為了保證《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》的順利實(shí)施，日前國家稅務(wù)總局特制定辦法對(duì)跨省市總分機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅收入的征繳和分配進(jìn)行了詳細(xì)的規(guī)定。辦法自2008年1月1日起執(zhí)行。《財(cái)政部關(guān)于印發(fā)<跨地區(qū)經(jīng)營集中繳庫的企業(yè)所得稅地區(qū)間分配暫行辦法>的通知》（財(cái)預(yù)[2002]5號(hào)）同時(shí)廢止?！敦?cái)政部國家稅務(wù)總局中國人民銀行關(guān)于所得稅收入分享改革后有關(guān)預(yù)算管理問題的通知》（財(cái)預(yù)明電[2001]3號(hào)）中有關(guān)跨省市經(jīng)營企業(yè)所得稅預(yù)算管理的規(guī)定同時(shí)停止執(zhí)行。
分成方式明確
《通知》明確，屬于中央與地方共享收入范圍的跨省市總分機(jī)構(gòu)企業(yè)繳納的企業(yè)所得稅，按照統(tǒng)一規(guī)范、兼顧總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)所在地利益的原則，實(shí)行“統(tǒng)一計(jì)算、分級(jí)管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財(cái)政調(diào)庫”的處理辦法，總分機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算的當(dāng)期應(yīng)納稅額的地方分享部分，25％由總機(jī)構(gòu)所在地分享，50％由各分支機(jī)構(gòu)所在地分享，25％按一定比例在各地間進(jìn)行分配。
四類情形不適用分成管理
屬于鐵路運(yùn)輸企業(yè)（包括廣鐵集團(tuán)和大秦鐵路公司）、國有郵政企業(yè)、中國工商銀行股份有限公司、中國農(nóng)業(yè)銀行、中國銀行股份有限公司、國家開發(fā)銀行、中國農(nóng)業(yè)發(fā)展銀行、中國進(jìn)出口銀行、中央?yún)R金投資有限責(zé)任公司、中國建設(shè)銀行股份有限公司、中國建銀投資有限責(zé)任公司、中國石油天然氣股份有限公司、中國石油化工股份有限公司以及海洋石油天然氣企業(yè)泡括港澳臺(tái)和外商投資、外國海上石油天然氣企業(yè)）等企業(yè)總分機(jī)構(gòu)繳納的企業(yè)所得稅（包括滯納金、罰款收入）為中央收入，全額上繳中央國庫，不實(shí)行本辦法。
不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能且在當(dāng)?shù)夭焕U納營業(yè)稅、增值稅產(chǎn)品售后服務(wù)、內(nèi)部研發(fā)、倉儲(chǔ)等企業(yè)內(nèi)部輔助性的二級(jí)分支機(jī)構(gòu)以及上年度符合條件的小型微利企業(yè)及其分支機(jī)構(gòu)，不實(shí)打行本辦法。
在中國境內(nèi)未跨省市設(shè)立不具有法人資格營業(yè)機(jī)構(gòu)的居民企業(yè)，其企業(yè)所得稅征收管理及收入分配辦法，仍按原規(guī)定執(zhí)行，不實(shí)行本辦法。
居民企業(yè)在中國境外設(shè)立不具有法人資格營業(yè)機(jī)構(gòu)的，不實(shí)行本辦法。企業(yè)按本辦法計(jì)算有關(guān)分期預(yù)繳企業(yè)所得稅時(shí)，其實(shí)際利潤額、應(yīng)納稅額及分?jǐn)傄蛩財(cái)?shù)額，均不包括其境外營業(yè)機(jī)構(gòu)。
匯總清算政策明確
