1、學術(shù)學位碩士研究生：以培養(yǎng)從事基礎(chǔ)理論或應(yīng)用基礎(chǔ)理論研究人員為目標，側(cè)重于學術(shù)理論水平和實驗研究能力的培養(yǎng)，學生畢業(yè)時授予相應(yīng)學科門類的學術(shù)型學位;在招生專業(yè)目錄中，專業(yè)代碼以“100”開頭的專業(yè)均培養(yǎng)此類型碩士研究生。學術(shù)學位研究生主要集中在含浦校區(qū)進行培養(yǎng)。
2、專業(yè)學位碩士研究生：以培養(yǎng)高級醫(yī)學應(yīng)用型人才為目標，側(cè)重于從事醫(yī)學實踐工作能力的培養(yǎng)，學生畢業(yè)時授予專業(yè)學位，在招生專業(yè)目錄中，專業(yè)代碼以“105”開頭的專業(yè)均培養(yǎng)此類型碩士研究生。專業(yè)學位研究生主要集中在東塘校區(qū)集中授課，分散在各附屬醫(yī)院和非直屬附屬醫(yī)院培養(yǎng)。