西晉覆亡后，各少數(shù)民族競相建立政權(quán)，戰(zhàn)爭不已。中原的漢族人士不愿受胡族統(tǒng)治，紛紛南遷。西晉時(shí)，北方諸州人口約七百余萬。而永嘉之亂后幾次大批南渡的達(dá)九十萬人，約占八分之一。東晉和南朝境內(nèi)人民，大約土著占六分之五，北來僑人占六分之一。司馬睿與封國瑯邪的大族王氏建立默契，各自出鎮(zhèn)南方要地，以預(yù)謀退路。早在永嘉元年(307)，司馬睿已出鎮(zhèn)建業(yè)(后改名建康，今江蘇南京)。長安陷后，建武元年(317)睿稱晉王，次年即帝位。
西晉末年的江南也不平靜。司馬睿來之前，有石冰、封云領(lǐng)導(dǎo)的揚(yáng)州、徐州農(nóng)民起義。出身于倉部令史的廬江陳敏，乘掌握江淮漕米之機(jī)，招誘吳地士族，企圖在江東割據(jù)自立。以后圖謀推翻司馬睿和揚(yáng)州刺史王敦，在廣陵起兵。這三次性質(zhì)不同的事件中，孫吳以來的世族率領(lǐng)鄉(xiāng)里私兵，支持了司馬睿。江南大族到東晉初年還擁有相當(dāng)強(qiáng)大的武裝實(shí)力，為司馬氏政權(quán)的南遷掃除了障礙。
東晉政權(quán)優(yōu)遇南來的北人，在他們聚居的地方設(shè)立所謂僑州、僑郡、僑縣。僑州郡縣沿用北方原籍的舊名，但隸屬關(guān)系極其錯(cuò)綜復(fù)雜。有的僑州下只領(lǐng)僑郡、僑縣，也有僑州下既領(lǐng)僑郡、僑縣，也領(lǐng)實(shí)郡、實(shí)縣。有的僑郡、僑縣又隸屬實(shí)州。實(shí)郡也有時(shí)領(lǐng)僑縣，僑郡往往也領(lǐng)實(shí)縣。有的僑郡縣由于是高門大族的原籍，由僑郡縣改為領(lǐng)有實(shí)土的郡縣，而更多的僑郡縣因不具備此條件，只有等待土斷，以備領(lǐng)有實(shí)土。
僑州郡縣人民不屬當(dāng)?shù)鼐帒?，豁免租賦、徭役，并另立白籍，以區(qū)別于土著的黃籍。僑人中的下層多投附世家大族，成為受其蔭庇的戶口。其上層亦即門閥士族，如瑯邪王氏、穎川庾氏、陳郡謝氏、譙國桓氏等，都是司馬氏政權(quán)的主要依靠力量，在中央和地方擔(dān)任要職。此外，如祖逖、郗鑒、劉遐、蘇峻等士族中地位較低的家族，則先在胡族統(tǒng)治的北方立堡塢自固，聚集宗族鄉(xiāng)黨數(shù)百以至上千家，然后率領(lǐng)這些流民南來，歸附東晉。他們的武裝成為早期抗胡的主要力量。除郗鑒等少數(shù)人外，流民領(lǐng)袖多未能與司馬氏合作到底。江南廣大土著人民是東晉王朝財(cái)政、徭役和兵力的主要來源，負(fù)擔(dān)沉重。
但東晉初年南方與北方民族矛盾突出，南方內(nèi)部階級矛盾退居次要地位，東晉政權(quán)建立八十年之后，才爆發(fā)大規(guī)模農(nóng)民起義。孫吳時(shí)大族的上層人物，對于司馬氏被迫南來所建政權(quán)，起初并不竭誠擁護(hù)。如陸玩目王導(dǎo)為傖(南人對北人的蔑稱)，拒絕與王氏通婚。晉元帝對于江南士族中政治、社會(huì)影響較大的人，如顧榮、賀循、紀(jì)瞻、陸玩等，渡江之初已加意籠絡(luò)。元帝由于自己不掌握強(qiáng)大兵力，對于擁有武裝力量的南方豪強(qiáng)，暫時(shí)也不得不倚重。甘卓破周馥，紀(jì)瞻御石氏。來自北方的統(tǒng)治階級對南人終有顧慮，在攫取田產(chǎn)方面，僑姓大族渡江后，避開江南大族的田園聚集之地，王氏、謝氏、郗氏、蔡氏等，都深入到內(nèi)地會(huì)稽、臨海一帶廣占土地與山澤。政治上對南人更有戒心，如陶侃立大功后反被王敦從荊州遷官廣州。元帝對義興周氏心懷疑憚，沈充、錢鳳之慫恿王敦起兵反司馬氏，陶侃對庾亮積怨之深，都反映統(tǒng)治階級中僑人士族的壓倒地位和僑人、南人之間的矛盾。