文件明確，各分支機(jī)構(gòu)不進(jìn)行企業(yè)所得稅匯算清繳，統(tǒng)一由總機(jī)構(gòu)按照相關(guān)規(guī)定進(jìn)行。總機(jī)構(gòu)所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)根據(jù)匯總計(jì)算的企業(yè)年度全部應(yīng)納稅額，扣除總機(jī)構(gòu)和各境內(nèi)分支機(jī)構(gòu)已預(yù)繳的稅款，多退少補(bǔ)。
（一）補(bǔ)繳的稅款由總機(jī)構(gòu)全額就地繳入中央國庫，不實(shí)行與總機(jī)構(gòu)所在地分享?？倷C(jī)構(gòu)所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)開具稅收繳款書，預(yù)算科目按企業(yè)所有制性質(zhì)對(duì)應(yīng)填寫1010442項(xiàng)“總機(jī)構(gòu)匯算清繳所得稅”下的有關(guān)目級(jí)科目名稱及代碼，“級(jí)次”欄填寫“中央60％，中央40％（待分配）”。
國庫部門收到稅款后，按共享收入進(jìn)行業(yè)務(wù)處理，將其中60％列入中央級(jí)1010442項(xiàng)“總機(jī)構(gòu)匯算清繳所得稅”下有關(guān)目級(jí)科目，40％列入中央級(jí)1010443項(xiàng)“企業(yè)所得稅待分配收入”下有關(guān)目級(jí)科目。
（二）多繳的稅款由總機(jī)構(gòu)所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)開具收入退還書并按規(guī)定辦理退庫。收入退還書預(yù)算科目按企業(yè)所有制性質(zhì)對(duì)應(yīng)填寫1010442項(xiàng)“總機(jī)構(gòu)匯算清繳所得稅”下的有關(guān)目級(jí)科目名稱及代碼，“級(jí)次”欄填寫“中央60％、中央40％（待分配）”。國庫部門辦理時(shí)，按共享收入進(jìn)行業(yè)務(wù)處理，將所退稅款的60％列中央級(jí)1010442項(xiàng)“總機(jī)構(gòu)匯算清繳所得稅”下有關(guān)目級(jí)科目，40％列中央級(jí)1010443項(xiàng)“企業(yè)所得稅待分配收入”下有關(guān)目級(jí)科目。
跨省市總分機(jī)構(gòu)企業(yè)繳納的所得稅稅款滯納金、罰款收入，不實(shí)行跨地區(qū)分享，按中央與地方60：40分成比例就地繳庫。需要退還的所得稅稅款滯納金和罰款收入仍按現(xiàn)行管理辦法辦理審批退庫手續(xù)。
分成方式明確
《通知》明確，屬于中央與地方共享收入范圍的跨省市總分機(jī)構(gòu)企業(yè)繳納的企業(yè)所得稅，按照統(tǒng)一規(guī)范、兼顧總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)所在地利益的原則，實(shí)行“統(tǒng)一計(jì)算、分級(jí)管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財(cái)政調(diào)庫”的處理辦法，總分機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算的當(dāng)期應(yīng)納稅額的地方分享部分，25％由總機(jī)構(gòu)所在地分享，50％由各分支機(jī)構(gòu)所在地分享，25％按一定比例在各地間進(jìn)行分配。
四類情形不適用分成管理
屬于鐵路運(yùn)輸企業(yè)（包括廣鐵集團(tuán)和大秦鐵路公司）、國有郵政企業(yè)、中國工商銀行股份有限公司、中國農(nóng)業(yè)銀行、中國銀行股份有限公司、國家開發(fā)銀行、中國農(nóng)業(yè)發(fā)展銀行、中國進(jìn)出口銀行、中央?yún)R金投資有限責(zé)任公司、中國建設(shè)銀行股份有限公司、中國建銀投資有限責(zé)任公司、中國石油天然氣股份有限公司、中國石油化工股份有限公司以及海洋石油天然氣企業(yè)泡括港澳臺(tái)和外商投資、外國海上石油天然氣企業(yè)）等企業(yè)總分機(jī)構(gòu)繳納的企業(yè)所得稅（包括滯納金、罰款收入）為中央收入，全額上繳中央國庫，不實(shí)行本辦法。
