圣方濟(jì)各圣堂建于一九三八年，其設(shè)計主要采取澳門主要教堂的巴羅克式風(fēng)格。圣堂外墻以奶白色為主，還有橢圓形的窗戶及鐘樓。在圣堂的前面還有建于1910 年戰(zhàn)勝海盜的紀(jì)念碑，在教堂內(nèi)存放著一些亞洲最神圣的遺物，在一個銀制圣骨匣里存放著圣方濟(jì)各的臂骨，圣人在日本傳教后，打算進(jìn)入中國，于1552年在距離澳門七十公里的上川島逝世。
在日本，二十六名天主教徒外籍及日籍祖父于1957年在長崎被釘十字架殉道，而數(shù)以百計的日本教徒于1637年在“SHIMABARA”革命中被殺害，還有一些殉教者的骸骨被帶往澳門存放在圣保羅教堂，但因一次大火將整座圣保羅大教堂焚毀，所以，這批骸骨就轉(zhuǎn)送大堂存放，直至一九七四年，再遷移至圣方濟(jì)各圣安放。
在日本，二十六名天主教徒外籍及日籍祖父于1957年在長崎被釘十字架殉道，而數(shù)以百計的日本教徒于1637年在“SHIMABARA”革命中被殺害，還有一些殉教者的骸骨被帶往澳門存放在圣保羅教堂，但因一次大火將整座圣保羅大教堂焚毀，所以，這批骸骨就轉(zhuǎn)送大堂存放，直至一九七四年，再遷移至圣方濟(jì)各圣安放。