晉元帝初年，有揚(yáng)、江、荊、湘、交、廣、寧、梁、益、徐、豫十一個(gè)實(shí)州，領(lǐng)九十六實(shí)郡，同時(shí)開始置立僑郡、僑縣。至孝武帝太元四年(379)，有揚(yáng)、江、荊、湘、交、廣、寧、豫、徐九個(gè)實(shí)州，幽、燕、冀、青、并、雍、秦、梁、益九個(gè)僑州，領(lǐng)實(shí)郡八十四，僑郡四十余。東晉時(shí)僑州不冠南字，劉宋時(shí)僑州始冠南字，如南徐、南兗。東晉疆土縮小，而州郡之?dāng)?shù)遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過西晉。刺史本人或所帶將軍府的長史、司馬，往往兼任州治所在的郡守。州以上分區(qū)置都督，以刺史充任，有兼督數(shù)州以及某幾州中的數(shù)郡軍事，都督鎮(zhèn)守之地常依形勢變化而有改動(dòng)。東晉仕宦途徑大體仍由公府辟召、州郡察舉秀才、孝廉和中正依九品選拔官吏。但這時(shí)已非西晉那樣一統(tǒng)局面，元帝自稱“寄人國土”，因而中央官制雖沿自西晉，而頗加簡化，以求事權(quán)統(tǒng)一、行事簡便。如光祿勛等九卿或省或并，地方官如郡丞亦曾省罷。魏晉以來尚書與中書、門下職責(zé)原有分工，起相互制約作用，而東晉的錄尚書及尚書令有時(shí)兼中書監(jiān)、令，尚書仆射有時(shí)兼門下、中書官職，但仍以尚書之職位為主。單任中書令者，多優(yōu)游無事，以文采、經(jīng)義見重。揚(yáng)州是政治、經(jīng)濟(jì)、軍事重心所在，中央政府首腦錄尚書或尚書令，往往兼都督中外軍事或數(shù)州軍事、揚(yáng)州刺史或丹陽尹等京畿地方長官，以控制實(shí)權(quán)。所以東晉大權(quán)集中于宰相，與西晉的皇帝集權(quán)，尚書、中書、門下并立，互相牽制的形勢不同。
成帝咸和五年(330)廢除度田收租制，以口為對象，王公以下口稅三斛。八年，又增稅米每口五石，大抵比西晉時(shí)賦稅為重。東晉的徭役也極為繁重，孝武帝時(shí)“殆無三日休停”。東晉戶口應(yīng)不少于東吳時(shí)(五十二萬戶，二百三十萬口)，而桓溫上疏說當(dāng)時(shí)戶口凋寡，不當(dāng)漢之一郡(后漢最大之南陽郡有五十二萬戶、二百四十萬口)。這主要是由于依附人口太多，東晉規(guī)定給客制度，品官可以庇蔭流民為佃客，第一、二品官蔭占佃客四十戶，三品三十五戶，四品三十戶，五品二十五戶，六品二十戶，七品十五戶，八品十戶，九品五戶。政府所承認(rèn)的蔭占佃客數(shù)字，各品官都比西晉增多。他們的戶口附于主人的戶籍，實(shí)際上，官僚貴族所蔭庇的佃客，還遠(yuǎn)不止于規(guī)定的數(shù)字。他們不負(fù)擔(dān)國家的租稅徭役，但須把收獲的一半交給主人。佃客之外，還有稱為典計(jì)、衣食客等名目的依附人口。此時(shí)，世代當(dāng)兵的兵戶依然存在，同時(shí)也以逃亡農(nóng)民、罪犯及其家屬、被俘少數(shù)民族、豁免的奴隸等色人為兵。招募的軍隊(duì)也占重要地位，如著名的北府兵，就是招募勁勇組成的。
