船舶入境衛(wèi)生檢疫查驗的程序包括請船長到場、索取和檢查船舶有關(guān)文件、流行病學(xué)調(diào)查、醫(yī)學(xué)檢查、船舶衛(wèi)生檢查、判斷檢查結(jié)果、簽發(fā)檢疫證書等七個步驟：
1.船長是船舶的法人代表，對全船一切事務(wù)負(fù)有法律責(zé)任。船舶接受入境衛(wèi)生檢疫是船長尊重入境國主權(quán)的法律義務(wù)，《國境衛(wèi)生檢疫法實施細(xì)則》規(guī)定船長必須如實回答衛(wèi)生檢疫醫(yī)師的訊問，因此必須請船長到場接受船舶的入境衛(wèi)生檢疫；
2.索取和檢查船舶有關(guān)證書：根據(jù)《國境衛(wèi)生檢疫法實施細(xì)則》規(guī)定，必須索取和檢查航海健康申報書、除鼠證書或免予除鼠證書、船員名單、旅客名單、載貨清單、飲水食品清單、預(yù)防接種證書（來自黃熱病疫區(qū)或地方性流行區(qū)）、船員健康證明書（中國籍船舶）等；
3.流行病學(xué)調(diào)查：根據(jù)船長提供的有關(guān)證書，結(jié)合航線和疫情查清船上人員、貨物、載水、食品、個人行李物品與疫區(qū)的接觸關(guān)系，防鼠、滅蚊情況，特殊物品攜載情況，船員發(fā)病情況；
4.醫(yī)學(xué)檢查：船舶來自各檢疫傳染病疫區(qū)未超過潛伏期或在航行中曾有發(fā)熱、皮疹、淋巴結(jié)腫大、黃疸、嘔吐、腹瀉病人，或載有非因意外傷害而死亡的尸體，或發(fā)現(xiàn)有嚙齒動物反常死亡時，必須堅持船上人員的醫(yī)學(xué)檢查，檢查方法有視、問、觸（病人）、聞和采樣等方法；
5.船舶衛(wèi)生檢查：應(yīng)在船方人員陪同下根據(jù)來自不同疫區(qū)有針對性地進(jìn)行，特別是疫區(qū)來船尤應(yīng)堅持。以鼠患、載水、廢水、壓艙水、廢物、艙室、食堂、餐廳衛(wèi)生為主要內(nèi)容；
6.判斷檢驗結(jié)果：根據(jù)流行病學(xué)調(diào)查、醫(yī)學(xué)檢查、衛(wèi)生檢查的結(jié)果，對入境船舶有否染疫進(jìn)行判斷，并按《國境衛(wèi)生檢疫法實施細(xì)則》有關(guān)規(guī)定進(jìn)行處理；
7.簽發(fā)檢疫證書：根據(jù)判斷結(jié)果簽發(fā)準(zhǔn)予進(jìn)港靠泊的“入境檢疫證”或根據(jù)《國境衛(wèi)生檢疫法實施細(xì)則》實施衛(wèi)生處理或宣布限制措施后，簽發(fā)“入境檢疫證”。
1.船長是船舶的法人代表，對全船一切事務(wù)負(fù)有法律責(zé)任。船舶接受入境衛(wèi)生檢疫是船長尊重入境國主權(quán)的法律義務(wù)，《國境衛(wèi)生檢疫法實施細(xì)則》規(guī)定船長必須如實回答衛(wèi)生檢疫醫(yī)師的訊問，因此必須請船長到場接受船舶的入境衛(wèi)生檢疫；
2.索取和檢查船舶有關(guān)證書：根據(jù)《國境衛(wèi)生檢疫法實施細(xì)則》規(guī)定，必須索取和檢查航海健康申報書、除鼠證書或免予除鼠證書、船員名單、旅客名單、載貨清單、飲水食品清單、預(yù)防接種證書（來自黃熱病疫區(qū)或地方性流行區(qū)）、船員健康證明書（中國籍船舶）等；
3.流行病學(xué)調(diào)查：根據(jù)船長提供的有關(guān)證書，結(jié)合航線和疫情查清船上人員、貨物、載水、食品、個人行李物品與疫區(qū)的接觸關(guān)系，防鼠、滅蚊情況，特殊物品攜載情況，船員發(fā)病情況；
4.醫(yī)學(xué)檢查：船舶來自各檢疫傳染病疫區(qū)未超過潛伏期或在航行中曾有發(fā)熱、皮疹、淋巴結(jié)腫大、黃疸、嘔吐、腹瀉病人，或載有非因意外傷害而死亡的尸體，或發(fā)現(xiàn)有嚙齒動物反常死亡時，必須堅持船上人員的醫(yī)學(xué)檢查，檢查方法有視、問、觸（病人）、聞和采樣等方法；
5.船舶衛(wèi)生檢查：應(yīng)在船方人員陪同下根據(jù)來自不同疫區(qū)有針對性地進(jìn)行，特別是疫區(qū)來船尤應(yīng)堅持。以鼠患、載水、廢水、壓艙水、廢物、艙室、食堂、餐廳衛(wèi)生為主要內(nèi)容；
6.判斷檢驗結(jié)果：根據(jù)流行病學(xué)調(diào)查、醫(yī)學(xué)檢查、衛(wèi)生檢查的結(jié)果，對入境船舶有否染疫進(jìn)行判斷，并按《國境衛(wèi)生檢疫法實施細(xì)則》有關(guān)規(guī)定進(jìn)行處理；
7.簽發(fā)檢疫證書：根據(jù)判斷結(jié)果簽發(fā)準(zhǔn)予進(jìn)港靠泊的“入境檢疫證”或根據(jù)《國境衛(wèi)生檢疫法實施細(xì)則》實施衛(wèi)生處理或宣布限制措施后，簽發(fā)“入境檢疫證”。