不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能且在當(dāng)?shù)夭焕U納營業(yè)稅、增值稅產(chǎn)品售后服務(wù)、內(nèi)部研發(fā)、倉儲(chǔ)等企業(yè)內(nèi)部輔助性的二級(jí)分支機(jī)構(gòu)以及上年度符合條件的小型微利企業(yè)及其分支機(jī)構(gòu)，不實(shí)打行本辦法。
在中國境內(nèi)未跨省市設(shè)立不具有法人資格營業(yè)機(jī)構(gòu)的居民企業(yè)，其企業(yè)所得稅征收管理及收入分配辦法，仍按原規(guī)定執(zhí)行，不實(shí)行本辦法。
居民企業(yè)在中國境外設(shè)立不具有法人資格營業(yè)機(jī)構(gòu)的，不實(shí)行本辦法。企業(yè)按本辦法計(jì)算有關(guān)分期預(yù)繳企業(yè)所得稅時(shí)，其實(shí)際利潤額、應(yīng)納稅額及分?jǐn)傄蛩財(cái)?shù)額，均不包括其境外營業(yè)機(jī)構(gòu)。
匯總清算政策明確
文件明確，各分支機(jī)構(gòu)不進(jìn)行企業(yè)所得稅匯算清繳，統(tǒng)一由總機(jī)構(gòu)按照相關(guān)規(guī)定進(jìn)行。總機(jī)構(gòu)所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)根據(jù)匯總計(jì)算的企業(yè)年度全部應(yīng)納稅額，扣除總機(jī)構(gòu)和各境內(nèi)分支機(jī)構(gòu)已預(yù)繳的稅款，多退少補(bǔ)。
（一）補(bǔ)繳的稅款由總機(jī)構(gòu)全額就地繳入中央國庫，不實(shí)行與總機(jī)構(gòu)所在地分享?？倷C(jī)構(gòu)所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)開具稅收繳款書，預(yù)算科目按企業(yè)所有制性質(zhì)對(duì)應(yīng)填寫1010442項(xiàng)“總機(jī)構(gòu)匯算清繳所得稅”下的有關(guān)目級(jí)科目名稱及代碼，“級(jí)次”欄填寫“中央60％，中央40％（待分配）”。
國庫部門收到稅款后，按共享收入進(jìn)行業(yè)務(wù)處理，將其中60％列入中央級(jí)1010442項(xiàng)“總機(jī)構(gòu)匯算清繳所得稅”下有關(guān)目級(jí)科目，40％列入中央級(jí)1010443項(xiàng)“企業(yè)所得稅待分配收入”下有關(guān)目級(jí)科目。
（二）多繳的稅款由總機(jī)構(gòu)所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)開具收入退還書并按規(guī)定辦理退庫。收入退還書預(yù)算科目按企業(yè)所有制性質(zhì)對(duì)應(yīng)填寫1010442項(xiàng)“總機(jī)構(gòu)匯算清繳所得稅”下的有關(guān)目級(jí)科目名稱及代碼，“級(jí)次”欄填寫“中央60％、中央40％（待分配）”。國庫部門辦理時(shí)，按共享收入進(jìn)行業(yè)務(wù)處理，將所退稅款的60％列中央級(jí)1010442項(xiàng)“總機(jī)構(gòu)匯算清繳所得稅”下有關(guān)目級(jí)科目，40％列中央級(jí)1010443項(xiàng)“企業(yè)所得稅待分配收入”下有關(guān)目級(jí)科目。
跨省市總分機(jī)構(gòu)企業(yè)繳納的所得稅稅款滯納金、罰款收入，不實(shí)行跨地區(qū)分享，按中央與地方60：40分成比例就地繳庫。需要退還的所得稅稅款滯納金和罰款收入仍按現(xiàn)行管理辦法辦理審批退庫手續(xù)。