東晉疆域狹窄，貴族官僚大量占山固澤。世家大族大量庇蔭人口，未入私門的僑人流民，又不編戶貫，影響政府的財(cái)源與兵源。成帝咸和時(shí)(326～334)已開始實(shí)行土斷，即把僑人從白籍移入黃籍，成為所居地方的正式編戶，納稅服役。在實(shí)行土斷的同時(shí)，必然也搜檢官僚貴族隱匿的戶口?；笢?、劉裕執(zhí)政時(shí)期，兩次大規(guī)模實(shí)行土斷，收到“財(cái)阜國豐”和開拓兵源的效果，有利于鞏固偏安江南的政權(quán)。
東晉統(tǒng)治階級內(nèi)部，存在著北人士族與南人士族，北人士族中的上層與下層，皇室司馬氏與僑姓大族、各大族之間、中央與地方(揚(yáng)州與荊州)等錯(cuò)綜復(fù)雜的矛盾。當(dāng)時(shí)流行的“王與馬，共天下”說法，既反映了王氏扶持在南方尚未站穩(wěn)的司馬氏政權(quán)，也反映了東晉一代皇室與僑姓大族不斷的斗爭。王導(dǎo)執(zhí)政，以寬和著稱，其目的除結(jié)好南人，鞏固司馬氏地位外，也為維護(hù)世家大族的利益。元帝對王敦和簡文帝對桓溫，都曾有過“請避賢路”的表示，為封建社會(huì)中的君臣關(guān)系所罕見?！熬醭紡?qiáng)”的局面，是司馬氏與以王氏為首的各大族“共天下”的結(jié)果。
王敦?fù)?dān)任都督江、揚(yáng)、荊、襄、交、廣六州軍事、江州刺史，擁重兵鎮(zhèn)守武昌(今湖北鄂城)。元帝畏惡王敦，任用劉隗、刁協(xié)與之相抗。劉、刁維護(hù)皇室威權(quán)，“崇上抑下”，如大批征調(diào)大族家的奴僮和依附的客，以充兵役，引起王氏等大族的不滿。永昌元年(322)，王敦以問罪于劉隗、刁協(xié)為名，起兵攻下建康，殺死刁協(xié)等。又從武昌移鎮(zhèn)姑孰(今安徽當(dāng)涂)，自領(lǐng)揚(yáng)州牧，內(nèi)外大權(quán)集于一身。兩年后，王敦病重，仍命其兄王含為元帥，率軍進(jìn)攻建康。建康未克而王敦病故。他雖被遣責(zé)為叛逆，瑯邪王氏的地位卻未受任何影響。
成帝即位年幼，舅父庾亮執(zhí)政。北來的流民首領(lǐng)蘇峻、祖約都擁有重兵，分別駐在歷陽(今安徽和縣)和壽春。他們不滿于大族庾亮、卞壺等人的排擠，咸和二年(327)，起兵進(jìn)攻建康。江州刺史溫嶠乞援于荊州刺史陶侃，聯(lián)合擊敗蘇峻。陶侃死后，庾亮代為江、荊、豫三州刺史，既擁強(qiáng)兵據(jù)上游，又執(zhí)朝廷大權(quán)。他代表皇室利益，與王導(dǎo)產(chǎn)生矛盾。但在沖突表面化之前，王導(dǎo)、庾亮相繼去世?；笢乩^庾氏之后據(jù)有荊楚，又領(lǐng)揚(yáng)州牧，也集內(nèi)外大權(quán)于一身，企圖奪取司馬氏政權(quán)。桓溫先廢司馬奕為海西公，立簡文帝，實(shí)則企望其讓位于己。穆帝時(shí)，簡文帝為會(huì)稽王輔政，任用殷浩以抵制桓溫，但未成功。接近皇室的庾氏家族中，多人被桓溫殺害，桓溫病中要求朝廷賜他“九錫”，以為禪讓的前奏。由于謝安等人的拖延策略，桓溫不及待而死。謝安輔政，侄兒謝玄在肥水之戰(zhàn)中立了大功。但孝武帝的兄弟會(huì)稽王司馬道子排斥謝氏。東晉前期，政權(quán)一直在大族手中。肥水戰(zhàn)后，轉(zhuǎn)入孝武帝及司馬道子之手。戰(zhàn)后兩年，謝安被迫避往廣陵，不久死去。戰(zhàn)后四年，謝玄又從坐鎮(zhèn)的邊境要地彭城被調(diào)移內(nèi)地任會(huì)稽內(nèi)史。以后桓溫的幼子桓玄又以荊州為據(jù)點(diǎn)，攻入建康，殺司馬道子父子，總攬朝權(quán)。元興二年(403)，桓玄稱帝，國號為楚。劉裕從京口(今江蘇鎮(zhèn)江)起兵討伐，桓玄退歸江陵，失敗被殺。
