岸內(nèi)閣時期，由于其濃厚的反共色彩，以及“長崎國旗事件”后中日關(guān)系陷入“斷絕”狀態(tài)，臺日關(guān)系發(fā)展平穩(wěn)，臺灣方面的態(tài)度由前一階段對日的疑慮轉(zhuǎn)而強調(diào)雙方加強合作。但是好景不長，以修訂日美安全條約為目標的岸外交觸怒了日本人民“要求和平的思想”，最終導(dǎo)致了岸內(nèi)閣的垮臺。
1961年至1964年，即池田內(nèi)閣時期，是20世紀60年代日臺政治關(guān)系的低潮期。池田內(nèi)閣時期，強調(diào)和平外交、經(jīng)濟外交，在池田組閣后僅10天，中華全國總工會代表劉寧一率團訪日，這是長崎國旗事件后中國代表團第一次訪日，臺報稱，“這說明日毛關(guān)系已在部署新的開始了”，次年1月，日本外相小坂在眾議院發(fā)表外交演說，希望擴大和中國的貿(mào)易 。
其實在池田內(nèi)閣執(zhí)政的前兩年，臺日關(guān)系還是平靜的，真正的轉(zhuǎn)機始于1962年11月LT貿(mào)易備忘錄簽字。當時池田內(nèi)閣不顧臺灣方面的*，對LT貿(mào)易以支持與諒解。其后，又同意對華出口維尼龍成套設(shè)備時使用日本進出口銀行貸款，互設(shè)LT貿(mào)易常駐聯(lián)絡(luò)處，交換常駐新聞記者等，使中日關(guān)系發(fā)展到半官半民的水平，這引起了臺灣方面的極大不滿，臺日雙方領(lǐng)導(dǎo)人之間的感情也惡化起來。1963年9月19日，池田在會見美國赫斯特報系總編的時候說：“臺灣反攻大陸的政策，沒有根據(jù)，近于幻想?！比旌?，蔣介石在臺北會見該總編時反譏池田說：“如同(20世紀)30年代初期的一些日本人士一樣，預(yù)言非其所長”。
同一天，臺灣召回駐日“大使”，此時，又發(fā)生了“周鴻慶事件”，這更加速了臺日關(guān)系的惡化。次年1月，臺灣“外交部”發(fā)表聲明，要求日本徹底明確對臺政策，“如果日本政府一意孤行，繼續(xù)其媚匪親共政策，罔顧我國以怨報德之精神，不惜犧牲中日兩國間之既存關(guān)系，則今后在中日關(guān)系上所產(chǎn)生之一切嚴重后果，日本政府應(yīng)負完全責(zé)任”。
隨即臺灣駐日本“大使”辭職，大使館高級館員回國，臺灣*停止了政府機關(guān)及公營事業(yè)的對日采購，甚至在臺北還發(fā)生了襲擊日本駐臺“使館”事件，臺日關(guān)系在“建交”12年后面臨斷絕的危機。
后來，臺日關(guān)系經(jīng)前首相吉田訪臺，以“吉田書簡”形式保證對華貿(mào)易不再使用進出口銀行的資金，對臺灣反共予以精神、道義支持，以及經(jīng)過外相大平正芳訪臺進行修復(fù)，緩和了危機，但是臺日關(guān)系在池田時代始終未能復(fù)原。
在岸時代和池田時代，臺日關(guān)系面臨的問題極為相似，即都是因為中日關(guān)系的發(fā)展引起了臺灣方面的不滿和不斷*，且都是在形勢發(fā)展到關(guān)鍵時刻分別發(fā)生了長崎國旗事件和周鴻慶事件。不同的是，岸和池田政府對事件處理姿態(tài)不同，岸重視臺灣，池田則較重視以貿(mào)易為主的對華關(guān)系，前者基本接受了臺灣方面的要求，后者則不顧臺灣方面的反對，結(jié)果，在岸時期，中日經(jīng)濟、文化關(guān)系幾乎全部斷絕。而在池田時期則是臺日關(guān)系下降到戰(zhàn)后以來的最低點。作為個人來說，岸成為第一個訪問臺灣的日本首相，而池田在1961年和1963年兩次訪問東南亞時，都沒有接受臺灣方面的訪臺邀請。
