從審計監(jiān)督的角度看，目前查處“小金庫”最感棘手的是現行法規(guī)依據不明確、不適合，處理處罰標準過輕，達不到懲戒目的，且容易導致審計風險。
根據審計署辦公廳《關于小金庫行為適用法規(guī)問題的批復》(審辦法發(fā)[2001)30號)的答復，審計機關對審計中發(fā)現的設立“小金庫”行為實施處罰，可以根據國辦發(fā)[1995)29號文件定性，對該種行為實施處罰，則要依據《國務院關于違反財政法規(guī)處罰的暫行規(guī)定》的有關規(guī)定，或者《審計法實施條例》第52條、第53條的規(guī)定。但難以操作的是：
(一)“小金庫”違紀的處理處罰依據與定性依據是脫節(jié)的。依據29號文件定性為“小金庫”違紀后，在《暫行規(guī)定》的有關規(guī)定和《實施條例》的有關條款里根本找不到針對“小金庫”違紀性質相適合的明確規(guī)定。事實上，國務院1987年發(fā)布實施的《暫行規(guī)定》，并未設定有關“小金庫”違紀行為的處理處罰條款，國務院辦公廳1995年又下發(fā)關于清理“小金庫”有關問題的通知，即國辦發(fā)[1995)29號文件。簡言之，《暫行規(guī)定》根本不適合作為查處“小金庫”違紀的法規(guī)依據。
(二)依據《暫行規(guī)定》和《實施條例》所處理處罰的僅僅是與“小金庫”違紀并存的另外的違紀行為，而不是“小金庫”違紀本身。而“另外的”違紀行為一般都有明確的定性依據，我們不把它定性為“小金庫”，一點都不影響依法處理處罰。那么按29號文件把問題定性為“小金庫”違紀就失去了意義，顯得多此一舉。
(三)對于大量存在的單一的私設“小金庫”行為，既沒有違法所得和應當繳納或者上繳的財政收入，也未侵占國有資產等的情況，如以營業(yè)收入或其他合規(guī)收入或虛列支出形成的“小金庫”，依據《暫行規(guī)定》和《實施條例》則很難處理。因為按照這兩個法規(guī)，只能做調整賬目處理，即納入賬內核算，雖可生搬硬套《實施條例》第53條處以5萬元以下的罰款，但具體裁量難以掌握。當“小金庫”發(fā)生額特別巨大時，顯然處理處罰偏輕。既無法考慮“小金庫”發(fā)生額的大小，也不能區(qū)分其支出事項的違規(guī)和危害程度。如此處理處罰“小金庫”違紀，很難說得上處理恰當。相比較而言，遠不如原來按29號文件規(guī)定的標準處理效果好。
根據審計署辦公廳《關于小金庫行為適用法規(guī)問題的批復》(審辦法發(fā)[2001)30號)的答復，審計機關對審計中發(fā)現的設立“小金庫”行為實施處罰，可以根據國辦發(fā)[1995)29號文件定性，對該種行為實施處罰，則要依據《國務院關于違反財政法規(guī)處罰的暫行規(guī)定》的有關規(guī)定，或者《審計法實施條例》第52條、第53條的規(guī)定。但難以操作的是：
(一)“小金庫”違紀的處理處罰依據與定性依據是脫節(jié)的。依據29號文件定性為“小金庫”違紀后，在《暫行規(guī)定》的有關規(guī)定和《實施條例》的有關條款里根本找不到針對“小金庫”違紀性質相適合的明確規(guī)定。事實上，國務院1987年發(fā)布實施的《暫行規(guī)定》，并未設定有關“小金庫”違紀行為的處理處罰條款，國務院辦公廳1995年又下發(fā)關于清理“小金庫”有關問題的通知，即國辦發(fā)[1995)29號文件。簡言之，《暫行規(guī)定》根本不適合作為查處“小金庫”違紀的法規(guī)依據。
(二)依據《暫行規(guī)定》和《實施條例》所處理處罰的僅僅是與“小金庫”違紀并存的另外的違紀行為，而不是“小金庫”違紀本身。而“另外的”違紀行為一般都有明確的定性依據，我們不把它定性為“小金庫”，一點都不影響依法處理處罰。那么按29號文件把問題定性為“小金庫”違紀就失去了意義，顯得多此一舉。
(三)對于大量存在的單一的私設“小金庫”行為，既沒有違法所得和應當繳納或者上繳的財政收入，也未侵占國有資產等的情況，如以營業(yè)收入或其他合規(guī)收入或虛列支出形成的“小金庫”，依據《暫行規(guī)定》和《實施條例》則很難處理。因為按照這兩個法規(guī)，只能做調整賬目處理，即納入賬內核算，雖可生搬硬套《實施條例》第53條處以5萬元以下的罰款，但具體裁量難以掌握。當“小金庫”發(fā)生額特別巨大時，顯然處理處罰偏輕。既無法考慮“小金庫”發(fā)生額的大小，也不能區(qū)分其支出事項的違規(guī)和危害程度。如此處理處罰“小金庫”違紀，很難說得上處理恰當。相比較而言，遠不如原來按29號文件規(guī)定的標準處理效果好。