東晉政權(quán)所受外部威脅，主要來自黃河流域的胡族和長江上游(益州)的政治勢力。北人南渡之初，上下同仇敵愾，要求驅(qū)逐胡人，返回故土。祖逖及其部下流民可為代表。祖逖從淮水流域進(jìn)抵黃河沿岸，聯(lián)系保據(jù)塢壁不甘臣服胡族的北方人民，謀劃恢復(fù)中原，經(jīng)營達(dá)八年(313～321)之久。當(dāng)時(shí)北方匈奴劉氏與胡羯石氏相爭，形勢有利于東晉。但元帝無意北伐，對祖逖所需人力物力都不予支持，加以皇室與王敦矛盾尖銳，祖逖備遭掣肘，壯志未伸而死。石氏兵力一度威脅江南，后趙建國，據(jù)有幽、冀、并諸州后，軍事優(yōu)勢更為顯著。庾亮、庾翼雖先后擬議北伐，由于力量對比懸殊，都未實(shí)現(xiàn)。石虎死后，河北大亂，西晉遺民二十余萬口渡河欲歸附東晉。褚裒北伐，先鋒達(dá)到彭城，戰(zhàn)敗退回。以后北方前燕與前秦東西并立，殷浩北伐也屢次失敗。
永和十年(354)桓溫伐前秦，深入敵境，但未乘勝奪取長安，只徙關(guān)中三千余戶而歸。兩年以后，又伐前燕，奪取了洛陽，但不久復(fù)歸于燕。太和四年(369)再度北伐，到達(dá)距前燕首都鄴不遠(yuǎn)的枋頭，未再前進(jìn)，退敗于襄邑(今河南睢縣)?；笢赝砟杲璞狈ヒ詷淞⑼\求禪讓，但未成功。前秦苻堅(jiān)吞并前燕(370年)后，屢次南向出兵，意圖統(tǒng)一南北。太元八年(383)，苻堅(jiān)以絕對優(yōu)勢的兵力威脅江南，謝玄率北府兵以寡敵眾，肥水一戰(zhàn)秦軍大敗。乘前秦衰弱，后秦姚氏占有關(guān)中，后燕慕容氏立國河北，東晉雖暫時(shí)解除了大軍壓境的威脅，并未能在北伐事業(yè)上有所進(jìn)展。
義熙六年(410)劉裕滅南燕，此后青、兗等州歸屬東晉、劉宋五十余年。十三年，滅后秦。由于關(guān)中懸遠(yuǎn)，東晉很難從江南遙控，劉裕又忙于南歸奪取政權(quán)，無意進(jìn)一步恢復(fù)中原，一度收復(fù)的長安與洛陽，隨即為赫連夏與北魏所得，終東晉之世，未能長期恢復(fù)西晉的兩京。
江南政權(quán)穩(wěn)固與否，和長江上游益州的歸屬很有關(guān)系。成漢李氏據(jù)蜀三十年，永和三年(347)桓溫西征滅之，有利于鞏固東晉政權(quán)。二十六年以后，益州又被前秦占領(lǐng)，肥水戰(zhàn)后才復(fù)歸東晉。到義熙元年，譙縱據(jù)益州，又從東晉分裂出去。劉敬宣一度攻益州，距成都五百里而敗還。及至九年，劉裕西征，滅譙氏，從此益州再歸東晉統(tǒng)治。東晉百年間，益州不受其統(tǒng)治的期間達(dá)五十年。只是由于占有益州的勢力既未與北方密切聯(lián)合，不具備能順流東下、吞并江南的實(shí)力，東晉政權(quán)才得免除來自益州上游的后顧之憂。
隆安三年(399)爆發(fā)了孫恩、盧循起義，斗爭持續(xù)近十二年，司馬氏政權(quán)受到沉重打擊。孫恩死后，桓玄起兵稱帝。劉裕對內(nèi)鎮(zhèn)壓孫恩、盧循起義，討平桓玄，對外北伐滅南燕，西征平譙縱，江南政權(quán)擺脫了最直接的外部威脅，得到穩(wěn)定。滅后秦之后，420年劉裕取代了東晉。
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