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水產學院的前身是由著名科學家曾呈奎、朱樹屏于1946年籌建創(chuàng)設的山東大學水產系。后經不斷發(fā)展，于1988年改建為青島海洋大學水產學院（水產學院沿革）。學科方向也由傳統(tǒng)的捕撈、養(yǎng)殖、加工，發(fā)展成為以水產養(yǎng)殖與海洋藥物為龍頭，涵蓋理、工、農、醫(yī)四大學科門類的大水產學科，是中國海洋大學的兩大特色學科之一。
學院現(xiàn)設水產養(yǎng)殖、海洋漁業(yè)和食品工程3個系、5個本科專業(yè)。還有水產增養(yǎng)殖和海洋藥物2個研究所、1個教學實習基地（水產學院建制）。水產養(yǎng)殖學科為國家重點學科，海洋漁業(yè)和水產品加工為山東省重點學科。擁有海水養(yǎng)殖教育部重點實驗室和山東省海洋藥物重點實驗室。截至2001年9月，全院有教職工125名，其中工程院院士1名，博士生導師16名，教授30名，副教授26名。有3人先后獲得國家杰出青年基金資助，有長江學者獎勵計劃特聘教授上崗者3人。
現(xiàn)有研究生320余名，本科生600余名。設有水產一級學科博士點和博士后流動站（涵蓋水產養(yǎng)殖、漁業(yè)資源、捕撈學3個二級學科）、水產品加工與貯藏工程博士點和博士后流動站、水生生物學博士點，除上述博士點對應的碩士點外，還有食品科學、生藥學和藥物化學碩士點。
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