于管理會(huì)計(jì)的規(guī)范性和可操作性都不及財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)，因此，其在企業(yè)推廣較難，這就使管理會(huì)計(jì)軟件開發(fā)步履蹣跚。
（七）電算化審計(jì)工作需要進(jìn)一步加強(qiáng)
各類審計(jì)組織在審計(jì)過程中極少實(shí)施計(jì)算機(jī)輔助技術(shù)，大多采用手工方式操作。首先是審計(jì)人員尚未掌握計(jì)算機(jī)審計(jì)技術(shù)；其次是審計(jì)軟件開發(fā)速度慢；三是相關(guān)審計(jì)淮則的制定以及計(jì)算機(jī)審計(jì)實(shí)務(wù)工作滯后于經(jīng)濟(jì)形勢(shì)。后，由于電算化會(huì)計(jì)系統(tǒng)本身的脆弱性，如不可預(yù)計(jì)的環(huán)境災(zāi)害、計(jì)算機(jī)硬件或軟件的失靈、人為無(wú)意的差錯(cuò)和有意的舞弊等，都可能給系統(tǒng)造成無(wú)法估計(jì)的危害，也無(wú)疑給審計(jì)工作帶來(lái)困難，加大了審計(jì)風(fēng)險(xiǎn)。
（八）會(huì)計(jì)軟件智能化問題
企業(yè)的決策者們已不滿足于財(cái)務(wù)軟件提供的現(xiàn)有信息，企業(yè)的經(jīng)營(yíng)活動(dòng)是一個(gè)動(dòng)態(tài)的系統(tǒng)，其運(yùn)行結(jié)果與系統(tǒng)內(nèi)外的數(shù)不清的因素有關(guān)，特別是國(guó)家的經(jīng)濟(jì)政策、市場(chǎng)的即時(shí)變化，人們的消費(fèi)心理對(duì)企業(yè)的決策有著很大的影響，但它們又是不可預(yù)測(cè)的，面對(duì)這樣的情形，目前的電算化會(huì)計(jì)信息系統(tǒng)還無(wú)能為力。如何將這些因素對(duì)系統(tǒng)的影響降到低，是提高決策支持系統(tǒng)智能的關(guān)鍵。隨著管理會(huì)計(jì)電算化的發(fā)展，財(cái)務(wù)軟件智能化必將提到議事日程上來(lái)。
（九）網(wǎng)絡(luò)環(huán)境下電算化系統(tǒng)的內(nèi)部控制出現(xiàn)新問題
1.難以避免非法侵?jǐn)_：網(wǎng)絡(luò)是一個(gè)開放的環(huán)境，在這個(gè)環(huán)境中一切信息在理論上都是可以被訪問到的，因此網(wǎng)絡(luò)下的會(huì)計(jì)信息系統(tǒng)很有可能遭受非法訪問甚至黑客或病毒的侵?jǐn)_，一旦發(fā)生將造成巨大的損失；
2.電子商務(wù)給內(nèi)部控制出難題：隨著電子商務(wù)的迅猛發(fā)展，網(wǎng)上交易愈加普遍，但直到目前相應(yīng)的技術(shù)和法規(guī)尚不完善，給系統(tǒng)的內(nèi)部控制帶來(lái)困難；
3.內(nèi)部稽核難度加大：企業(yè)可能會(huì)擔(dān)心相關(guān)內(nèi)部資料暴露于外，影響其竟?fàn)幠芰?，稽核技術(shù)復(fù)雜，會(huì)計(jì)師必須具備復(fù)雜電腦資料處理能力以勝任此項(xiàng)工作；稽核將大幅增加查核所需的時(shí)間與成本；
4.網(wǎng)絡(luò)環(huán)境下無(wú)形資產(chǎn)轉(zhuǎn)移難以控制：實(shí)務(wù)經(jīng)濟(jì)形態(tài)中的各種有形資產(chǎn)是一種靜態(tài)資產(chǎn)，只有借助外界的力量才能轉(zhuǎn)移。但無(wú)形資產(chǎn)是一種動(dòng)態(tài)資產(chǎn)，如人力資產(chǎn)的轉(zhuǎn)移無(wú)須借助外界的力量，只在利益的驅(qū)使下便可發(fā)生。