| 代碼 | 單位 | 代碼 | 單位 | 代碼 | 單位 |
| 001 | 基礎醫(yī)學院 | 009 | 實驗動物學部 | 017 | 附屬延安醫(yī)院（昆明市延安 醫(yī)院） |
| 002 | 口腔醫(yī)學院 | 010 | 人文學院 | 018 | 附屬甘美醫(yī)院（昆明市第一 人民醫(yī)院） |
| 003 | 公共衛(wèi)生學院 | 011 | 第一附屬醫(yī)院 | 019 | 附屬兒童醫(yī)院（昆明市兒童 醫(yī)院） |
| 004 | 法醫(yī)學院 | 012 | 第二附屬醫(yī)院 | 021 | 附屬精神衛(wèi)生中心（云南省 精神病醫(yī)院） |
| 005 | 藥學院 | 013 | 第三附屬醫(yī)院 | 022 | 成都軍區(qū)昆明總醫(yī)院 |
| 006 | 生物醫(yī)學工程中心 | 014 | 第四附屬醫(yī)院（云南省第二 人民醫(yī)院） | 023 | 中 國 醫(yī) 學 科 學 院 昆 明 醫(yī) 學 生物研究所 |
| 007 | 分子臨床醫(yī)學研究院 | 015 | 第五附屬醫(yī)院（個舊市人民 醫(yī)院） | 024 | 云南省疾病預防控制中心 |
| 008 | 護理學院 | 016 | 第六附屬醫(yī)院（玉溪市人民 醫(yī)院） |