1961年至1964年，即池田內(nèi)閣時期，是20世紀60年代日臺政治關(guān)系的低潮期。池田內(nèi)閣時期，強調(diào)和平外交、經(jīng)濟外交，在池田組閣后僅10天，中華全國總工會代表劉寧一率團訪日，這是長崎國旗事件后中國代表團第一次訪日，臺報稱，“這說明日毛關(guān)系已在部署新的開始了”，次年1月，日本外相小坂在眾議院發(fā)表外交演說，希望擴大和中國的貿(mào)易 。
其實在池田內(nèi)閣執(zhí)政的前兩年，臺日關(guān)系還是平靜的，真正的轉(zhuǎn)機始于1962年11月LT貿(mào)易備忘錄簽字。當時池田內(nèi)閣不顧臺灣方面的*，對LT貿(mào)易以支持與諒解。其后，又同意對華出口維尼龍成套設(shè)備時使用日本進出口銀行貸款，互設(shè)LT貿(mào)易常駐聯(lián)絡(luò)處，交換常駐新聞記者等，使中日關(guān)系發(fā)展到半官半民的水平，這引起了臺灣方面的極大不滿，臺日雙方領(lǐng)導(dǎo)人之間的感情也惡化起來。1963年9月19日，池田在會見美國赫斯特報系總編的時候說：“臺灣反攻大陸的政策，沒有根據(jù)，近于幻想?！比旌?，蔣介石在臺北會見該總編時反譏池田說：“如同(20世紀)30年代初期的一些日本人士一樣，預(yù)言非其所長”。
同一天，臺灣召回駐日“大使”，此時，又發(fā)生了“周鴻慶事件”，這更加速了臺日關(guān)系的惡化。次年1月，臺灣“外交部”發(fā)表聲明，要求日本徹底明確對臺政策，“如果日本政府一意孤行，繼續(xù)其媚匪親共政策，罔顧我國以怨報德之精神，不惜犧牲中日兩國間之既存關(guān)系，則今后在中日關(guān)系上所產(chǎn)生之一切嚴重后果，日本政府應(yīng)負完全責(zé)任”。
隨即臺灣駐日本“大使”辭職，大使館高級館員回國，臺灣*停止了政府機關(guān)及公營事業(yè)的對日采購，甚至在臺北還發(fā)生了襲擊日本駐臺“使館”事件，臺日關(guān)系在“建交”12年后面臨斷絕的危機。
后來，臺日關(guān)系經(jīng)前首相吉田訪臺，以“吉田書簡”形式保證對華貿(mào)易不再使用進出口銀行的資金，對臺灣反共予以精神、道義支持，以及經(jīng)過外相大平正芳訪臺進行修復(fù)，緩和了危機，但是臺日關(guān)系在池田時代始終未能復(fù)原。
在岸時代和池田時代，臺日關(guān)系面臨的問題極為相似，即都是因為中日關(guān)系的發(fā)展引起了臺灣方面的不滿和不斷*，且都是在形勢發(fā)展到關(guān)鍵時刻分別發(fā)生了長崎國旗事件和周鴻慶事件。不同的是，岸和池田政府對事件處理姿態(tài)不同，岸重視臺灣，池田則較重視以貿(mào)易為主的對華關(guān)系，前者基本接受了臺灣方面的要求，后者則不顧臺灣方面的反對，結(jié)果，在岸時期，中日經(jīng)濟、文化關(guān)系幾乎全部斷絕。而在池田時期則是臺日關(guān)系下降到戰(zhàn)后以來的最低點。作為個人來說，岸成為第一個訪問臺灣的日本首相，而池田在1961年和1963年兩次訪問東南亞時，都沒有接受臺灣方面的訪臺邀請。